因為道教是一個發展變化的宗教。原本是道家學派，到了漢朝才出現道教。

第一個被認定為祖師爺的是道教中的茅山道創立者，茅盈、茅固、茅衷三兄弟，在句曲山開創教派，句曲山被改名茅山，教派也被稱為茅山道，三兄弟被尊為祖師爺。這裡祖師爺，我認為是具體的人，而不是傳說中的神靈，例如老子和軒轅黃帝。

到了五代時期，出現了尊奉呂洞賓為祖師爺的的終南山少陽派，後改為全真道。呂洞賓和鍾離權合著了《鍾呂傳道集》，因為呂洞賓名聲更大，所以被尊為全真道祖師爺。

進入元代，全真道王重陽整合了其他教派，再加上弟子丘處機獲得成吉思汗的供奉，所以王重陽代替呂洞賓，成為全真教新的祖師爺。

其後元朝政府出於平衡的目的，又冊封漢代的張陵，就是天師道的始祖張道陵和子孫為天師，在全真教之外，有扶植起天師道，天師道的始祖張道陵被尊為天師道的祖師爺。後來天師道被元朝皇帝元成宗立為正一道，張道陵仍然作為祖師爺。

從明朝開始，全真、正一兩個門派，各自尊奉自己的祖師爺，全真道的祖師爺是王重陽，而正一道的祖師爺是張道陵，而茅山道仍然繼續尊教派創始人茅山三兄弟為祖師爺。

這種三派並立的局面，一直持續到今天，老子可以被尊為三派共同供奉的神，但是具體到人作為祖師爺，三派仍然堅持各自的祖師爺。