方法是科學的本質，是人類探索自然的利器。面對奧妙無窮的宇宙之謎和浩瀚繁複的自然現象，“科學方法是我們藉以達到知識的唯一道路”。近代以來，正是方法上的重大革命導致了現代自然科學的產生，也正是方法上的不斷創新帶來了一次次科學上的重要突破。射電望遠鏡的發明，把對宇宙的研究帶入一個全新的地帶；果蠅實驗的引入，使得遺傳學研究得到突飛猛進的發展；X射線結構分析的誕生，對化學的各分支以及材料學、生物學等都產生了深遠的影響；機率論等數學理論的完善，為研究微觀世界的物理現象提供了強大的工具。現代科學史不但是科學成果發現的歷史，也是發現方法創新的歷史。
科學方法並不簡單地等同於研究過程中的儀器、技術、程式、裝置等手段，也不只是高度概括的理論性的抽象原則，而是與整個科學傳統和具體的學科歷史聯絡在一起的，與科學家面臨的疑難、問題和目標，與一定時期內一個學科暗含的本體論、價值觀假定密切相關。科學方法植根於科學研究的實踐中，並隨著科學研究實踐而演變和發展。一方面，新的方法的出現會改變科學家原有的思路與途徑，為解決科學問題提供新的可能性，從而導致一系列新的成果；另一方面，科學知識的積累、科學家研究實踐的豐富、新的科學問題的需要也促進新的方法的創造。當達爾文乘坐貝格爾號艦考察歸來，對如何解釋新發現的各種地質和生物現象茫然不知所措的時候，正是馬爾薩斯《人口論》促使他形成了自然選擇的概念，從而提出了完整的生物進化論。狹義相對論建立後，愛因斯坦力圖把相對性原理的適用範圍推廣到非慣性系。幾年後，在他的同班同學、數學教授格羅斯曼幫助下，他才在黎曼幾何和張量分析中找到了表達廣義相對論思想的數學工具，並最終完成了引力的度規場理論。
敏銳的方法意識和方法創新意識，來源於對科學實踐不斷的、深入的反思。現代科學奠基伊始，哥白尼、伽利略、牛頓等科學巨匠，在對新的科學理論進行艱難探索的同時，也對新的科學方法進行了有意識的反思和總結。在《天體執行論》、《兩種科學的對話》和《自然哲學的數學原理》這些經典科學論著裡，除了對新的科學理論進行系統闡述外，也為新的科學方法的形成和應用開拓了道路。在此之後，科學家高度重視對科學方法本身的不斷探索。達爾文、愛因斯坦、費米、沃森等科學大家，在自傳和其他型別的著作中，都有對科研工作中方法創新的體會。
現代西方的哲學家注重從一般性、系統性和批判性的方面，對科學方法進行總結。培根、笛卡爾這些哲學家從哲學的知識論出發，大力批判對方法論的束縛，為新的科學方法進行辯護。18世紀,法國啟蒙主義哲學家對於現代科學方法的傳播起到了重要作用。不管是經驗主義的洛克、貝克萊、休謨，還是理性主義的萊布尼茨和康德等人，都對科學方法的性質、侷限性進行過思索。在20世紀物理學革命後，邏輯經驗主義哲學家波普、庫恩、拉卡託斯、費耶阿本德等人，曾對科學方法進行了專門的研究。
西方現代科學大規模傳入中國只有百餘年的時間。許多在中國傳播科學的先驅者也都非常重視科學方法的地位。嚴復對西方科學技術的發展曾有過評論，他說：“是以制器之備，可求其本於奈端（牛頓）；舟車之神，可推其源於瓦德（瓦特）；用電之利，則法拉第之功也；民生之壽，則哈爾斐（哈維）之業也。而二百年學運昌明，則又不得不以柏庚氏（培根）之摧陷廓清之功為稱首。”任鴻雋把科學方法比喻為“科學的種子”。在他看來，“科學的本質在於方法，不在材料”。一些早期留學歸國的科學家在具體從事本學科研究工作的同時，積極撰寫科學方法論書籍，包括化學家王星拱（著有《科學方法論》）、現代心理學家胡寄南（著有《科學方法》）、邏輯學家汪奠基（著有《科學方法》）、數學家胡明覆（著有《科學方法》）、神經生物學家汪敬熙（著有《科學方法漫談》）。許多前輩科學家，如華羅庚、竺可楨、錢學森等，都特別注重對研究方法的總結。
但是，長期以來，中國科學界專業劃分細緻，學科之間界限分明。科學家共同體主要強調數學計算能力或實驗操作技能，注重技能層次的方法和手段，對科學方法本身的研究沒有得到充分重視，缺少對研究過程中科學方法的作用的高度敏感性，缺少對學科一般方法和特徵方法的系統研究，缺少對前沿方法和現代研究手段的建設規劃。中國科技工作者跟蹤模仿國外科技發展方向較多，而原始性創新，特別是能夠引領世界科技發展潮流的重大科技成果還不多，缺乏重大理論突破和獨創性的研究思路，缺乏開創性的學科方向。究其原因，方法意識和方法創新意識的薄弱是重要影響因素之一。
當代科學技術的發展正在呈現出新的態勢。數學方法、計算機資訊科技、新材料技術的發展以及學科間的交叉融合，改變了各學科的傳統方法，使各學科出現了新的面貌，並推動著學科的群體性突破。同時，科學研究的物件、層次、範圍在發生新的變化，對自然本身的認識、對科學方法的認識也在出現新的轉變，迫切需要方法上的變革。具體講，體現在以下三個方面：
