變性條件——SDS LB直接裂解: 用常溫或者高溫預熱過(預熱更有利於阻止蛋白水解或者磷酸酶去磷酸化,但容易遺忘,LB久煮某些性質會改變)的1*SDSLB(或者略高1.5*)直接加到細胞或者組織上並煮樣。通常6孔板細胞80%以上密度,需200ul,其他按平板面積比類推。通常條件下,SDSLB都是過量的(因此不一定要嚴格參考SDS LB稀釋比);如果SDSLB不夠,樣品核酸、蛋白濃度過高時,煮樣後會發現tip吸不上來,非常粘、一砣一砣的,很容易堵住tip。這時候常規做法有兩種,1.再煮5min。常規煮樣時間3-5min,樣品過濃時就煮10min;2.如果10min煮樣後,仍然吸不起來,才適當增加SDSLB,繼續煮;也可以對樣品進行超聲。煮樣時間若過長,蛋白會凝固,此時以失去繼續WB的意義,請丟棄(判斷標準:出現明顯的蛋白沉澱和水分層) 此方法的缺點,SDS LB煮過的樣品如果用來做IP,需要特殊方法,因此,這種製備方法制備的樣品有使用侷限。 非變性裂解法(不討論諸如核抽提、亞細胞器分離等等了,其實類似) 裂解細胞請儘量冰上操作,減緩酶解作用。 俺前boss nature文章上的裂解液配方是:20mM Tris/HCl, pH7.6, 100mM NaCl, 20mM KCl,1.5mM MgCl2, 0.5% NP-40 and protease inhibitors (20μg/ml leupeptin,10μg/ml pepstatin A and 10 μg/mlaprotinin)(此裂解液可用於抽提核蛋白),其中蛋白酶抑制劑很複雜也很貴,其實用0.5mMPMSF替代這三種就好了;如果還要做磷酸化蛋白,加1mM Na3VO4(現加現用),10 mM NaF, 1 mM Na3VO4, 50 mMbeta-GP。 此方法的優點:NaCl濃度略低於生理狀態,保證裂解細胞的方式較為溫和,便於隨後的IP等試驗。其他Na鹽濃度的細胞裂解液也很常見,諸如0.15M(生理鹽濃度)、0.3M、0.6M(高鹽系列,裂解細胞時染色體會析出,細胞碎片和沉澱非常粘稠)及0.8-1.2M;0.3M及以下適合IP試驗,0.6M及以上適合純化蛋白,尤其相互作用較強的複合體,要得到純化的一些複合體的組成蛋白一般採用極端的高鹽裂解細胞。 用於核蛋白的裂解的原因是0.5% NP-40,用於破壞核膜結構;可用到1%,但此時染色體會析出,沉澱粘稠。 組織塊裂解: 組織塊較大用勻漿的方法最合適,現在有不少轉頭很小的勻漿器。 當組織超微量的時候,比如50mg新鮮癌組織,我採用的方法是 1. 低溫(剪)攪碎,成肉糜狀。 2. 錫箔紙包裹好,放入少量液氮,快速敲擊(控制力量,儘量避免弄破錫箔紙),進一步破碎;反覆多次。 3. 用上述細胞裂解液回收。 分泌型蛋白富集: 用無血清培養基培養細胞,收集上清液用於WB檢測;如果含量過低,需要用TCA沉澱富集。
變性條件——SDS LB直接裂解: 用常溫或者高溫預熱過(預熱更有利於阻止蛋白水解或者磷酸酶去磷酸化,但容易遺忘,LB久煮某些性質會改變)的1*SDSLB(或者略高1.5*)直接加到細胞或者組織上並煮樣。通常6孔板細胞80%以上密度,需200ul,其他按平板面積比類推。通常條件下,SDSLB都是過量的(因此不一定要嚴格參考SDS LB稀釋比);如果SDSLB不夠,樣品核酸、蛋白濃度過高時,煮樣後會發現tip吸不上來,非常粘、一砣一砣的,很容易堵住tip。這時候常規做法有兩種,1.再煮5min。常規煮樣時間3-5min,樣品過濃時就煮10min;2.如果10min煮樣後,仍然吸不起來,才適當增加SDSLB,繼續煮;也可以對樣品進行超聲。煮樣時間若過長,蛋白會凝固,此時以失去繼續WB的意義,請丟棄(判斷標準:出現明顯的蛋白沉澱和水分層) 此方法的缺點,SDS LB煮過的樣品如果用來做IP,需要特殊方法,因此,這種製備方法制備的樣品有使用侷限。 非變性裂解法(不討論諸如核抽提、亞細胞器分離等等了,其實類似) 裂解細胞請儘量冰上操作,減緩酶解作用。 俺前boss nature文章上的裂解液配方是:20mM Tris/HCl, pH7.6, 100mM NaCl, 20mM KCl,1.5mM MgCl2, 0.5% NP-40 and protease inhibitors (20μg/ml leupeptin,10μg/ml pepstatin A and 10 μg/mlaprotinin)(此裂解液可用於抽提核蛋白),其中蛋白酶抑制劑很複雜也很貴,其實用0.5mMPMSF替代這三種就好了;如果還要做磷酸化蛋白,加1mM Na3VO4(現加現用),10 mM NaF, 1 mM Na3VO4, 50 mMbeta-GP。 此方法的優點:NaCl濃度略低於生理狀態,保證裂解細胞的方式較為溫和,便於隨後的IP等試驗。其他Na鹽濃度的細胞裂解液也很常見,諸如0.15M(生理鹽濃度)、0.3M、0.6M(高鹽系列,裂解細胞時染色體會析出,細胞碎片和沉澱非常粘稠)及0.8-1.2M;0.3M及以下適合IP試驗,0.6M及以上適合純化蛋白,尤其相互作用較強的複合體,要得到純化的一些複合體的組成蛋白一般採用極端的高鹽裂解細胞。 用於核蛋白的裂解的原因是0.5% NP-40,用於破壞核膜結構;可用到1%,但此時染色體會析出,沉澱粘稠。 組織塊裂解: 組織塊較大用勻漿的方法最合適,現在有不少轉頭很小的勻漿器。 當組織超微量的時候,比如50mg新鮮癌組織,我採用的方法是 1. 低溫(剪)攪碎,成肉糜狀。 2. 錫箔紙包裹好,放入少量液氮,快速敲擊(控制力量,儘量避免弄破錫箔紙),進一步破碎;反覆多次。 3. 用上述細胞裂解液回收。 分泌型蛋白富集: 用無血清培養基培養細胞,收集上清液用於WB檢測;如果含量過低,需要用TCA沉澱富集。