第一次，128集-134集。第二次，695集-698集。詳情內容：
1、 128集-134集：佐助見鳴人窮追不捨，便聲稱要殺死鳴人。鳴人雖然感覺到佐助的殺意，但決定無論用什麼手段都要把佐助帶回村子。
兩人開始戰鬥，一開始佐助穩佔上風，後來鳴人使用體內九尾的力量壓制佐助，但佐助的寫輪眼升級，又再度將鳴人擊倒。這時鳴人體內的九尾查克拉環繞在鳴人周圍，並長出一條尾巴，而佐助則直接變成咒印狀態，外貌好像鷹。 兩人各自使出絕招——鳴人九尾形態的紅色螺旋丸和佐助咒印狀態的黑色千鳥在終結之谷的大瀑布上對拼。
僵持狀態下，佐助擊中鳴人，而鳴人只在佐助的護額上劃出了一條裂痕。兩種強力忍術的碰撞產生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。 戰鬥以佐助的勝利而告終，但是佐助並未殺死鳴人，因為他決定用自己的方式獲得力量，而不是像鼬所希望的那樣，為了開啟萬花筒寫輪眼而殺害同伴。佐助離開了鳴人，來到大蛇丸身邊。
2、695集-698集：六道仙人希望兩人能同心協力，解開無限月讀，但佐助卻突然宣稱自己要發動“革命”。鳴人、佐助重返終結之谷對決，經過一番大戰之後，以兩人各斷一臂收場。佐助終於認同了鳴人的道路，承認敗給鳴人，隨後二人解開無限月讀。
大戰結束，但佐助並未就此和鳴人一起解除無限月讀，而是揚言要將現任五影處以極刑，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出面制止佐助，兩人前往終末之谷展開宿命的最終決戰。佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自揹負著全世界的仇恨，使忍界有一個公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。只有親手殺死鳴人，才能完成他的這一目標。
經過一天一夜的激烈鏖戰，二人均失去了半隻手臂，而且都身受重傷不支倒地。面對如此堅持制止他的鳴人，佐助表示自己對於鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助繼而回憶起迄今為止和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決裡真正的贏家。之後櫻和卡卡西抵達終末之谷，為重傷倒地的二人療傷。
佐助首次坦然接受內心感情，為先前所鑄下的錯誤向櫻致歉，並且和鳴人一起解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的世人。返回村裡休養直至康復後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨矇蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的面前，交還當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。
第一次，128集-134集。第二次，695集-698集。詳情內容：
1、 128集-134集：佐助見鳴人窮追不捨，便聲稱要殺死鳴人。鳴人雖然感覺到佐助的殺意，但決定無論用什麼手段都要把佐助帶回村子。
兩人開始戰鬥，一開始佐助穩佔上風，後來鳴人使用體內九尾的力量壓制佐助，但佐助的寫輪眼升級，又再度將鳴人擊倒。這時鳴人體內的九尾查克拉環繞在鳴人周圍，並長出一條尾巴，而佐助則直接變成咒印狀態，外貌好像鷹。 兩人各自使出絕招——鳴人九尾形態的紅色螺旋丸和佐助咒印狀態的黑色千鳥在終結之谷的大瀑布上對拼。
僵持狀態下，佐助擊中鳴人，而鳴人只在佐助的護額上劃出了一條裂痕。兩種強力忍術的碰撞產生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。 戰鬥以佐助的勝利而告終，但是佐助並未殺死鳴人，因為他決定用自己的方式獲得力量，而不是像鼬所希望的那樣，為了開啟萬花筒寫輪眼而殺害同伴。佐助離開了鳴人，來到大蛇丸身邊。
2、695集-698集：六道仙人希望兩人能同心協力，解開無限月讀，但佐助卻突然宣稱自己要發動“革命”。鳴人、佐助重返終結之谷對決，經過一番大戰之後，以兩人各斷一臂收場。佐助終於認同了鳴人的道路，承認敗給鳴人，隨後二人解開無限月讀。
大戰結束，但佐助並未就此和鳴人一起解除無限月讀，而是揚言要將現任五影處以極刑，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出面制止佐助，兩人前往終末之谷展開宿命的最終決戰。佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自揹負著全世界的仇恨，使忍界有一個公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。只有親手殺死鳴人，才能完成他的這一目標。
經過一天一夜的激烈鏖戰，二人均失去了半隻手臂，而且都身受重傷不支倒地。面對如此堅持制止他的鳴人，佐助表示自己對於鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助繼而回憶起迄今為止和鳴人邂逅的點點滴滴，最後笑著承認鳴人才是這場對決裡真正的贏家。之後櫻和卡卡西抵達終末之谷，為重傷倒地的二人療傷。
佐助首次坦然接受內心感情，為先前所鑄下的錯誤向櫻致歉，並且和鳴人一起解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的世人。返回村裡休養直至康復後，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨矇蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，並答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的面前，交還當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。