96A型主戰坦克是96式坦克的最新改進型，二者的區別包括：

1、外觀最明顯的區別在於炮塔正面加裝了FY-4型楔形模組化裝甲 96式炮塔前半部火炮護盾的左右，各有兩塊可更換式間隙式複合裝甲塊，炮塔正面裝甲防動能穿甲彈的能力大於600毫米，防破甲彈水平大於900毫米。 96A式的FY-4屬於第二代反應裝甲，採用模組化結構，可根據不同作戰需要更換不同防護等級的裝甲模組，96A式主戰坦克的炮塔對動能穿甲彈的防禦能力是730毫米，對破甲彈的防禦能力是1280毫米。 ——96式 ——96A式

2、輔助防禦 96式裝有較早期的jd－3型車載紅外干擾機，用於干擾並壓制敵方的紅外半主動制導反坦克導彈 96A式光電干擾系統是由303設計院研製生產的TCS-2。其作用是防止帶半主動瞄準系統反坦克導彈瞄準並命中坦克，並且幹敵方帶鐳射目標指示器和鐳射測距儀的武器控制系統。 3、火控系統 96式主戰坦克的火控系統採用的是ISFCS－z12改進型下反穩像式火控系統，屬指揮儀型數字式坦克火控系統，具有穩像式火控和自動裝表簡易火控兩種工作狀態，沒有炮長熱成像觀瞄儀，只裝備微光夜視儀，夜戰能力較差。 96A式主戰坦克的火控系統採用的是ISFCS-212B下反穩像式火控系統，帶有鐳射測距儀和雙向穩定器的車長瞄準鏡獨立佈置在高平兩用機槍的下方，該瞄準鏡相配備的是最新型的凝視焦平面熱像儀。此外還有GUMS-2型數字式彈道計算機。