檸檬樹的修剪主要有摘心、疏枝、短截、回縮、抹芽、扭梢、鋸主枝、斷根等基本手法。
1、摘心：指在生長季節，對尚未停止生長的新梢摘除頂端一段。
2、疏枝：指將一個梢或枝組甚至骨幹枝從基部剪除。
3、短截：指將一年生新梢或多年生枝剪去一部分的剪截方法
4、回縮：指剪除多年生枝組的先端部分
5、抹芽：指在夏、秋梢抽生至1～2釐米時，將嫩芽抹除的方法。
6、扭梢：指將一些枝梢從基部3～5釐米處用手捏緊，大幅度旋轉扭曲或向下扭曲。
7、鋸主枝：用修剪鋸從擾亂樹形大枝的基部鋸除。
8、斷根：挖開樹冠下層，切斷部分1～2釐米粗的大根和側根。
檸檬樹的修剪時間：
檸檬樹修剪的時期各不相同。在中國檸檬產區，檸檬修剪一年四季都可以進行，但修剪的重點和目的不同。冬、春季修剪，是檸檬採果後到第二年春季春梢萌發前進行的修剪。無凍害產區，可在採後結合果園清園進行、修剪宜早；有凍害產區，可在春季氣溫回升後至春梢萌發前進行修剪。需要更新的老樹、衰弱樹和重剪促梢的樹，也可在春夏抽梢時回縮修剪。
生長期修剪，是在檸檬春梢抽發後至採果前的各項修剪。又分為夏季修剪和花期修剪等。夏季修剪以抹芽、摘心和短剪為主，主要目的是控制其枝梢的生長勢，促進果實生長髮育。花期主要是疏去部分無葉花枝，減少花量和養分消耗，達到保果的目的。生長期修剪要特別注意剪後在剪口處噴布殺菌劑消毒，否則容易引發流膠病等多種病害。
檸檬樹修剪的注意事項：
檸檬樹修剪首先要從結果前的幼樹整形做起。樹苗長至50釐米左右，切頂定杆，在剪口下培養3枝生長強健、分佈均勻的主枝。儘快擴大樹冠，形成牢固的骨架。主枝要少，枝組要多，拉開距離，主枝和副主枝配置必須合理。其次，定杆後每次抽梢生長至20到30釐米時，去頂。促使大部分休眠芽轉化為萌動芽，萌發生長。對不作延長枝的夏、秋梢，除徒長枝應刪除外，一般不應修剪，讓其自然分枝後，成為結果枝組。過長的夏、秋梢要摘心只留8至10片葉，可增加分枝，提前形成樹冠和提早結果。
修剪順序一般為：先剪下部，後剪上部，先剪內部，後剪外部，先剪大枝，後剪小枝。要求做到“大枝稀朗朗，小枝鬧嚷嚷”，小空大不空，左右不擠，上下不疊，枝葉繁茂，通風透光，增大結果面積。
乾枯枝、病蟲枝、廕庇枝、交叉枝及果梗、內外密生枝、弱的結果枝和落花落果枝等，都是剪除的物件。要注意控冬梢，保春梢，留夏秋梢；修剪後要視其情況進行拉枝，控制直立生長，增加內膛枝的透光性，提早結果，拉枝時要以樹形樹冠發展要求，以不同方向進行拉控。
修剪必須結合灌水和施肥。一般要在修剪後及時給樹灌水施肥，以利於樹苗的正常生長。如果修剪不當，往往就會只開花、不結果或少結果，甚至不開花。要讓檸檬年年開花結果，高產，修剪必須精心。
需要注意的是，幼樹宜抽長梢，各季枝梢抽生後，除對長梢保留8至10片葉其餘摘心外，還應要作嫩梢摘心，留20到25釐米長為宜，充實健壯樹冠，早分枝、多分枝，從而儘快擴大樹冠。
修剪時造成的傷口常常是病蟲侵入的入口，必要時應及時用“愈傷防腐膜”封閉，防乾裂、病蟲為害，雨水汙染。
對初結果樹的修剪以輕疏長放為主。注意培育優良的結果母枝，保持每年有足夠的花量增加產量。隨著樹齡增大，產量增多，修剪量也要逐年增加。修剪上更多采用夏季修剪，結合培養樹形，繼續配置副主枝和側枝，對延長枝短截，刪除短截後過多的枝梢、對擾亂樹形的徒長枝儘可能地採用拉枝、扭梢和刪疏處理。培養和保留較多偏弱或中庸的春秋營養枝作為結果母枝，以保證足夠的花量和來年的掛果量，從而使樹體營養中心及時轉向生殖生長。
對盛果樹的修剪，夏季採用抹芽、摘心、冬季採用蔬剪、回縮相結合，逐年增大修剪量，儘可能保持梢、果生長平衡，防止大小年結果。對結果枝組採取輪換壓縮修剪，春秋梢抽生較長的，留8～10片葉儘早摘心。
