共三次。公元1690年，康熙二十九年，清朝大軍分為三路。一路由裕親王福全率領，從古北口出發，一路由恭親王常寧率領，從喜峰口出發，自己則坐鎮中軍。不料才出徵二天，康熙就得了感冒。隨著病情加重，康熙只能在停留在博格和屯（今內蒙古正藍旗南上都河東黑城子村）指揮作戰。最後，清軍在烏蘭布通大敗噶爾丹，康熙第一次親征結束。

第二次親征在康熙三十五年，即公元1696年康熙三十四年，噶爾丹又領兵南下。康熙再次決定御駕親征，依舊是三路大軍。一路由黑龍江將軍薩布素率領，從東北出發迎擊噶爾丹，一路由大將軍費揚古率領，從寧夏出發向噶爾丹後方運動，阻其歸路，自己依舊坐鎮中軍，從河北獨石口出長城。三路大軍約定在外蒙古克魯倫河會師。

這一次，康熙的中軍進展最為迅速，另外二路因為道路原因進軍滯後，造成了中軍突前。此時，有情報傳來，稱俄國已經出兵幫助噶爾丹，大軍即將抵達。手下大臣建議康熙回師以免吃虧。

康熙不聽，決定繼續進軍。很快，康熙就進軍到了克魯倫河畔，與噶爾丹隔河對峙。噶爾丹見清軍軍容嚴整，實力強大，暗忖沒有必勝的實力，便連夜拔營西撤。等康熙渡過克魯倫河，到達拖諾山附近時，噶爾丹已不見蹤影。

薩布素、費揚古在康熙的命令下對噶爾丹實施了追擊。噶爾丹且戰且退，於五日後到達昭莫多。此時，噶爾丹人馬折損大半，僅剩一萬餘人。還沒等他站穩腳跟，費揚古就殺了過來。

費揚古將部分兵力置於山上，騎兵主力則隱藏於樹林之中，另派出400綠營兵與噶爾丹接戰。戰鬥打響之後，綠營兵且戰且退，企圖將噶爾丹主力引入預設陣地聚而殲之。噶爾丹雖然兇悍，但謀略方面的確差了點。他見綠營兵實力羸弱，一時間便殺得興奮起來，不知不覺便進入了清軍的埋伏圈。

噶爾丹率主力向清軍陣地猛撲。清軍依山防守，以拒馬抵抗噶爾丹騎兵的衝擊，同時山上火器、弓弩齊發。一時間，噶爾丹部死傷無數。

但噶爾丹騎兵實在強悍，依舊死戰不退。費揚古看準時機，令騎兵向噶爾丹側後方迂迴攻擊。在清軍的前後夾擊下，強弩之末的噶爾丹部終於大亂，噶爾丹僅帶了幾十名親兵突出重圍，敗逃而去。康熙第二次親征結束。

第三次親征在康熙三十六年，即公元1697年經過二次大戰，噶爾丹實力消耗殆盡。康熙遣使令其歸降。噶爾丹不從，但此時他的地盤已經被其侄兒策妄阿布坦所佔據，噶爾丹居無定所，竄至阿爾泰山東麓繼續活動。為徹底消滅噶爾丹，在昭莫多大戰的第二年，康熙第三次御駕親征。康熙大軍抵達寧夏時，便傳來噶爾丹服毒自殺的訊息。至此，第三次親征結束。

縱觀三次親征，第一次清軍最遠達到了內蒙古的烏蘭布通，而康熙本人是在內蒙古境內的博格和屯；第二次清軍達到了外蒙古的昭莫多（現蒙古國烏蘭巴托附近的宗德市），康熙本人在外蒙古的託諾山，與烏蘭巴托相距不遠；第三次，康熙大軍抵達了寧夏。

從直線距離來看，康熙第二次親征路途最為遙遠，深入到了今天蒙古國境內的託諾山，在其首都烏蘭巴托的東南方向。而康熙的三次親征，也為後來清朝平定準噶爾汗打下重要基礎。