苦瓜的根系比較發達,側根很多,主要分佈在30~50cm 的耕作層內,根群最深分佈達2.5~3.0m,橫向伸展最寬達1.0~1.3m.根系喜潮溼,在栽培上應注意加強水分管理,但根系又怕澇,所以,栽培上還要注意在雨後排水.

苦瓜是一種非常高產的蔬菜，也就是說明它的根系是非常發達的。如果不夠發達，那麼可以選用嫁接的方式，使它的根系變得發達

苦瓜的根系發達，側根多，分佈範圍廣。主要根群分佈在30~50釐米的耕作層內。主根可深扎2~3米，周圍的次生根可達1.3米。在棚室栽培條件下，由於育苗移栽，影響了主根的深扎能力，再加上棚室冬春季節深處地溫較低，不處於根系的伸長。一般苦瓜根系生長髮育與土壤的理化性狀有很大關係，沙壤土有機質含量高，土質肥沃，苦瓜根群分佈密集；土壤黏重、有機肥少、透氣性差的條件下，苦瓜根系少而弱。

苦瓜品種不同根系生長狀況有一定差別，一般早熟品種的根系淺，分佈面積小；晚熟品種枝葉繁茂，根群粗壯，吸肥吸水能力強。

苦瓜的根系生長與土壤溫度條件關係很大，在17℃~25℃適宜的土壤溫度條件下，植株生長旺盛，根系發達，吸收能力強。超過30℃地溫，根系老化加快，植株明顯衰老。

近年來苦瓜在棚室反季節栽培時，利用抗低溫的南瓜作砧木，進行嫁接換根，明顯提高了苦瓜在冬春季節抗低溫及抗病能力，提高了苦瓜棚室生產的產量經濟效益。