飛船結構分為：軌道艙、返回艙、推進艙、附加段四部分，“神舟”飛船的軌道艙是一個圓柱體，總長度為2.8米，最大直徑2.27米，一端與返回艙相通，另一端與空間對接機構連線。軌道艙被稱為“多功能廳”，因為幾名航天員除了升空和返回時要進入返回艙以外，其它時間都在軌道艙裡。軌道艙集工作、吃飯、睡覺和清潔等諸多功能於一體。
為了使軌道艙在獨自飛行的階段可以獲得電力，軌道艙的兩側安裝了太陽電池板翼，每塊太陽翼除去三角部分面積為2.0×3.4米，軌道艙自由飛行時，可以由它提供0.5千瓦以上的電力。軌道艙尾部有4組小的推進發動機，每組4個，為飛船提供輔助推力和軌道艙分離後繼續保持軌道運動的能力；軌道艙一側靠近返回艙部分有一個圓形的艙門，為航天員進出軌道艙提供了通道，不過，該艙門的最大直徑僅65釐米，只有身體靈巧、受過專門訓練的人，才能進出自由。艙門的上面有軌道艙的觀察窗。
軌道艙是飛船進入軌道後航天員工作、生活的場所。艙內除備有食物、飲水和大小便收集器等生活裝置外，還有空間應用和科學試驗用的儀器裝置。
返回艙返回後，軌道艙相當於一顆對地觀察衛星或太空實驗室，它將繼續留在軌道上工作半年左右。軌道艙留軌利用是中國飛船的一大特色，俄羅斯和美國飛船的軌道艙和返回艙分離後，一般是廢棄不用的。
作為航天員的“太空臥室”，軌道艙的環境很舒適，艙內溫度一般在17至25攝氏度之間。
返回艙
返回艙又稱座艙，長2.00米，直徑2.40米(不包括防熱層)。它是航天員的“駕駛室”。是航天員往返太空時乘坐的艙段，為密閉結構，前端有艙門。
神舟飛船的返回艙呈鐘形，有艙門與軌道艙相通。返回艙是飛船的指揮控制中心，內設可供3名航天員斜躺的座椅，供航天員起飛、上升和返回階段乘坐。座椅前下方是儀表板、手控操縱手柄和光學瞄準鏡等，顯示飛船上各系統機器裝置的狀況。航天員透過這些儀表進行監視，並在必要時控制飛船上系統機器裝置的工作。軌道艙和返回艙均是密閉的艙段，內有環境控制和生命保障系統，確保艙內充滿一個大氣壓力的氧氮混合氣體，並將溫度和溼度調節到人體合適的範圍，確保航天員在整個飛行任務過程中的生命安全。
另外，艙內還安裝了供著陸用的主、備兩具降落傘。神舟號飛船的返回艙側壁上開設了兩個圓形視窗，一個用於航天員觀測窗外的情景，另一個供航天員操作光學瞄準鏡觀測地面駕駛飛船。返回艙的底座是金屬架層密封結構，上面安裝了返回艙的儀器裝置，該底座重量輕便，且十分堅固，在返回艙返回地面進入大氣層時，保護返回艙不被炙熱的大氣燒燬。
推進艙
推進艙又叫儀器艙或裝置艙。推進艙長3.05米，直徑2.50米，底部直徑2.80米。安裝推進系統、電源、軌道制動，併為航天員提供氧氣和水。
它呈圓柱形，內部裝載推進系統的發動機和推進劑，為飛船提供調整姿態和軌道以及制動減速所需要的動力，還有電源、環境控制和通訊等系統的部分裝置。兩側各有一對太陽翼，除去三角部分，太陽翼的面積為2.0×7.5米。與前面軌道艙的電池翼加起來，產生的電力將三倍於聯盟號，平均1.5千瓦以上，差不多相當於富康AX新浪潮汽車的電源所提供功率。這幾塊電池翼除了所提供的電力較大之外，它還可以繞連線點轉動，這樣不管飛船怎樣運動，它始終可以保持最佳方向獲得最大電力，免去了“翹向太陽”所要進行的大量機動，這樣可以在保證太陽電池陣對日定向的同時進行飛船對地的不間斷觀測。
裝置艙的尾部是飛船的推進系統。主推進系統由4個大型主發動機組成，它們在推進艙的底部正中。在推進艙側裙內四周又分別佈置了4對糾正姿態用的小推進器，說它們小是和主推進器比，與其他輔助推進器比它們可大很多。另外推進艙側裙外還有輔助用的小型推進器。
附加段
附加段也叫過渡段，是為將來與另一艘飛船或空間站交會對接做準備用的。在載人飛行及交會對接前，他也可以安裝各種儀器用於空間探測。
對於附加段現階段的裝置沒有官方介紹，但是一些業內人士進行了大膽的推測，如：其中一個半環型裝置，據推測是用來安裝方形的儀器裝置。而三個相互垂直並可伸出的0.4米的探針被推測為可能是導航系統的一部分或對接系統的一部分。因為美國的阿波羅飛船上曾有類似的裝置用來進行對接。神舟飛船軌道艙前端可能裝有俄羅斯式的對接系統。但這些裝置可能只是一種試驗型，在將來執行與太空站對接的任務時肯定會被新型對接系統所替換。
