殼聚糖有兩個機制降低膽固醇。一個是阻止脂肪的吸收，另一個是將人體血液內的膽固醇排洩掉。首先，殼聚糖抑制那些助於脂肪吸收的脂肪酶的活性。脂肪酶分解脂肪使人體進行吸收。另外一個是排洩膽酸。一旦膽酸排洩，則血液中的膽固醇被用於製造膽酸。這兩種機制使得殼聚糖成為強膽固醇清除劑。殼聚糖是一種天然材料，具有強大的陰離子吸附力，適用於降低膽固醇而沒有任何副作用。

很早人們就發現從發現單純的殼聚糖可以吸附自身重量很多倍的油脂 ,相關動物實驗發現 殼聚糖能有效阻止消化系統吸收膽固醇和甘油三脂 ,防止膽固醇及脂肪酸在體內蓄積 。如飼餵高脂肪混合飼料的大鼠,同時加入殼聚糖兩週後 ,實驗組的糞便中脂肪含量明顯高於對照 。殼聚糖能夠吸附油脂的機理一般認為是自身的氨基使其成為聚陽離子體 ,可與帶負電的脂肪酸離 子相吸附 殼聚糖還可以和膽汁酸結合影響脂類乳化而減少其吸收。殼聚糖還有促進膽固醇轉化為膽汁酸的 作用 。由於殼聚糖容易和膽汁酸結合並全部排出體外 ,那麼 ,為了保持膽汁酸正常含量就必須在肝臟中 將膽固醇轉化為膽汁酸 ,其結果是血液中的膽固醇含量必然下降 ,也具有顯著地減肥功能 值的增加,殼聚糖的吸附絮凝物 (包含殼聚糖 、膽汁酸和吸附的脂肪 、膽固醇) 不會 進入血液中 ,不能被消化從而正常的被排出體外 。這些特點都決定了殼聚糖自身很適於人體內的減肥應 但是殼聚糖作為聚陽離子化合物,一般不能與中性油發生吸附反應 ,對脂肪物質在胃中會分解的膽 固醇 、甘油三酸酯等中性油吸附能力不強;而且由於殼聚糖與脂肪不能互溶 ,極大地限制了殼聚糖 與脂肪及脂肪酸的相互作用 ;再者由於殼聚糖在腸道環境中為不溶解狀態 ,降低了對脂肪酸的吸附效率 因此人們開始將殼聚糖與其他具有減肥或可抑制其副作用的物質共同使用而提高其對油脂的吸附能力 。另外 ,還可以透過對殼聚糖進行改性 ,使用其衍生物來提高吸附油脂的效率