FAT檔案系統
最初用於小型磁碟和簡單檔案結構的簡單檔案系統
組織方法：放置在捲起始位置的檔案分配表。為了保護卷，使用了兩份複製，確保即使損壞了一份也能正常工作。另外，為確保正確裝卸啟動系統所必須的檔案，檔案分配表和根資料夾必須存放在固定的位置。
採用FAT檔案系統格式化的卷以簇的形式進行分配。預設的簇大小由卷的大小決定。對於FAT檔案系統，簇數目必須可以用16位的二進位制數字表示，並且是2的乘方。
由於額外開銷的原因，在大於511MB的卷中不推薦使用FAT檔案系統。
FAT檔案系統的優點 ：
檔案系統所佔容量與計算機的開銷少
支援各種作業系統——可移植
方便的用於傳送資料
FAT檔案系統的缺點 ：
容易受損害
FAT檔案系統損壞時，計算機就要癱瘓或者不正常關機
單使用者
不儲存檔案的許可權資訊；只包含隱藏、只讀等公共屬性
非最佳更新策略
在磁碟的第一個扇區儲存其目錄資訊
沒有防止碎片的最佳措施
檔名長度受限，8.3模式
FAT32
提供了比FAT檔案系統更為先進的檔案管理特性，例如，支援超過32GB的卷以及透過使用更小的簇來更有效率地使用磁碟空間。可以在容量從5 1 2 M B到2 T B的驅動器上使用。
在以前的作業系統中，只有Windows 2000、Windows 98和Windows 95 OEM Release 2版能夠訪問FAT 3 2卷。
M S - D O S Windows 3.1及較早的版本、Windows for Wo r k g r o u p s、Wi n d o w s NT 4.0及更早的版本都不能識別FAT 3 2卷，同時也不能從FAT 3 2上啟動它們。
NTSF（New Technology File System）特點
Win 2000 Server推薦使用的高效能檔案系統；
支援許多新的檔案安全、儲存和容錯功能；
設計目標是在大容量的硬碟上能夠很快地執行讀、寫和搜尋等標準的檔案操作，甚至包括檔案系統恢復等高階操作；
NTFS檔案系統包括了檔案伺服器和高階個人計算機所需的安全特性；
還支援對於關鍵資料、十分重要的資料訪問控制和私有許可權；
是唯一允許為單個檔案指定許可權的檔案系統。
優點：
更為安全的檔案保障，提供檔案加密，能夠大大提高資訊的安全性。
更好的磁碟壓縮功能；
支援最大達2TB的大硬碟，並且隨著磁碟容量的增大，NTFS的效能不像FAT那樣隨之降低；
可以賦予單個檔案和資料夾許可權：對同一個檔案或者資料夾為不同使用者可以指定不同的許可權；可以為單個使用者設定許可權；
恢復能力：使用者在NTFS卷中很少需要執行磁碟修復程式。在系統崩潰事件中，NTFS檔案系統使用日誌檔案和複查點資訊自動恢復檔案系統的一致性；
NTFS資料夾的B-Tree結構使得使用者在訪問較大資料夾中的檔案時，速度甚至較訪問卷中較小檔案文中的檔案還快；
可以在NTFS卷中壓縮單個檔案和資料夾。且使用者不需要使用解壓軟體將這些檔案展開，而直接讀寫壓縮檔案；
支援活動目錄和域：可以幫助使用者方便靈活地檢視和控制網路資源；
支援稀疏檔案：應用程式生成的一種特殊檔案，它的檔案尺寸非常大，但實際上只需要很少的磁碟空間；NTFS只需要給這種檔案實際寫入的資料分配磁碟儲存空間；
支援磁碟配額：可以管理和控制每個使用者所能使用的最大磁碟空間。
NTFS的安全特性
許可權——定義使用者或組可以訪問哪些檔案或記錄，併為不同的使用者提供不同的訪問等級；
審計——可將與NTFS安全有關的事件記錄到安全記錄中，可利用“事件檢視器”進行檢視；
擁有權——記住檔案的所屬關係，建立檔案或目錄的使用者擁有對它的全部許可權；管理員或個別具有相應許可的人可以接受檔案或目錄的擁有權。
可靠的檔案清除——NTFS會回收未分配的磁碟扇區中的資料，對這種扇區的訪問將返回0值；
上次訪問時間標記；
自動緩寫功能——基於記錄的檔案系統，記錄檔案和目錄的變化，記錄在系統失效情況下如何取消和重作這些變更；
熱修復功能——當扇區發生寫故障時，NTFS會自動進行檢測，把有故障的簇加上不能使用標記，並寫入新簇；
磁碟映象功能
有校驗的磁碟條帶化
檔案加密
NTFS和檔案分配表文件系統的區別
更為安全的檔案。
更好的磁碟壓縮效能。
支援最大達2 T B的大硬碟（ N T F S可支援的最大磁碟容量比FAT的大得多，而且隨著磁碟容量的增大，N T F S的效能不像FAT那樣隨之降低）。
雙重啟動配置（在同一臺計算機上同時安裝有Windows 2000和其他作業系統）。
