萬曆七年（1579年）張居正執政時。張居正當國時，極力控制思想，對書院講學特別厭惡。史載：“張居正最憎講學，言之切齒。”他說：“聖賢以經術垂訓，國家以經術作人，若能體認經書，便是講明學問。何必又別標門戶，聚黨空譚。今後各提學官，督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以需他日之用。不許別創書院，群聚徒黨，及號召他方遊食無行之徒，空談廢業。”他寫信給憲長周友山，指責當時書院講學為“作偽之亂學”，“講學者全是假好學”。張居正本是徐階的弟子，但張最不喜其師的聚眾講學。因有一批官吏假託立書院講學依附徐階，實際是藉此以把持郡邑。萬曆七年，常州知府施觀民搜刮民財，私創書院，張居正便借題發揮，一面將施坐罪革職，另一面即以皇帝名義詔毀天下書院，自應天府以下凡64處盡改公廨。這是明代毀廢書院最嚴厲的一次。但許多書院仍以各種方式得以儲存。如安福縣復古書院，易名“三賢祠”，貴溪縣象山書院易名“象山祠”得以儲存等。張居正禁燬書院的真正原因是害怕書院講學“徒侶眾盛，異趨為事”，“搖撼朝廷，爽亂名實”。至於說因為施觀民搜刮民財而禁燬書院，顯然是為掩蓋真相而尋找的一種藉口。
張居正禁燬書院比嘉靖年間禁燬書院的規模更大，措施也更加嚴厲。然而，書院講學制度已深入人心，所以，雖禁猶存。當時確曾被毀的書院有成都大益書院等十六所；有些書院是名毀實存，仍以各種方式儲存下來。說明當時不少人實不願毀書院，但迫於張居正的政治壓力，只好採取“陽奉陰違”的策略，設法儲存書院。如長沙惜陰書院、瑞州筠陽書院、江西貴溪象山書院等。還有的書院，則根本未毀，如饒陽近聖書院等。張居正於萬曆十年（1582年）死去，萬曆十一年（1583年）就復建了仁文書院，其他書院也陸續興建。所以，萬曆年間雖有張居正禁燬天下書院之舉，但萬曆年間的書院數目反而不少，在整個明代僅次於嘉靖年間，居第二位，而且名毀實存的書院多在江西。江西自南宋經元至明都是書院最盛的地區，雖在禁令，仍設法堅持復辦，足見當時書院講學影響之深，一道禁令是不可能禁燬盡的。
萬曆七年（1579年）張居正執政時。張居正當國時，極力控制思想，對書院講學特別厭惡。史載：“張居正最憎講學，言之切齒。”他說：“聖賢以經術垂訓，國家以經術作人，若能體認經書，便是講明學問。何必又別標門戶，聚黨空譚。今後各提學官，督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以需他日之用。不許別創書院，群聚徒黨，及號召他方遊食無行之徒，空談廢業。”他寫信給憲長周友山，指責當時書院講學為“作偽之亂學”，“講學者全是假好學”。張居正本是徐階的弟子，但張最不喜其師的聚眾講學。因有一批官吏假託立書院講學依附徐階，實際是藉此以把持郡邑。萬曆七年，常州知府施觀民搜刮民財，私創書院，張居正便借題發揮，一面將施坐罪革職，另一面即以皇帝名義詔毀天下書院，自應天府以下凡64處盡改公廨。這是明代毀廢書院最嚴厲的一次。但許多書院仍以各種方式得以儲存。如安福縣復古書院，易名“三賢祠”，貴溪縣象山書院易名“象山祠”得以儲存等。張居正禁燬書院的真正原因是害怕書院講學“徒侶眾盛，異趨為事”，“搖撼朝廷，爽亂名實”。至於說因為施觀民搜刮民財而禁燬書院，顯然是為掩蓋真相而尋找的一種藉口。
張居正禁燬書院比嘉靖年間禁燬書院的規模更大，措施也更加嚴厲。然而，書院講學制度已深入人心，所以，雖禁猶存。當時確曾被毀的書院有成都大益書院等十六所；有些書院是名毀實存，仍以各種方式儲存下來。說明當時不少人實不願毀書院，但迫於張居正的政治壓力，只好採取“陽奉陰違”的策略，設法儲存書院。如長沙惜陰書院、瑞州筠陽書院、江西貴溪象山書院等。還有的書院，則根本未毀，如饒陽近聖書院等。張居正於萬曆十年（1582年）死去，萬曆十一年（1583年）就復建了仁文書院，其他書院也陸續興建。所以，萬曆年間雖有張居正禁燬天下書院之舉，但萬曆年間的書院數目反而不少，在整個明代僅次於嘉靖年間，居第二位，而且名毀實存的書院多在江西。江西自南宋經元至明都是書院最盛的地區，雖在禁令，仍設法堅持復辦，足見當時書院講學影響之深，一道禁令是不可能禁燬盡的。