免予刑事處罰和不起訴的主要區別有：

1、性質不同：免予刑事處罰是針對的物件是已經構成犯罪，但犯罪情節輕微不需要判處刑罰的人；不起訴的物件則包括不構成犯罪、指控犯罪證據不足或存疑、犯罪情節輕微,依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的人。

2、作出機關不同：免予刑事處罰由法院作出，而不起訴決定則由檢察院作出。

《刑事訴訟法》

第一百七十一條 人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料；認為可能存在本法第五十四條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。

人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。

對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。

對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。

人民檢察院刑事訴訟規則(試行)

第四百零四條 具有下列情形之一,不能確定犯罪嫌疑人構成犯罪和需要追究刑事責任的,屬於證據不足,不符合起訴條件:

(一)犯罪構成要件事實缺乏必要的證據予以證明的;

(二)據以定罪的證據存在疑問,無法查證屬實的;

(三)據以定罪的證據之間、證據與案件事實之間的矛盾不能合理排除的;

(四)根據證據得出的結論具有其他可能性,不能排除合理懷疑的;

(五)根據證據認定案件事實不符合邏輯和經驗法則,得出的結論明顯不符合常理的。

第四百零六條 人民檢察院對於犯罪情節輕微,依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的,經檢察長或者檢察委員會決定,可以作出不起訴決定。

《刑法》

第三十七條　【非刑罰性處置措施、職業禁止】對於犯罪情節輕微不需要判處刑罰的，可以免予刑事處罰，但是可以根據案件的不同情況，予以訓誡或者責令具結悔過、賠禮道歉、賠償損失，或者由主管部門予以行政處罰或者行政處分。