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木美土裡複合微生物肥料可以與化學肥料(包括複合肥)混合施用。這正是木美土裡菌肥與其它生物有機肥的根本區別，一般的生物有機肥活性菌群含量不少於(0.2—2億/克)，微生物菌種偏少。依土壤學的觀點，當這種生物有機肥與複合化肥混合施用時，複合化肥分解，改變周邊土壤PH值，破壞了土壤緩衝作用，從而影響細菌的生活和生存，導致某些細菌死亡，降低和破壞了此類生物有機肥的功能和作用。

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一般生物菌肥與複合肥混合施用，就像秋天人們醃鹹菜，撒了幾把鹽，將細菌(黴菌)都殺死了，才不致鹹菜黴變腐爛。由於一般生物有機肥科技工藝水平不高，所以說一般生物菌肥與複合肥不能混合施用。提高複合肥料利用率，旺根壯樹、防控土傳病害。

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木美土裡複合微生物肥料中的生物菌群，所含有的61種有益微生物菌中不僅有細菌類，還包括放線菌、真菌類等，既有耐鹼型又有耐酸型。最主要是木美土裡複合微生物肥料先進的製造工藝，以及對好氧、厭氧、兼厭氣菌種疊加融合，使其肥具有較大範圍的酸鹼緩衝性。 木美土裡複合微生物肥料(以下簡稱為木美土裡菌肥與複合肥混合施用，若配上微量元素礦質肥、中微量元素效果更佳；與複合肥、礦質肥等混施時不影響菌群的正常生理活動。