飛船結構分為：軌道艙、返回艙、推進艙、附加段四部分，“神舟”飛船的軌道艙是一個圓柱體，總長度為2.8米，最大直徑2.27米，一端與返回艙相通，另一端與空間對接機構連線。軌道艙被稱為“多功能廳”，因為幾名航天員除了升空和返回時要進入返回艙以外，其它時間都在軌道艙裡。軌道艙集工作、吃飯、睡覺和清潔等諸多功能於一體。
為了使軌道艙在獨自飛行的階段可以獲得電力，軌道艙的兩側安裝了太陽電池板翼，每塊太陽翼除去三角部分面積為2.0×3.4米，軌道艙自由飛行時，可以由它提供0.5千瓦以上的電力。軌道艙尾部有4組小的推進發動機，每組4個，為飛船提供輔助推力和軌道艙分離後繼續保持軌道運動的能力；軌道艙一側靠近返回艙部分有一個圓形的艙門，為航天員進出軌道艙提供了通道，不過，該艙門的最大直徑僅65釐米，只有身體靈巧、受過專門訓練的人，才能進出自由。艙門的上面有軌道艙的觀察窗。
軌道艙是飛船進入軌道後航天員工作、生活的場所。艙內除備有食物、飲水和大小便收集器等生活裝置外，還有空間應用和科學試驗用的儀器裝置。
返回艙返回後，軌道艙相當於一顆對地觀察衛星或太空實驗室，它將繼續留在軌道上工作半年左右。軌道艙留軌利用是中國飛船的一大特色，俄羅斯和美國飛船的軌道艙和返回艙分離後，一般是廢棄不用的。
作為航天員的“太空臥室”，軌道艙的環境很舒適，艙內溫度一般在17至25攝氏度之間。
返回艙
返回艙又稱座艙，長2.00米，直徑2.40米(不包括防熱層)。它是航天員的“駕駛室”。是航天員往返太空時乘坐的艙段，為密閉結構，前端有艙門。
神舟飛船的返回艙呈鐘形，有艙門與軌道艙相通。返回艙是飛船的指揮控制中心，內設可供3名航天員斜躺的座椅，供航天員起飛、上升和返回階段乘坐。座椅前下方是儀表板、手控操縱手柄和光學瞄準鏡等，顯示飛船上各系統機器裝置的狀況。航天員透過這些儀表進行監視，並在必要時控制飛船上系統機器裝置的工作。軌道艙和返回艙均是密閉的艙段，內有環境控制和生命保障系統，確保艙內充滿一個大氣壓力的氧氮混合氣體，並將溫度和溼度調節到人體合適的範圍，確保航天員在整個飛行任務過程中的生命安全。
另外，艙內還安裝了供著陸用的主、備兩具降落傘。神舟號飛船的返回艙側壁上開設了兩個圓形視窗，一個用於航天員觀測窗外的情景，另一個供航天員操作光學瞄準鏡觀測地面駕駛飛船。返回艙的底座是金屬架層密封結構，上面安裝了返回艙的儀器裝置，該底座重量輕便，且十分堅固，在返回艙返回地面進入大氣層時，保護返回艙不被炙熱的大氣燒燬。
推進艙
推進艙又叫儀器艙或裝置艙。推進艙長3.05米，直徑2.50米，底部直徑2.80米。安裝推進系統、電源、軌道制動，併為航天員提供氧氣和水。
它呈圓柱形，內部裝載推進系統的發動機和推進劑，為飛船提供調整姿態和軌道以及制動減速所需要的動力，還有電源、環境控制和通訊等系統的部分裝置。兩側各有一對太陽翼，除去三角部分，太陽翼的面積為2.0×7.5米。與前面軌道艙的電池翼加起來，產生的電力將三倍於聯盟號，平均1.5千瓦以上，差不多相當於富康AX新浪潮汽車的電源所提供功率。這幾塊電池翼除了所提供的電力較大之外，它還可以繞連線點轉動，這樣不管飛船怎樣運動，它始終可以保持最佳方向獲得最大電力，免去了“翹向太陽”所要進行的大量機動，這樣可以在保證太陽電池陣對日定向的同時進行飛船對地的不間斷觀測。
裝置艙的尾部是飛船的推進系統。主推進系統由4個大型主發動機組成，它們在推進艙的底部正中。在推進艙側裙內四周又分別佈置了4對糾正姿態用的小推進器，說它們小是和主推進器比，與其他輔助推進器比它們可大很多。另外推進艙側裙外還有輔助用的小型推進器。
附加段
附加段也叫過渡段，是為將來與另一艘飛船或空間站交會對接做準備用的。在載人飛行及交會對接前，他也可以安裝各種儀器用於空間探測。
對於附加段現階段的裝置沒有官方介紹，但是一些業內人士進行了大膽的推測，如：其中一個半環型裝置，據推測是用來安裝方形的儀器裝置。而三個相互垂直並可伸出的0.4米的探針被推測為可能是導航系統的一部分或對接系統的一部分。因為美國的阿波羅飛船上曾有類似的裝置用來進行對接。神舟飛船軌道艙前端可能裝有俄羅斯式的對接系統。但這些裝置可能只是一種試驗型，在將來執行與太空站對接的任務時肯定會被新型對接系統所替換。