蕨類植物的起源，根據已發現的古植物化石推斷，一般認為，古代和現代生存的蕨類植物的共同祖先，都是距今4億年前的古生代志留紀末期和下泥盆紀時出現的裸蕨植物。裸蕨植物在下、中泥盆紀最為繁盛，在它們生存的時期裡，衍生出來的種類很多，形式也複雜。據近來的研究，也有不少人認為裸蕨植物可能並不代表植物界的一個自然分類單元，而是一個內容極為龐雜的大類群，發現於西伯利亞寒武紀的阿丹木，以及發現於澳洲志留紀的刺石松等化石植物，因其形態特徵和地質年代的古老性，認為蕨類植物並不完全是起源於裸蕨植物，而是起源於比它們更原始的型別或是共同的祖先，但是由於化石儲存條件的限制，現在的認識還是很不完善，需要進一步研究。裸蕨植物起源問題，植物學家的意見並不一致。多數人認為，古老的蕨類植物是起源於藻類；也有人認為，可能起源於苔蘚植物。至於裸蕨植物起源於哪一類藻類植物，意見又有分歧。有的認為裸蕨起源於綠藻，主要理由是它們都有相同的葉綠素，貯藏營養是澱粉類等物質，遊動細胞具有等長鞭毛等特徵都和綠藻相似；也有人認為蕨類起源於褐藻，理由是褐藻植物中不但有孢子體和配子體同樣發達的種類，也有孢子體比配子體發達的種類，而且褐藻植物體結構複雜，並有多細胞組成的配子囊。至於蕨類植物起源於苔蘚植物，其理由主要是裸蕨植物孢子體有某些性狀與苔蘚植物中的角苔類相似，但缺乏足夠證據，又難以解釋兩者生活史上孢子體和配子體優勢的轉變；也有人認為，裸蕨植物和苔蘚植物都是起源於藻類，並且是平行發展而來的。
蕨類植物的起源，根據已發現的古植物化石推斷，一般認為，古代和現代生存的蕨類植物的共同祖先，都是距今4億年前的古生代志留紀末期和下泥盆紀時出現的裸蕨植物。裸蕨植物在下、中泥盆紀最為繁盛，在它們生存的時期裡，衍生出來的種類很多，形式也複雜。據近來的研究，也有不少人認為裸蕨植物可能並不代表植物界的一個自然分類單元，而是一個內容極為龐雜的大類群，發現於西伯利亞寒武紀的阿丹木，以及發現於澳洲志留紀的刺石松等化石植物，因其形態特徵和地質年代的古老性，認為蕨類植物並不完全是起源於裸蕨植物，而是起源於比它們更原始的型別或是共同的祖先，但是由於化石儲存條件的限制，現在的認識還是很不完善，需要進一步研究。裸蕨植物起源問題，植物學家的意見並不一致。多數人認為，古老的蕨類植物是起源於藻類；也有人認為，可能起源於苔蘚植物。至於裸蕨植物起源於哪一類藻類植物，意見又有分歧。有的認為裸蕨起源於綠藻，主要理由是它們都有相同的葉綠素，貯藏營養是澱粉類等物質，遊動細胞具有等長鞭毛等特徵都和綠藻相似；也有人認為蕨類起源於褐藻，理由是褐藻植物中不但有孢子體和配子體同樣發達的種類，也有孢子體比配子體發達的種類，而且褐藻植物體結構複雜，並有多細胞組成的配子囊。至於蕨類植物起源於苔蘚植物，其理由主要是裸蕨植物孢子體有某些性狀與苔蘚植物中的角苔類相似，但缺乏足夠證據，又難以解釋兩者生活史上孢子體和配子體優勢的轉變；也有人認為，裸蕨植物和苔蘚植物都是起源於藻類，並且是平行發展而來的。