FAT檔案系統
最初用於小型磁碟和簡單檔案結構的簡單檔案系統
組織方法：放置在捲起始位置的檔案分配表。為了保護卷，使用了兩份複製，確保即使損壞了一份也能正常工作。另外，為確保正確裝卸啟動系統所必須的檔案，檔案分配表和根資料夾必須存放在固定的位置。
採用FAT檔案系統格式化的卷以簇的形式進行分配。預設的簇大小由卷的大小決定。對於FAT檔案系統，簇數目必須可以用16位的二進位制數字表示，並且是2的乘方。
由於額外開銷的原因，在大於511MB的卷中不推薦使用FAT檔案系統。
FAT檔案系統的優點 ：
檔案系統所佔容量與計算機的開銷少
支援各種作業系統——可移植
方便的用於傳送資料
FAT檔案系統的缺點 ：
容易受損害
FAT檔案系統損壞時，計算機就要癱瘓或者不正常關機
單使用者
不儲存檔案的許可權資訊；只包含隱藏、只讀等公共屬性
非最佳更新策略
在磁碟的第一個扇區儲存其目錄資訊
沒有防止碎片的最佳措施
檔名長度受限，8.3模式
FAT32
提供了比FAT檔案系統更為先進的檔案管理特性，例如，支援超過32GB的卷以及透過使用更小的簇來更有效率地使用磁碟空間。可以在容量從5 1 2 M B到2 T B的驅動器上使用。
在以前的作業系統中，只有Windows 2000、Windows 98和Windows 95 OEM Release 2版能夠訪問FAT 3 2卷。
M S - D O S Windows 3.1及較早的版本、Windows for Wo r k g r o u p s、Wi n d o w s NT 4.0及更早的版本都不能識別FAT 3 2卷，同時也不能從FAT 3 2上啟動它們。
NTSF（New Technology File System）特點
Win 2000 Server推薦使用的高效能檔案系統；
支援許多新的檔案安全、儲存和容錯功能；
設計目標是在大容量的硬碟上能夠很快地執行讀、寫和搜尋等標準的檔案操作，甚至包括檔案系統恢復等高階操作；
NTFS檔案系統包括了檔案伺服器和高階個人計算機所需的安全特性；
還支援對於關鍵資料、十分重要的資料訪問控制和私有許可權；
是唯一允許為單個檔案指定許可權的檔案系統。
優點：
更為安全的檔案保障，提供檔案加密，能夠大大提高資訊的安全性。
更好的磁碟壓縮功能；
支援最大達2TB的大硬碟，並且隨著磁碟容量的增大，NTFS的效能不像FAT那樣隨之降低；
可以賦予單個檔案和資料夾許可權：對同一個檔案或者資料夾為不同使用者可以指定不同的許可權；可以為單個使用者設定許可權；
恢復能力：使用者在NTFS卷中很少需要執行磁碟修復程式。在系統崩潰事件中，NTFS檔案系統使用日誌檔案和複查點資訊自動恢復檔案系統的一致性；
NTFS資料夾的B-Tree結構使得使用者在訪問較大資料夾中的檔案時，速度甚至較訪問卷中較小檔案文中的檔案還快；
可以在NTFS卷中壓縮單個檔案和資料夾。且使用者不需要使用解壓軟體將這些檔案展開，而直接讀寫壓縮檔案；
支援活動目錄和域：可以幫助使用者方便靈活地檢視和控制網路資源；
支援稀疏檔案：應用程式生成的一種特殊檔案，它的檔案尺寸非常大，但實際上只需要很少的磁碟空間；NTFS只需要給這種檔案實際寫入的資料分配磁碟儲存空間；
支援磁碟配額：可以管理和控制每個使用者所能使用的最大磁碟空間。
NTFS的安全特性
許可權——定義使用者或組可以訪問哪些檔案或記錄，併為不同的使用者提供不同的訪問等級；
審計——可將與NTFS安全有關的事件記錄到安全記錄中，可利用“事件檢視器”進行檢視；
擁有權——記住檔案的所屬關係，建立檔案或目錄的使用者擁有對它的全部許可權；管理員或個別具有相應許可的人可以接受檔案或目錄的擁有權。
可靠的檔案清除——NTFS會回收未分配的磁碟扇區中的資料，對這種扇區的訪問將返回0值；
上次訪問時間標記；
自動緩寫功能——基於記錄的檔案系統，記錄檔案和目錄的變化，記錄在系統失效情況下如何取消和重作這些變更；
熱修復功能——當扇區發生寫故障時，NTFS會自動進行檢測，把有故障的簇加上不能使用標記，並寫入新簇；
磁碟映象功能
有校驗的磁碟條帶化
檔案加密
NTFS和檔案分配表文件系統的區別
更為安全的檔案。
更好的磁碟壓縮效能。
支援最大達2 T B的大硬碟（ N T F S可支援的最大磁碟容量比FAT的大得多，而且隨著磁碟容量的增大，N T F S的效能不像FAT那樣隨之降低）。
雙重啟動配置（在同一臺計算機上同時安裝有Windows 2000和其他作業系統）。