章太炎參與護法
民國五年（1916年）6月，章太炎由北京南返。這時，孫中山也在上海，曾兩電黎元洪規復約法，尊重國會；章太炎也認為“約法、國會，本民國固有之物，為袁氏所摧殘”，主張維護。此後，他多次和孫中山一起參加會議，基本主張與孫中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇慶，去看望岑春煊，更出遊南洋群島，一直到年末才回國。孫中山致電黎元洪，認為章太炎“碩學卓識，不畏強禦，古之張大千刻章太炎墓前石碑良史，無以過之，為事擇人，竊謂最當”，推舉章為國史館長。
民國六年（1917年）3月，段祺瑞召集督軍團在北京開會，商討對德宣戰。5月7日，國會討論參戰案；10日，段祺瑞組織“公民請願團”等，包圍國會，毆辱議員。章太炎和孫中山兩次致電黎元洪，要求嚴懲“偽公民犯法亂紀之人”，“嚴懲暴徒主名”，“勿令勢要從旁掣肘”。6月7日，張勳率軍北上，與段派集議，電黎“調停須先解散國會”。孫、章聯電陸榮廷等南方各省督軍、省長，指出：“調停戰事之人，即主張復辟之人；擁護元首之人，即主張廢立之人。”“叛人秉政，則共和遺民必無噍類”。又聯名致電陳炯明：“國會為民國之命脈，調和乃借寇之資糧”，“今者群盜鴟張，叛形已著，黃陂與之講解，實同降伏”。
7月1日，張勳復辟。3日，章太炎與海軍總長程璧光等在孫中山的住處秘密商議，籌劃反對張勳的復辟舉動。接著，與孫中山、廖仲愷、朱執信、何香凝乘海琛艦由上海啟程赴廣州，於7月17日抵粵。當有人詢以討逆計劃時，章太炎即答以：“餘此次偕孫中山來粵，所抱之希望頗大”，“討逆之舉，即為護法而起，惟不違法之人而後可以討逆”。永豐、同安、豫章三艦抵達黃埔，孫、章一起前往迎迓。廣東各界開歡迎海軍大會，孫中山、程璧光到會，章太炎亦參加。9月1日，國民非常會議選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，章太炎任護法軍政府秘書長，《大元帥就職宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中說：“民國根本，掃地無餘，猶幸共和大義，浹於人心，舉國同聲，誓殲元惡”，誓“與天下共擊破壞共和者”。此後，因護法軍政府中派系鬥爭激烈，章“欲西行”，孫中山勸以“不當先去以失人望”，章太炎表示願為軍政府爭取外援，到雲南聯絡唐繼堯。當他抵達昆明後，多次向唐繼堯進言，促唐繼堯東下，但唐繼堯始終是託故不出。
章太炎參與護法
民國五年（1916年）6月，章太炎由北京南返。這時，孫中山也在上海，曾兩電黎元洪規復約法，尊重國會；章太炎也認為“約法、國會，本民國固有之物，為袁氏所摧殘”，主張維護。此後，他多次和孫中山一起參加會議，基本主張與孫中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇慶，去看望岑春煊，更出遊南洋群島，一直到年末才回國。孫中山致電黎元洪，認為章太炎“碩學卓識，不畏強禦，古之張大千刻章太炎墓前石碑良史，無以過之，為事擇人，竊謂最當”，推舉章為國史館長。
民國六年（1917年）3月，段祺瑞召集督軍團在北京開會，商討對德宣戰。5月7日，國會討論參戰案；10日，段祺瑞組織“公民請願團”等，包圍國會，毆辱議員。章太炎和孫中山兩次致電黎元洪，要求嚴懲“偽公民犯法亂紀之人”，“嚴懲暴徒主名”，“勿令勢要從旁掣肘”。6月7日，張勳率軍北上，與段派集議，電黎“調停須先解散國會”。孫、章聯電陸榮廷等南方各省督軍、省長，指出：“調停戰事之人，即主張復辟之人；擁護元首之人，即主張廢立之人。”“叛人秉政，則共和遺民必無噍類”。又聯名致電陳炯明：“國會為民國之命脈，調和乃借寇之資糧”，“今者群盜鴟張，叛形已著，黃陂與之講解，實同降伏”。
7月1日，張勳復辟。3日，章太炎與海軍總長程璧光等在孫中山的住處秘密商議，籌劃反對張勳的復辟舉動。接著，與孫中山、廖仲愷、朱執信、何香凝乘海琛艦由上海啟程赴廣州，於7月17日抵粵。當有人詢以討逆計劃時，章太炎即答以：“餘此次偕孫中山來粵，所抱之希望頗大”，“討逆之舉，即為護法而起，惟不違法之人而後可以討逆”。永豐、同安、豫章三艦抵達黃埔，孫、章一起前往迎迓。廣東各界開歡迎海軍大會，孫中山、程璧光到會，章太炎亦參加。9月1日，國民非常會議選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，章太炎任護法軍政府秘書長，《大元帥就職宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中說：“民國根本，掃地無餘，猶幸共和大義，浹於人心，舉國同聲，誓殲元惡”，誓“與天下共擊破壞共和者”。此後，因護法軍政府中派系鬥爭激烈，章“欲西行”，孫中山勸以“不當先去以失人望”，章太炎表示願為軍政府爭取外援，到雲南聯絡唐繼堯。當他抵達昆明後，多次向唐繼堯進言，促唐繼堯東下，但唐繼堯始終是託故不出。