校長總看一本神秘的書，學生們都想看，這回校長忘記拿走書桌的鑰匙，蓓姬偷看了那本書，卻被湯姆看到了，蓓姬慌忙中撕破了書，她又羞又惱。校長髮現了被撕破的書，於是挨個盤問，當問道蓓姬時，湯姆挺身而出。蓓姬對他很敬仰。

湯姆·索亞是美國聖彼得斯堡小鎮上一個淘氣的機靈鬼。他父母早逝，隨姨媽生活，而姨媽卻管不住他。他不是那種聽話本分的乖寶寶，他是鎮上的孩子頭兒，帶他們玩“打仗”，搞惡作劇，喜歡馬戲，會拿大頂，好幻想，想當兵或當牛仔，他在小夥伴眼中無所不能。

湯姆有幾個朋友：喬奇、班恩、吉姆，但最和他“臭味相投”的是鎮上那個髒兮兮的流浪兒哈克。哈克的父親是個酒鬼，從不管他，他就成了個無依無靠、遊手好閒的“野孩子”。在鎮民眼中，他是個無賴，而孩子們都覺得他是個有趣的夥伴。湯姆把當海盜的想法告訴了哈克。哈克說海盜都是些膽大的人，他們約定半夜到墓地去試試膽量。

湯姆假睡騙過姨媽，同哈克一同來到墓地。陰風吹拂下，他們目睹了一場鬥殺：喬埃殺死了一個醫生，又嫁禍給酸鬼彼得。兩個孩子都害怕兇悍的喬埃，相互發誓決不開口，膽量得到了檢驗，湯姆和喬奇帶著從家中“偷”來的食物，叫上哈克來到密西西比河邊，找到一個小木筏，劃到下游的傑克遜島。這裡荒無人煙，成了三個“小海盜”的快樂大本營。晴朗的夜，明亮的星，灌木林叢，篝火野餐；沒有了大人的訓斥、牧師的教誨、法官的威嚴、老師的懲罰，有的是沙灘、草地、樹林、鳥兒、松鼠、蝴蝶……他們無憂無慮、無拘無束，這裡簡直是一片樂土。

鎮上的人們找了他們好幾天，急壞了，漸漸地絕望了。星期日，鎮民們在教堂為他們三人開追悼會。當人們悲痛難抑之際，牧師發現三個調皮鬼若無其事地走進教堂，來到親人的面前。

鎮上要開庭審理彼得殺人案了，湯姆和哈克出庭為彼得作證，混在旁聽席中的喬埃大驚，落荒而逃。湯姆和哈克成了小鎮的英雄。

湯姆的冒險心一刻也沒有消失過，他知道傳說中海盜都會把金銀財寶埋藏在乾枯的老歪脖樹下，他和哈克要去尋寶。有一天，他們來到鬼屋翻尋時，真的遇上了鬼——喬埃和一個陌生人來到這裡，準備把搶來的金幣藏起來。兩個強盜商量著要把這金幣一同藏到“二號十字架下面”，這些話被藏在樓上的湯姆和哈克聽得一清二楚。

湯姆的同桌貝琪是鎮上大法官撒切爾先生的女兒。她央求父母約請同學們到山上野營，孩子們乘輪渡來到鎮外的山上。

大家來到有趣的魔克托爾山洞。魚貫而入的孩子們對這陰森神秘的山洞心生好奇又有點兒緊張，就連愛冒險的湯姆也是第一次來。洞內岔路橫生，如同迷宮一樣。孩子們在洞中玩著，鬧著，陸續從不同方向彙集到了山洞出口。

但湯姆和貝琪卻在洞中迷路了。一心想當探險家的湯姆帶著貝琪在洞中東竄西走，總也走不出去。貝琪害怕了。男孩子的勇氣和智慧讓湯姆有了信心，他安慰貝琪，耐心地尋找山洞的出口。

在洞中，湯姆意外遇到喬埃。喬埃已是驚弓之鳥，聽到湯姆的動靜，撒腿就跑。湯姆帶著貝琪終於找到了出口，與親人們會合了。虛驚一場的兩個孩子在休息了五六天後，湯姆到大法官家看望貝琪。撒切爾先生告訴他：為了防止再有人迷路，魔克托爾山洞的出口被封死了。湯姆說洞中還有逃犯喬埃呢！

鎮上的人們再次擁向魔克托爾山洞，發現喬埃已在洞內倒斃多日了。湯姆帶哈克再次來到洞中尋寶，終於在一個刻有十字記號的大岩石下，挖出了喬埃埋藏的那些金幣。

湯姆和哈克划著小船回鎮上去了。