從國家標準等級，分類，肯定是微生物菌劑比較好。菌肥分為三種，一種是生物有機肥，一種是複合微生物菌劑，一種是微生物菌劑。目前市場上使用最多的就是生物有機肥和微生物菌劑。

生物有機肥按照國家標準是884的標準，要求有機質大於40%，有益菌，每克大於2000萬，水分低於30%。微生物菌劑使用20287的標準，對有機質沒有要求，主要是有效活菌數每克大於兩億。從有益菌含量上講微生物菌劑比較好。正常情況下，微生物菌劑的載體都是溶於水的。多數微生物菌劑用氨基酸來做載體，讓微生物菌保持一定的活性。這樣衝施到土壤中，氨基酸也有利於根系生長。

菌肥要有好的效果，需要注意存放位置，使用方法等問題。首先土壤要有合適的環境，微生物菌劑中的有益菌才會快速的繁殖，形成有益菌群，讓植物根系增加抗病能力。菌肥買回來以後，要放置在陰涼通風的地方，不能在太陽下暴曬，否則會造成有益菌大量死亡。菌肥使用時，最好配合有機肥，一起使用，這樣才能達到更好的效果。

菌劑對養分含量沒有要求，使用時要和有機肥一起使用，生物有機肥既有菌也有肥，但是對菌的要求低。所以這兩個完全是兩種東西，沒辦法比較的，不過生產中補肥建議用生物有機肥，治療缺素症，提高根系活力和提高各種肥效利用率可用菌劑。

生物有機肥和生物菌劑同屬於微生物肥的範疇，不過他們的側重點不一樣，咱們來看一下：國家標準規定的微生物菌肥分以下3種：

一，微生物菌劑，執行標準：GB20287-2006，主要技術指標就是菌的含量，從2億/克到幾百億不等，對有機質和氮磷鉀沒有要求。二，生物有機肥，執行標準：NY884-2012，主要技術指標：菌0.2億以上，有機質40%以上，對氮磷鉀沒有要求。三，複合微生物肥料，執行標準：NY/T798-2004，主要技術指標：菌0.2億以上，有機質20%以上，氮磷鉀6%以上。

從國家標準可以看出：生物有機肥側重的是有機質，通俗來說就是含菌的有機肥，在有機肥裡面新增有益菌而已，最終中決定效果的主要還是有機質，如果菌的含量高還好一些，如果只有0.2億/克，那還是當做有機肥來用吧：要知道：每克肥沃的土壤最少含有25億個細菌、40萬個真菌、還有藻類和原生動物，0.2億施入土壤，杯水車薪。

而生物菌劑的直接指標就是菌的含量，菌的含量從幾億到幾百億不等，有利於增加土壤有益菌的種群優勢，這只是其一；其二，生物菌是咱們肉眼看不到的，我們看到的其實是菌的載體，而生產廠家選擇菌的載體多會選擇黃腐酸鉀、氨基酸、腐植酸，或者直接選擇有機肥作為載體，既保障了有益菌的活性，又增加了土壤有機質的含量：其三：有機肥施入土壤，是不能直接吸收的，需要大量的有益菌分解成小分子有機物才能吸收，分解過程中並大量的植物內源激素，刺激植物生長。

從實際有益菌的數量和活性以及實際應用效果來看，微生物菌劑要比生物有機肥效果更好，不過大量的有益菌的投入也需要大量有機肥的投入，二者相輔相成，互相依存，如果微生物菌劑含有機質很少，還要大量投入有機肥的，選擇一款有機質含量高的生物菌劑還是比較合理的。

生物有機肥和生物菌劑都屬於生物肥，都是以微生物的生命活動來使作物和土壤得到特定肥效的一種肥料。都是為了促進作物的養分供應，代謝生長，促進土壤養分平衡及菌群平衡，增強作物抗逆性，改善作物品質等。

生物有機肥和生物菌劑大多應用在經濟作物中，如蔬菜大棚及果樹。

1、生物有機肥

生物有機肥是指以動物殘體及糞便和植物秸稈、工廠下腳料為原料，經腐熟後，配合一定量的生物菌製成的肥料。

生物有機肥的應用比較廣泛，不管是大田作物還是經濟作物中，對於土壤的調理都非常具有重要的作用。特別是對於土壤的解磷解鉀固氮、促進土壤團粒結構的形成有特別意義。

2、生物菌劑

微生物菌劑是指將微生物經過擴繁加工後製成的活菌製劑，一般以粉劑和水劑形態出現。它對於平衡土壤中的微生物，防止病蟲害發生、降解毒素有積極的作物。特別對於經濟作物的品質改善、解決作物養分合理供應和作物健康生長有特殊意義。

生物有機肥和生物菌劑的區別主要體現在以下3方面：

1、所含物質不同

生物有機肥含有40%以上的有機質，微生物菌劑沒有有機質。

2、有效活菌數不同

生物有機肥的有效活菌數為2000萬/克，微生物菌劑粉劑和水劑的有效活菌數為2億/克。

3、招行標準不同

生物有機肥的執行標準為NY884-2012，而微生物菌劑的執行標準為GB20287-2006，標準不同點在於其對於所含物質和有效活菌的量化指標，以及對於水分、有效期、雜菌數的要求不同。

生物有機肥和微生物菌劑雖然都屬於生物肥系列，都對於土壤和作物有一定的功效，但其應用的側重點是不同的。生物有機肥重在提高土壤有機質，重在改善土壤有機質水平，同時透過菌類增加來促進土壤中的礦物質分解；而微生物菌劑重在推動土壤中和作物內部的菌類平衡，提高作物抗逆性和果實品質。

在實際應用中，微生物菌劑更偏重於微生物的應用，而生物有機肥更偏重於有機質的提高，由於這個特點，我們對於普通經濟作物應用更多的是生物有機肥，對於品質要求比較高的作物，微生物菌劑的應用就更為廣泛。從價格來說，微生物菌劑的價格相對生物有機肥要高得多。

微生物菌劑和生物有機肥從標準含量都不一樣，嚴格說微生物菌劑更加高階一些。

微生物菌劑，用國家標準GB20287-2006的，菌每克大於2億每克，沒有有機質的要求。

生物菌肥，用國家標準NY884-2012，菌每克大於2000萬，有機質大於40，就可以了。

菌肥一般配合有機肥，用在底肥上，微生物菌劑，一般可以全部水溶，苗期或者中後期可以衝施。不過這兩年，很多企業也做了很多，菌劑用來做底肥。

兩者對改良土壤都有作用。