1393年發生的“籃玉案”是朱元璋殺功臣的開始，主要是因為，一年前長子朱標的去世，按照朱元璋的設想：為了避免其他皇子對皇帝位置的覬覦，皇帝的位置必須長子長孫來繼承，但是朱允文無論年齡和資歷都太小，無法壓住陣角。而掌握兵權、威望甚高的大將軍藍玉是朱允文弟弟朱允通的親舅舅。當時朱元璋己經是重病纏身，以後主少國疑，所以藍玉和功臣必須死，這次殺了一萬五千多人，有威脅的開國功臣基本被一網打盡。從此再也沒有能夠威脅朱允文和朝廷的勢力。

朱元璋也並不是濫殺，其實是有選擇的，例如：徐達、李文忠、湯和、耿炳文、郭興、沐英等家族都活得很好，他們的後代還繼續為大明朝發光發熱。

其實朱元璋並不是一建國就開始屠戮功臣，明朝建國很多年內，他對功臣們一直很好，封官加爵。但朱元璋因為民間底層出身，所以對於官僚們變質問題看得很重，因此在洪武五年製作鐵榜申誡功臣，因為當時發生了什麼情況呢，開國功臣們多恃賦予的特權倚勢冒法，凌暴鄉里，且奴僕殺人，隱匿不報。這樣的情況被朱元璋發現後，專門制定法律警示之。一直到洪武七年，才有第一個功臣因犯法而死。這個功臣就是淮安侯華雲龍。華雲龍屢立戰功，不管是對陳友諒的戰爭中，還是北伐殘元的戰爭，都驍勇善戰，但有人彈劾他擅自居住在元朝丞相脫脫的府邸，還越級享用元朝宮中的物品，於是朝廷徵召他回朝聽審，但華雲龍在回朝途中死了。至於怎麼死的至今存疑，但他卻是第一個有過而死的功臣。按以後朱元璋的殘忍殺戮，華雲龍也不無可能是朱元璋害死或逼死了華雲龍。

洪武八年，功臣廖永忠因僭用龍鳳等違法之事被賜死，這是有證據第一個因過而被殺的功臣。洪武十三年，丞相胡惟庸案發，胡惟庸被殺，誅連甚多。洪武二十六年，藍玉案發。也就是說，明朝建國後，七年時間裡是沒有殺過一個功臣的。楊憲是明初大臣，死於洪武三年，但他不算明朝開國功臣。其實早在明朝建國以前，朱元璋的侄子朱文正因為對朱元璋封賞不公，而起了反心，從這時起，朱元璋的疑心就大為增長了。連親侄子都可能謀反，還有誰可相信呢。

朱元璋所依賴於他的義子義侄才建立的大明王朝，建國後朱元璋並不想剷除他們，一直都是苦口婆心的勸誡他們要吃俸祿、守太平，不要胡作非為，可是他的這些淮西兄弟根本不重視，壞事照做，到了朱標暴病身亡後才真正激起了朱元璋。

淮西黨

開國之前老朱的義子義侄被稱為驕兵悍將，建國後被滿朝文武大臣成為淮西黨，這些淮西勳貴不知身為天下共主的皇帝不再是淮西人的皇帝而是整個天下人的皇帝，他豈會讓這些淮西黨擾亂朝廷、禍亂朝綱，其中以藍玉、唐勝宗、陸仲亨等人為代表，藍玉結黨營私拜在其門下義子不下於千人，而且這些人只認藍玉的號令這是觸犯了皇帝的底線的，再者藍玉曾逼迫朱元璋讓他殺掉劉伯溫，而且還和北元的妃子關係不正常，間接性的挑釁皇權。

太子朱標猝然離世

朱元璋本打算給朱標就一個超一流的文武班底，讓朱標做一個太平皇上，可以天不假年太子突然英年早逝徹底激怒了朱元璋，這些文武大臣對太子朱標還是很敬重的，朱標對於朱棣這些兄弟也是重情重義，在文武大臣眼朱標是最合適的繼承人，朱棣也根本沒辦法造朱標這位大哥的反，連一絲絲的勝算都麼有，藍玉也是深深的擁護朱標這一點是朱元璋看在眼裡的，太子若是不過早的離世藍玉等文武大臣也許還會善終。

朱標死後朱元璋怕朱允炆壓制不住這些驕兵悍將和淮西黨只得一一剷除，而且藍玉這些人此時已經是為所欲為徹底的激怒了朱元璋，著名的“藍玉案”牽扯了數萬人，“胡惟庸案”和“藍玉案”把一大批功臣都給捲進去了，殺了太多的文武大臣，以致後來朱棣起兵謀反的時候朝廷竟無人能阻擋朱棣的進攻。

和很多人想象中的不同，朱元璋真正大規模剷除功臣非常晚，要到洪武二十三年（1390年）。這時候大規模明朝已經正式建國23年了，功臣們很多已經去世。

今天很多人印象中的朱元璋大殺特殺功臣，在朱元璋做皇帝的前20多年，是沒有這個形象的。洪武二十三年前，有過零星幾個功臣被殺，但不會有人聯想到大規模誅殺功臣，朱元璋大體上的形象還是很善待功臣的。

洪武二十二年（1389），藍玉在捕魚兒海大破北元，基本消除了元朝殘餘勢力的威脅。

可能是外部壓力的減輕以及為太子登基鋪平道路的考慮，朱元璋在二十三年（1390年）已十年前的胡惟庸案為藉口，清洗了一批功臣。李善長、唐勝宗、陸仲亨、費聚、趙庸、鄭遇春、黃彬、陸聚等人被殺，同時有多名已去世功臣被追認為胡黨分子，子孫被牽連或取消功臣家族待遇。

（朱元璋）

朱元璋最不厚道的一點就是牽連已去世功臣，其實直接死在朱元璋手中的功臣比很多人想象的少得多。

另外鼎鼎大名的胡惟庸，實際沒資格被稱為功臣。胡惟庸資歷很淺，是建國後的新進，也沒有被封任何爵位，是典型的建國後火箭幹部。洪武十三年（胡惟庸）胡惟庸被殺時，雖然牽連了很多人，但稱得上功臣的只有伯爵汪廣洋。總體來說，胡惟庸被殺，對功臣群體來說，其實是倖進新人被幹掉，功臣群體勢力反而擴大了。

胡惟庸被殺十年後，朱元璋又以涉及胡惟庸案為藉口殺了一批功臣。

洪武二十五年（1392年），太子朱標去世。

洪武二十六年(1393)，朱元璋進行了第二波大規模殺功臣，這就是牽連很廣的藍玉案。藍玉、張翼、陳桓、曹震、朱壽、張溫、納哈出之子、孫恪、曹良辰之子、謝成被殺，俞通源之弟俞通淵被黜還鄉里。傅友德和王弼於次年被殺，馮勝、李新、張龍等亦陸續被殺、去世、罷襲。

明初算得上功臣的，有8公、38候、2伯，共48家，到朱元璋晚年，沒被殺和繼續享受功臣待遇的，只有徐達、常遇春、李文忠、湯和、耿炳文、吳良、沐英、吳復、郭英、劉基9家。

藍玉案開始的第二波殺功臣主要因素是太子朱標的去世，如果朱標沒有在朱元璋之前去世，第二波殺功臣肯定不會發生，朱元璋殺功臣也就不算特別酷烈了。朱標的去世，對明初歷史影響非常大。