遺傳因素

部分患兒直系或旁系親屬中有類似畸形發生。大約有20%左右唇顎裂患兒可查詢出有遺傳史。

感染和損傷

懷孕初期(2個月左右)的母親感染過病毒，如流感、風疹或受過某種損傷可能成為唇顎裂的致病原因。

慢性疾病

母體懷孕期間患有如貧血、糠尿病、嚴重營養障礙等慢性疾病。

懷孕期間服用某些藥物

如鎮靜藥、抗癲癇藥及激素類藥等。

X線照射

懷孕期間母體接受過大劑量X線照射。

年齡因素

相關資料指出父母雙方年齡都偏大，會使胎兒唇顎裂的風險增加。胎兒唇顎裂的風險隨父母雙方的年齡遞增。40歲母親與30歲母親相比，胎兒唇顎裂的風險要高20%；而20歲到50歲之間，父親的年齡每大10歲，胎兒唇顎裂的風險就增加12%。不過，如果父母中有一方極其年輕，這個規律就不再適用。

環境因素

主要是母親懷孕早期(懷孕3個月以前)出現下述某種狀況可能會導致胎兒唇顎裂：如懷孕期間維生素的缺乏，尤其懷孕期間葉酸缺乏；母親在懷孕期間感染病毒，如孕婦上呼吸道感染、風疹等；接觸X射線、電腦輻射等；服用抗癲癇藥、類固醇激素或抗腫瘤藥物、抗組胺藥、長期接觸農藥、長期菸酒刺激等，都可能造成遺傳基因的突變等一系列胎兒唇顎裂；內分泌失調，由於精神性或損傷性的因素，如遭到強烈的精神刺激、身體遭損傷等；營養因素，早孕期的嚴重嘔吐、厭食、偏食等導致維生素D、葉酸、鐵、鈣等的缺乏也會導致胎兒唇顎裂。

遺傳因素

遺傳學研究證明，胎兒唇顎裂為多基因遺傳性疾病，20%～30%的患者具有陽性的遺傳因素。一般胎兒唇顎裂發生在第一胎的機率為1/600，如果第一胎是胎兒唇顎裂的，在第二胎髮生胎兒唇顎裂的機率為3/100。如果一個嬰兒的哥哥或姐姐也有這種胎兒唇顎裂，那這個嬰兒便比其他嬰兒多30至40倍的可能出現胎兒唇顎裂這種缺陷。我們也經常可見在患者的親屬中有類似的畸形發生。