主要區別有，性質不同、主要任務不同、空中戰鬥力不同，具體如下：

一、性質不同

1、截擊機

截擊機是專門用於在空中截擊入侵的敵方轟炸機、偵察機或巡航導彈的軍用飛機。

2、殲擊機

殲擊機，又名戰鬥機，即用於在空中消滅敵機和其他飛航式空襲兵器的軍用飛機。

二、主要任務不同

1、截擊機

主要任務是保衛重要城鎮、戰略要地、交通樞紐等不被空襲。截擊機通常由地面雷達站或預警機導引至目標區，再用雷達截獲並跟蹤目標，當飛機處於有效攻擊位置時對目標實施攻擊。

2、殲擊機

殲擊機的主要任務是與敵方殲擊機進行空戰，奪取空中優勢（制空權）。其次是攔截敵方轟炸機、強擊機和巡航導彈。

三、空中戰鬥力不同

1、截擊機

截擊機不能進行空中格鬥，截擊機的戰鬥都是一擊脫離式的。由於被截擊的轟炸機和偵察機機動能力不強，截擊機的機動性也很有限。為了及時發現目標，截擊機一般裝備有高效能的雷達，同時裝備多枚威力巨大的空對空導彈，以便於擊落敵機。

2、殲擊機

殲擊機是空中作戰的主要機種，具有空中格鬥，爭制空權，攔截敵方轟炸機群的戰鬥力。殲擊機還可攜帶一定數量的對地攻擊的武器，執行對地的攻擊任務。