夏梢萌發時，採用抹芽放梢，反覆抹去無花蕾的嫩梢，至7月中、下旬停抹，抽放大量短壯秋梢，經過疏刪調整過密和位置不當的嫩梢，即可使這批秋梢成為來年優良母枝。對樹冠內部的輔養枝，在其結果後逐年回縮疏除。
下垂枝結果後，下垂部分長勢更易衰弱，可逐年回縮剪去先端下垂部分，抬高枝群位置，繼續結果。對頂端較多的直立大枝，可按強樹疏強枝，中庸樹疏直立枝的原則進行處理，強的疏除，弱的短剪。透過修剪，使盛果樹始終處於營養生長和生殖生長的平衡狀態，始終保持一定的豐產樹形，從而延長樹體的經濟壽命。對前期疏於整形和修剪，或樹冠上部強下部弱，形成鬱閉的成年樹，視情況採用疏枝、鋸大枝、重度回縮、開天窗和剪除騎馬枝等修剪方法，使樹體減少鬱閉，儘快恢復樹勢，形成產量。
不同檸檬樹的不同修剪方法：
1、對密植樹的修剪：在檸檬密植樹結果的前幾年，修剪宜輕，主要是抹除夏梢保果，促發秋梢作結果母枝，及時短截結果枝組。對7、8年生及以後的檸檬樹，要加重縮剪衰弱枝組和大枝，以延緩樹冠鬱閉。樹冠封行交叉處，要壓縮增密樹（非永久樹）上部的大枝，以保證永久樹的擴充套件。間伐後永久樹按穩產樹修剪。
2、對衰老樹的修剪：檸檬的經濟壽命較其他柑橘類果樹短，一般在20年後產量即開始下降，30年後即開始衰老。對衰老樹宜在春梢萌動時，根據衰弱程度進行不同程度的更新修剪。特別弱的檸檬樹要在開花前短剪，疏除花蕾，並在夏季回縮，結合施夏肥，促發夏梢恢復樹勢。對開始衰老檸檬樹，部分枝群衰退，尚有部分能結果的，可每年回縮剪除1/3的側枝和小枝組，促發新的側枝生長強壯，更新樹冠。在輪換更新期間，尚有一定產量，三年全樹輪換更新完畢，即可獲得較好效果。對衰老特別嚴重的檸檬樹，應給予淘汰。衰老樹更新修剪最好結合土壤改良增施有機肥，斷掉部分1—2釐米的粗的粗根，促發新的細根。
檸檬樹的修剪主要有摘心、疏枝、短截、回縮、抹芽、扭梢、鋸主枝、斷根等基本手法。
1、摘心：指在生長季節，對尚未停止生長的新梢摘除頂端一段。
2、疏枝：指將一個梢或枝組甚至骨幹枝從基部剪除。
3、短截：指將一年生新梢或多年生枝剪去一部分的剪截方法
4、回縮：指剪除多年生枝組的先端部分
5、抹芽：指在夏、秋梢抽生至1～2釐米時，將嫩芽抹除的方法。
6、扭梢：指將一些枝梢從基部3～5釐米處用手捏緊，大幅度旋轉扭曲或向下扭曲。
7、鋸主枝：用修剪鋸從擾亂樹形大枝的基部鋸除。
8、斷根：挖開樹冠下層，切斷部分1～2釐米粗的大根和側根。
檸檬樹的修剪時間：
檸檬樹修剪的時期各不相同。在中國檸檬產區，檸檬修剪一年四季都可以進行，但修剪的重點和目的不同。冬、春季修剪，是檸檬採果後到第二年春季春梢萌發前進行的修剪。無凍害產區，可在採後結合果園清園進行、修剪宜早；有凍害產區，可在春季氣溫回升後至春梢萌發前進行修剪。需要更新的老樹、衰弱樹和重剪促梢的樹，也可在春夏抽梢時回縮修剪。
生長期修剪，是在檸檬春梢抽發後至採果前的各項修剪。又分為夏季修剪和花期修剪等。夏季修剪以抹芽、摘心和短剪為主，主要目的是控制其枝梢的生長勢，促進果實生長髮育。花期主要是疏去部分無葉花枝，減少花量和養分消耗，達到保果的目的。生長期修剪要特別注意剪後在剪口處噴布殺菌劑消毒，否則容易引發流膠病等多種病害。
檸檬樹修剪的注意事項：
檸檬樹修剪首先要從結果前的幼樹整形做起。樹苗長至50釐米左右，切頂定杆，在剪口下培養3枝生長強健、分佈均勻的主枝。儘快擴大樹冠，形成牢固的骨架。主枝要少，枝組要多，拉開距離，主枝和副主枝配置必須合理。其次，定杆後每次抽梢生長至20到30釐米時，去頂。促使大部分休眠芽轉化為萌動芽，萌發生長。對不作延長枝的夏、秋梢，除徒長枝應刪除外，一般不應修剪，讓其自然分枝後，成為結果枝組。過長的夏、秋梢要摘心只留8至10片葉，可增加分枝，提前形成樹冠和提早結果。
