太平天國定都南京後，人口二百萬，勝兵六十萬，《賊情彙纂》稱“金陵建都，精兵六十萬”。除孟森對此深信不疑外，建國後許多學者都表示懷疑，多數人認為太平軍只有十來萬，至多不超過二十萬，質疑的根據就是北伐只動員了兩萬人。

這種質疑頗有片面之處，天京變亂後，太平天國號召力已大不如前，李秀成、陳玉成、石達開等仍每戰動輒數十萬大軍，李秀成收石達開潰兵二十萬後，兵力更暴漲到一百萬。難道太平天國全盛時代，還招不齊這五六十萬部隊嗎？北伐前太平天國有六十萬軍隊自然不用懷疑，之所以北伐只動員軍隊兩萬，西征只動員軍隊六七萬人，這是由於楊、韋的精兵思想所決定的。太平軍的部隊雖然編成六十萬乃至百萬，其百分之七十以上計程車兵都是剛從軍的平民，沒有受過訓練。

楊秀清極重視部隊的訓練，故每戰只派出訓練有素的部隊，其餘新兵留在天京大本營受訓，這給人造成太平天國只有十幾萬部隊的錯覺。太平軍一個軍編制有一萬三千餘人，北伐西征戰場上出現的太平軍，一個軍只有兩千五百人甚至更少，羅爾綱先生據此推斷太平軍的部隊大部分是不滿員的。

太平天國推行聖庫制度，士兵無須冒名領餉，虛設編制毫無必要，比較合理的解釋應該是太平軍每軍以兩千五百老兵統帶一萬餘新兵進行訓練，戰鬥時只出動有經驗的老兵，戰鬥中一軍只出動兩千五百人，而不是隻有兩千五百人。太平軍被俘士兵的口供也證實筆者的推測：“打仗時，俱派湖南、湖北、南京、廣東、廣西人，新擄去的不使打仗，止做粗活”。

太平軍有一整套嚴密的組織系統，但由於長年連續作戰，很少有休整機會，使得太平軍的實際建制遠沒有資料裡反映出的那麼齊整。除少數主力部隊以外，大部分的軍的實際人數均與編制有極大差距，有的甚至僅有數千人。而且太平軍中也充斥著大量的老年和少年，這也嚴重地削弱了太平軍的戰鬥力。

全軍12500人，而當時金田太平軍總數為“男婦二萬餘”，則能戰者的總數和編制相差並不多，各級編制是比較充實的，《天兄聖旨》中提到前軍以張瑲進為先鋒長的一個先鋒，有兵力500人，和編制規定一模一樣，而與太平軍交鋒的清方將吏轉述俘虜供詞，都說太平軍每營人數為25人，也與編制相當。