目前來看是 NTFS 最好。
FAT32：4G 檔案限制，沒有日誌
exFAT：沒有日誌
HFS+：此檔案系統本身素質較差，且在 Windows 和 Linux 上沒有良好支援，第三方支援也很差
NTFS：Windows 原生支援，Linux 支援良好，macOS 上第三方軟體提供良好支援（Paragon 或 OSXFuse），作為行動硬碟格式通用性也好
ext4：Linux 原生支援，Windows 和 macOS 都需要安裝軟體，雖支援良好，但作為行動硬碟格式的話通用性差
APFS：macOS 專用
為何不推薦沒有日誌的檔案系統：防止斷電、插拔前未正常推出等情況下丟資料。我個人極為重視安全性，認為安全第一，都是血的教訓。況且 macOS 下讀寫 NTFS 並不麻煩。
有人覺得 macOS 下讀寫 NTFS 的軟體不可靠。我沒用過 Paragon，但 OSXFuse 我目前用下來沒有遇到什麼問題，就是速度比較慢。
如果你們真擔心那麼多，那不如我給你們推薦個終極方案吧：
目前來看是 NTFS 最好。
FAT32：4G 檔案限制，沒有日誌
exFAT：沒有日誌
HFS+：此檔案系統本身素質較差，且在 Windows 和 Linux 上沒有良好支援，第三方支援也很差
NTFS：Windows 原生支援，Linux 支援良好，macOS 上第三方軟體提供良好支援（Paragon 或 OSXFuse），作為行動硬碟格式通用性也好
ext4：Linux 原生支援，Windows 和 macOS 都需要安裝軟體，雖支援良好，但作為行動硬碟格式的話通用性差
APFS：macOS 專用
為何不推薦沒有日誌的檔案系統：防止斷電、插拔前未正常推出等情況下丟資料。我個人極為重視安全性，認為安全第一，都是血的教訓。況且 macOS 下讀寫 NTFS 並不麻煩。
有人覺得 macOS 下讀寫 NTFS 的軟體不可靠。我沒用過 Paragon，但 OSXFuse 我目前用下來沒有遇到什麼問題，就是速度比較慢。
如果你們真擔心那麼多，那不如我給你們推薦個終極方案吧：
把硬碟分成兩個區，一個比較小的 FAT32，一個比較大的 ext4在 FAT32 裡放兩個 portable 的 VirtualBox 程式，一個 macOS 版本，一個 Windows 版本用 VirtualBox 裝個 Ubuntu Server，把那個 ext4 分割槽掛載為 /，並在裡面搭建個 samba，把要存檔案的目錄設定共享以後要讀寫的時候就啟動虛擬機器然後透過 smb 來讀寫吧