反義基因又稱反義鏈。在20世紀60年代的文獻上常把作為轉錄模板的那條鏈稱為有義鏈或稱有義DNA，而另一條單鏈就稱為反義DNA或稱反義鏈，而較近期的文獻則相反，把不作模板轉錄的鏈稱為有義DNA或稱編碼鏈，作為模板轉錄的鏈稱為反義鏈或反義DNA，或模板鏈。又如單鏈的DNA噬菌體Φ1×l74，其DNA進入寄主細胞後必須複製出一條互補鏈而成為雙鏈超螺旋結構形式後才能從這一互補鏈上轉錄出它所需的RNA。這時稱上述這條互補DNA也叫反義DNA，或又稱負鏈；而能夠進入噬菌體顆粒的DNA稱之謂有義DNA，又稱為正鏈。反義DNA被廣泛地應用於反義技術中用以“封閉”或“抑制”目的基因表達，目前被應用的反義DNA多采用化學合成法得到，長度一般在8～28pb，1978年Zamecnik首次利用13bp的反義DNA抑制勞氏肉瘤病毒(RSV)增殖。為了提高半衰期對天然結構反義DNA片斷的加工和修飾也應運而生，相繼出現了甲基磷酸型反義DNA、硫代硫酸型反義DNA、雙硫代硫型反義DNA、d-構型反義DNA、以及各種末端化學修飾的反義DNA。此外，更由於反義DNA的體外可操作性，使之在藥物設計、合成、功能多層化和多樣化等方面具有更大的優越性。反義DNA對認識結構基因的功能和其表達的調控，從而為分子遺傳學分析、人類疾病的防治以及動植物遺傳育種等提供了新的實驗依據。

目的基因反向連結的意思是基因序列顛倒反向了。

第一，打個比方，目的基因原本正確順序為ATGCGT，目的基因反向連結TGCGTA了，完全反向顛倒連結了。

第二，反向連結，造成序列完全改變，後果是基因無法表達，翻譯不出來來蛋白質，或者不是原來想要的蛋白質等後果。

第三，通常採用雙酶切手段來產生不同的黏性末端，可以避免造成基因反向連結