朱元璋創立的衛所軍戶制度是明朝的主要軍事制度，和歷史上的軍屯類似，是一種寓兵於農的制度。軍戶需要世代擔負服兵役，軍戶子孫世襲，非朝廷恩准，不得隨便脫免。

這一制度的好處一是軍戶自己種糧，對民間需求較少，減輕了財政負擔，二是有固定的兵源。

但是優點也正是缺點所在，在這個制度下，每個軍戶不僅需要提供一個壯丁參軍，稱作正軍，而家中其他壯丁稱為餘丁，正軍赴衛所當兵時，還至少要有一名餘丁隨行，以助其生活。這等於是把原來百姓的負擔轉嫁到了軍戶身上。

在衛所軍戶制度創立初期，是透過增加軍戶的田地和減輕軍戶家庭的差役負擔來避免軍戶負擔太大。但是後來衛所官員侵佔田地，還私自讓軍士幫助耕種，這讓軍戶的生活日益困苦。而且宋代以後對軍人普遍歧視，明朝又以罪犯補充軍戶，導致軍戶社會地位低下。

經濟和政治的雙重原因，導致軍戶逃亡嚴重，嘉靖八年時統計兵籍，原來的180萬士兵這個時候已經之有兵97萬了，可見逃亡之嚴重。所以明朝後期不得不以募兵來補充軍隊，募兵相對收入高負擔中，衛所裡的精幹士兵也都向往，這又導致了軍戶制度的進一步瓦解，最後自然衰敗了。

軍戶衛所制度，是洪武十七年，在全國各軍事要地，設立軍衛、一衛有軍隊5600人，其下有千戶所、白戶所、總旗及小旗等單位，各衛所隸屬五軍都督府，但隨著後期五軍都督府的權力被兵部佔據以後，就隸屬於兵部。

衛所制度的建立，是本著有事調發出征，無事則還歸衛所的原則。此法的實行，是需要軍戶這樣的戶籍制度來確保軍隊的數目，以及來維持衛所制的執行。

軍戶的主要義務，便是出一男丁赴衛所當兵，被稱為正軍，其他子弟稱作餘丁或軍餘，正軍赴衛所，至少要有一名餘丁隨行，以助其生活，由於軍戶負擔沉重，故多給有田地，且正軍免全部差役，而在營餘丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活並供給正軍之生活。如影響所有民間秘密宗教的羅教創始人羅思孚，本是一名戍軍，後來找人頂替之後，才離開軍伍。

實際上衛所制度就像現如今的各大軍區一般，之所以出問題，是出在了戶籍制度。軍戶的戶籍被定死在軍籍，一個人從出生就能看死亡，一輩子只能當兵，或者種田供養家中的兵丁。這種死板的制度，對於中上層軍官而言，簡直就是最好的世襲制度，雖然承襲來的官職可能只是一個虛職，但一旦有崗位立馬就能補上。

但對於普通士兵家庭來說，隨著制度的推行，卻給軍戶們帶來極大的痛苦。

軍丁是需要分發到各個衛所去的，分發地點多意距離原籍遙遠且分散的方式，以此防止逃兵，但長途跋涉，給士兵帶來了不少痛苦。正軍服役衛所，必須帶妻同行，以安定生活並生兒育女。每一軍人有房屋、有天地、每月有月糧。軍士在營，分守備和屯田二部分，比例不定，按時輪流，屯田固定上交糧食，以供給守備軍及官吏，其目標是在養兵而不耗費國家財力。

可在實際操作過程中，很多軍戶不願意背井離鄉，長途跋涉去一個陌生的地方生存，而且當兵這個事情，自古就有“好男不當兵”的說法，軍戶的牴觸情緒是很大的。所以從制度建立的那天開始，就一直有逃籍的軍兵。正統三年（1438年），這套制度才執行了五十多年，逃亡的官軍竟達到了1633664人，為了充實軍隊的戰鬥力和人數，不得不開始募兵。

而對於那些不敢逃，或者沒有辦法改籍的軍戶，隨著軍戶制度的不斷僵化，中上層軍官依靠手中的去哪裡，侵佔軍屯田地，私役軍士耕種自家的田地，侵吞公糧，更有甚者直接侵佔士兵的田地，使得軍士變成佃農，軍官變成地主。

在這種情況下，普通軍士一家子都變成了軍官地主的佃農，他們只有一年四季給地主老爺家種地才能生存得下去，而官方月糧幾乎被剋扣得養一個正丁都不夠；至於那些還保有田地的軍戶，他們除了種自己的地，還要種公家的地，另外還可能被軍官分派去種軍官家面積大來歷不明的私田。這樣的軍隊哪裡還有什麼時間操練？

軍官們忙著從小地主進化到大地主，跑不掉逃不掉的軍戶只能給軍官種地生存，這就是軍戶衛所制糜爛的緣故。在自然經濟，農耕為主的明代社會里，把田地的利益交給軍隊，就是最大的腐敗源頭啊。

明初，朱元璋採納劉伯溫的建議立軍衛法，在全國各要塞建立衛所，實行屯田。軍丁世代相繼，自給自足。邊軍三分守城，七分耕種。內地軍丁，二分守城，八分耕種。由政府提供耕牛，農具和種子等生產資料，並按份徵收賦稅。

建國之初，有政府政策的支援，加上大亂剛復，人心思定，確實達到了一定的效果。政策制定者朱元璋去世後，政策慢慢走樣，各種弊端和矛盾慢慢顯現和激化。

1:軍戶後代不能擅自脫籍。試想，不是每個人都願意從事上一代的工作，更不是每個人都適合去做軍戶。導致工作失去積極性。

2:明朝中後期土地兼併嚴重。許多軍戶喪失土地，實際上淪為各級將領的佃農，生活困苦

，還要在發生動亂時充當炮灰。因此，導致大量軍戶為了生存而不斷逃亡。最終使軍戶屯田制內部慢慢的瓦解，至到名存實亡。

朱元璋所建立的軍屯制度，在度過明初的興盛之後，逐漸的走向了瓦解。究其原因，不外乎主要兩點。1：明政府的逐步腐敗。每一個立國時間較長的朝代，都有一個由強盛轉向衰落的過程、朝政較為清明轉向朝政日益腐敗的過程，明朝也不例外。自從朱元璋去世後，他的繼承人就逐漸丟棄了他對官場貪腐的高壓政策，導致了明政府腐敗程度的加速和加深。在這種情況下，宗室、官僚貴族、土豪劣紳兼併土地的手段日益卑劣，越來越有恃無恐。而明政府實行閉關鎖國的治國之策後，土地兼併之風更是甚囂至上。作為明政府統治柱石的軍屯，也不能倖免。2:軍隊的腐敗。在朝野的社會風氣日益腐敗的情況下，軍隊不可能成為不受波及的世外桃源。和朝中勳貴、鄉野土豪劣紳有著千絲萬縷的軍隊，腐敗的程度也是如火如荼。軍官剋扣軍餉、兼併屯戶土地的事情屢見不鮮。於是，大量的軍屯土地落入軍官階層的魔爪之中。而下層的軍戶，或者僅剩餘極少量的土地，或者已經是貧無立錐之處——他們不是作為炮灰戰死沙場，就是被軍官迫害虐待而死，或者乾脆就是逃亡出去。於是，在腐敗成風的現實中，朱元璋引以為傲的軍屯制度，在明朝中期，就化為了歷史的陳跡。