修剪順序一般為：先剪下部，後剪上部，先剪內部，後剪外部，先剪大枝，後剪小枝。要求做到“大枝稀朗朗，小枝鬧嚷嚷”，小空大不空，左右不擠，上下不疊，枝葉繁茂，通風透光，增大結果面積。
乾枯枝、病蟲枝、廕庇枝、交叉枝及果梗、內外密生枝、弱的結果枝和落花落果枝等，都是剪除的物件。要注意控冬梢，保春梢，留夏秋梢；修剪後要視其情況進行拉枝，控制直立生長，增加內膛枝的透光性，提早結果，拉枝時要以樹形樹冠發展要求，以不同方向進行拉控。
修剪必須結合灌水和施肥。一般要在修剪後及時給樹灌水施肥，以利於樹苗的正常生長。如果修剪不當，往往就會只開花、不結果或少結果，甚至不開花。要讓檸檬年年開花結果，高產，修剪必須精心。
需要注意的是，幼樹宜抽長梢，各季枝梢抽生後，除對長梢保留8至10片葉其餘摘心外，還應要作嫩梢摘心，留20到25釐米長為宜，充實健壯樹冠，早分枝、多分枝，從而儘快擴大樹冠。
修剪時造成的傷口常常是病蟲侵入的入口，必要時應及時用“愈傷防腐膜”封閉，防乾裂、病蟲為害，雨水汙染。
對初結果樹的修剪以輕疏長放為主。注意培育優良的結果母枝，保持每年有足夠的花量增加產量。隨著樹齡增大，產量增多，修剪量也要逐年增加。修剪上更多采用夏季修剪，結合培養樹形，繼續配置副主枝和側枝，對延長枝短截，刪除短截後過多的枝梢、對擾亂樹形的徒長枝儘可能地採用拉枝、扭梢和刪疏處理。培養和保留較多偏弱或中庸的春秋營養枝作為結果母枝，以保證足夠的花量和來年的掛果量，從而使樹體營養中心及時轉向生殖生長。
對盛果樹的修剪，夏季採用抹芽、摘心、冬季採用蔬剪、回縮相結合，逐年增大修剪量，儘可能保持梢、果生長平衡，防止大小年結果。對結果枝組採取輪換壓縮修剪，春秋梢抽生較長的，留8～10片葉儘早摘心。
夏梢萌發時，採用抹芽放梢，反覆抹去無花蕾的嫩梢，至7月中、下旬停抹，抽放大量短壯秋梢，經過疏刪調整過密和位置不當的嫩梢，即可使這批秋梢成為來年優良母枝。對樹冠內部的輔養枝，在其結果後逐年回縮疏除。
下垂枝結果後，下垂部分長勢更易衰弱，可逐年回縮剪去先端下垂部分，抬高枝群位置，繼續結果。對頂端較多的直立大枝，可按強樹疏強枝，中庸樹疏直立枝的原則進行處理，強的疏除，弱的短剪。透過修剪，使盛果樹始終處於營養生長和生殖生長的平衡狀態，始終保持一定的豐產樹形，從而延長樹體的經濟壽命。對前期疏於整形和修剪，或樹冠上部強下部弱，形成鬱閉的成年樹，視情況採用疏枝、鋸大枝、重度回縮、開天窗和剪除騎馬枝等修剪方法，使樹體減少鬱閉，儘快恢復樹勢，形成產量。
不同檸檬樹的不同修剪方法：
1、對密植樹的修剪：在檸檬密植樹結果的前幾年，修剪宜輕，主要是抹除夏梢保果，促發秋梢作結果母枝，及時短截結果枝組。對7、8年生及以後的檸檬樹，要加重縮剪衰弱枝組和大枝，以延緩樹冠鬱閉。樹冠封行交叉處，要壓縮增密樹（非永久樹）上部的大枝，以保證永久樹的擴充套件。間伐後永久樹按穩產樹修剪。
2、對衰老樹的修剪：檸檬的經濟壽命較其他柑橘類果樹短，一般在20年後產量即開始下降，30年後即開始衰老。對衰老樹宜在春梢萌動時，根據衰弱程度進行不同程度的更新修剪。特別弱的檸檬樹要在開花前短剪，疏除花蕾，並在夏季回縮，結合施夏肥，促發夏梢恢復樹勢。對開始衰老檸檬樹，部分枝群衰退，尚有部分能結果的，可每年回縮剪除1/3的側枝和小枝組，促發新的側枝生長強壯，更新樹冠。在輪換更新期間，尚有一定產量，三年全樹輪換更新完畢，即可獲得較好效果。對衰老特別嚴重的檸檬樹，應給予淘汰。衰老樹更新修剪最好結合土壤改良增施有機肥，斷掉部分1—2釐米的粗的粗根，促發新的細根。