簡單地說，錦衣衛是明朝類似於御林軍式的軍隊組織。兼有緝捕盜賊，捉拿犯人的職責。活動範圍是京城所在地。

六扇門則是秘密組織相當於國家的特務組織。專門辦理大案要案或有黑道參與的案子。比捕快的職權大，能力強。

錦衣衛是明太祖時組建的，是為了守衛京城安全，維護京城治安。也秘密調查百官的動向，有調查權無審理權。朱元璋對錦衣衛直接領導，洪武朝發生的幾起大案都是錦衣衛辦理的。其中包括藍玉案和胡惟庸案。私下人們都把錦衣衛當成恐怖組織，談虎色變！威攝力極強。終明一朝錦衣衛都是皇帝的打手一樣存在。

六扇門存在於唐，宋，明三朝。唐貞觀年間，李世民為了徹查隋朝殘餘勢力和各義軍的江湖勢力而訓練的秘密組織。成員是各地篩選的素質好的少年。當時稱為鷹犬。宋朝時期所謂的六扇門是政府的特殊組織專門為政府調查涉黑案件。介與黑道和白道之間的組織。明朝始於萬曆的六扇門組織，是集捕快，殺手，武林高手等專門調查國家發生的大事。主要是有黑道組織和武林人土參與的案件。因為他們的總部有東，西南三面六扇門出入。所以人們都稱他們為六扇門的人。他們辦案風格狠辣，專辦大案。因組織神密百姓非常恐怖六扇門的人。隨著明亡，六扇門也就不存在了。

錦衣衛和六扇門雖有分工不同，但都是為了皇權穩固而組建的組織。是皇權集中的悍衛者！是嗎？

錦衣衛是六扇門所不能比的，根本不是一個檔次的機構。六扇門之所以被認為是一個很牛的組織主要是被現代影視所誇大的，六扇門最多隻能算一個地方衙門。

明朝的錦衣衛是朱元璋一手建立的，只服從朱元璋一人的領導，後來燕王朱棣篡位登基後錦衣衛更是在朝廷內外橫著走的存在。錦衣衛的責任一是保護皇帝，而是充當皇帝的一把刀，什麼見不得人的事情都交由錦衣衛處理，可謂是令群臣聞風喪膽。

而六扇門是特指一些特殊的衙門，他特殊的地方就在於他裡面的人都是三教九流的人物，或是江湖哪個門派的或是一些地痞無賴之類的人物。六扇門的職業也就是輔助地方衙門進行逮捕和偵查案件，放在現在應該也就比輔警好一點吧。

說戰鬥力方面六扇門肯定是幹不過錦衣衛的，一個相當於武警類的一個也就是民兵吧，這就是錦衣衛和六扇門的區別。

錦衣衛是特務組織，屬於軍事機構，而六扇門是正常的執法部門，屬於司法機構。

錦衣衛，全稱錦衣衛親軍指揮使司，是特權單位。早在明朝建立之前，身為吳王的朱元璋設立了拱衛司，後改稱親軍都尉府，統轄儀鸞司，掌管皇帝的儀仗和侍衛。

因朱元璋忌憚再次發生胡惟庸、藍玉一樣的大案，於洪武15年撤除了親軍都尉府與儀鸞司，改設錦衣衛。

錦衣衛是親軍中的一衛，與皇帝的關係最密切，權勢也最重。它不僅擔負著親軍的侍衛只能，又兼具掌管鹵簿儀仗的職能，並對皇帝的臣屬採取的特務活動，由帝王的親軍、儀仗隊裡挑選精英組建而成。這些人實際上都是軍官，一般只專理皇帝欽定案件，並且擁有自己的詔獄，可以自行逮捕、刑訊、處決，不必經過一般司法機構。

一般的衛只統轄5個所，定額5600人，而錦衣衛卻轄有17個所，數萬人。錦衣衛還轄有一個經歷司和南北兩個鎮撫司。經歷司掌管收發公文。南鎮撫司掌管本衛的刑法事務，兼理軍匠；北鎮撫司專掌詔獄，從事偵察、逮捕、審問等活動，任何有可能威脅皇權的官吏軍民都在他們的偵緝和懲治範圍之內，使得錦衣衛權勢極大，地位特殊。

六扇門，實際是指三法司衙門，明清時分別指刑部、大理寺和都察院，以前歷朝歷代雖各有其名，但功能基本一樣，都是封建通知時期的司法機關。

通常我們說的六扇門，泛指下級的執行人員。

專司偵查、抓捕等活動的執法單位“六扇門”起源於唐代貞觀年間，訓練精銳以解決隋末農民起義的參與勢力和綠林豪強。

六扇門再次聲名鵲起要到明朝萬曆年間。據說，司法部門為了處理大案要案，成立了一個集武林高手、密探、捕快和殺手於一體的秘密組織。因為這個組織的秘密性，又因為總部大殿是一個坐北朝南、東南西三面開門、每面兩扇門總共六扇，所以叫做“六扇門”，組織成員因行動機密也叫總部為“六扇門”。因為這個組織行動詭異、手段兇狠、專辦大案，民間廣為傳誦六扇門的威嚴恐怖。

總體來說，即便在明朝時，錦衣衛跟六扇門因屬於兩不同的體系，且所辦之案的性質不一樣，並不會有所瓜葛。

官吏，官和吏是不同的。錦衣衛屬於“官”；六扇門則屬於“吏”。

錦衣衛的身份地位高，而六扇門的執法人員在古代則屬於“賤業”，並嚴格規定他們的後代不能參加科舉考試，以免有辱斯文。即便他們脫離捕快行業，其子孫也必須在三代以後方有參加科舉考試的資格。

錦衣衛通常沒有破案時限，甚至有很多案件從未發生，是他們故意栽贓陷害；而六扇門的人所承擔的任務都是有時間限制的，叫“比限”，一般五天為一“比”，重大的命案三天為一“比”。

錦衣衛有俸祿，而且很高；六扇門的人員只有補貼，沒有正式的工資。

錦衣衛是院長設立的，皇帝的直屬衛隊和特務組織兼保鏢。

六扇門是指三法司，即刑部、大理寺和都察院。分別負責對案件的審查、複核及監督。

錦衣衛辦事只對皇帝負責就好了，皇帝下達的任務或者暗中查到的案件可以直接辦理。不管是皇親國戚還是高官大員，錦衣衛都有權利緝拿，可以說是官小權重。在東西廠出現之前，不是一般的威風。

六扇門則是需要按規矩辦事的，就跟現在的公安局類似，要守規矩。當然六扇門與普通衙門也有區別，一般辦理大案要案。明後期也逐漸吸納了江湖人士，協助管理江湖上的事（武俠小說裡常見）。

另外六扇門在明中期以前都是指衙門，因為衙門一般是三個門，每個們兩扇，共有六扇。普通老百姓只有一扇門、兩扇門，大戶人家四扇門。後來就特指三法司了，現在常提到的六扇門就是三法司。

錦衣衛受命於皇帝一人，明面上不方便做的事情，皇帝便交給錦衣衛去做。幫皇帝監督百官，官員說過什麼話，甚至吃了什麼飯，皇帝要想知道都可以透過錦衣衛得知。六扇門是明面上的，正好和錦衣衛相反。