第一，科學研究從宏觀和微觀上進一步擴充套件和深化。天體物理、粒子物理的進展將深化宇宙起源與演化規律和物質世界統一性的認識；極端條件下的物性科學研究進展，將進一步揭示物質狀態、結構和相互作用規律；生命科學正在進入生命起源與演化的深層問題；認知科學把人類認識自身作為研究物件。這些對新的探測技術和分析手段有了更強烈的需求。
第二，越來越多的複雜事物和現象正在成為科學研究的物件。自然、工程、生物、經濟、管理、政治與社會等各個方面的複雜性進入科學研究的視野。演化、湧現、自組織、自適應、自相似是複雜系統的共同特徵。在這種情況下，需要進行跨學科（如生物化學、天文物理學等）、系統科學（如資訊理論、系統論、耗散結構理論等）和綜合科學（如空間科學等）的研究。傳統研究方法的侷限性正日益顯現，複雜現象的分析和預測呼喚著新的方法論正規化的出現。
第三，自然和社會相互作用帶來的全球問題越來越得到科學研究的關注。氣候變化、臭氧層破壞、資源短缺、艾滋病流行等，都是具有高度綜合性和全球性的問題。這些問題不僅涉及社會經濟增長的目的和方向，也關係科學發展和應用的人文價值取向。這些問題的解決超出了自然科學技術能力的範圍，需要自然科學、技術手段和人文社會科學研究方法的協同和綜合應用。
方法是科學的本質，是人類探索自然的利器。面對奧妙無窮的宇宙之謎和浩瀚繁複的自然現象，“科學方法是我們藉以達到知識的唯一道路”。近代以來，正是方法上的重大革命導致了現代自然科學的產生，也正是方法上的不斷創新帶來了一次次科學上的重要突破。射電望遠鏡的發明，把對宇宙的研究帶入一個全新的地帶；果蠅實驗的引入，使得遺傳學研究得到突飛猛進的發展；X射線結構分析的誕生，對化學的各分支以及材料學、生物學等都產生了深遠的影響；機率論等數學理論的完善，為研究微觀世界的物理現象提供了強大的工具。現代科學史不但是科學成果發現的歷史，也是發現方法創新的歷史。
科學方法並不簡單地等同於研究過程中的儀器、技術、程式、裝置等手段，也不只是高度概括的理論性的抽象原則，而是與整個科學傳統和具體的學科歷史聯絡在一起的，與科學家面臨的疑難、問題和目標，與一定時期內一個學科暗含的本體論、價值觀假定密切相關。科學方法植根於科學研究的實踐中，並隨著科學研究實踐而演變和發展。一方面，新的方法的出現會改變科學家原有的思路與途徑，為解決科學問題提供新的可能性，從而導致一系列新的成果；另一方面，科學知識的積累、科學家研究實踐的豐富、新的科學問題的需要也促進新的方法的創造。當達爾文乘坐貝格爾號艦考察歸來，對如何解釋新發現的各種地質和生物現象茫然不知所措的時候，正是馬爾薩斯《人口論》促使他形成了自然選擇的概念，從而提出了完整的生物進化論。狹義相對論建立後，愛因斯坦力圖把相對性原理的適用範圍推廣到非慣性系。幾年後，在他的同班同學、數學教授格羅斯曼幫助下，他才在黎曼幾何和張量分析中找到了表達廣義相對論思想的數學工具，並最終完成了引力的度規場理論。
敏銳的方法意識和方法創新意識，來源於對科學實踐不斷的、深入的反思。現代科學奠基伊始，哥白尼、伽利略、牛頓等科學巨匠，在對新的科學理論進行艱難探索的同時，也對新的科學方法進行了有意識的反思和總結。在《天體執行論》、《兩種科學的對話》和《自然哲學的數學原理》這些經典科學論著裡，除了對新的科學理論進行系統闡述外，也為新的科學方法的形成和應用開拓了道路。在此之後，科學家高度重視對科學方法本身的不斷探索。達爾文、愛因斯坦、費米、沃森等科學大家，在自傳和其他型別的著作中，都有對科研工作中方法創新的體會。
現代西方的哲學家注重從一般性、系統性和批判性的方面，對科學方法進行總結。培根、笛卡爾這些哲學家從哲學的知識論出發，大力批判對方法論的束縛，為新的科學方法進行辯護。18世紀,法國啟蒙主義哲學家對於現代科學方法的傳播起到了重要作用。不管是經驗主義的洛克、貝克萊、休謨，還是理性主義的萊布尼茨和康德等人，都對科學方法的性質、侷限性進行過思索。在20世紀物理學革命後，邏輯經驗主義哲學家波普、庫恩、拉卡託斯、費耶阿本德等人，曾對科學方法進行了專門的研究。
西方現代科學大規模傳入中國只有百餘年的時間。許多在中國傳播科學的先驅者也都非常重視科學方法的地位。嚴復對西方科學技術的發展曾有過評論，他說：“是以制器之備，可求其本於奈端（牛頓）；舟車之神，可推其源於瓦德（瓦特）；用電之利，則法拉第之功也；民生之壽，則哈爾斐（哈維）之業也。而二百年學運昌明，則又不得不以柏庚氏（培根）之摧陷廓清之功為稱首。”任鴻雋把科學方法比喻為“科學的種子”。在他看來，“科學的本質在於方法，不在材料”。一些早期留學歸國的科學家在具體從事本學科研究工作的同時，積極撰寫科學方法論書籍，包括化學家王星拱（著有《科學方法論》）、現代心理學家胡寄南（著有《科學方法》）、邏輯學家汪奠基（著有《科學方法》）、數學家胡明覆（著有《科學方法》）、神經生物學家汪敬熙（著有《科學方法漫談》）。許多前輩科學家，如華羅庚、竺可楨、錢學森等，都特別注重對研究方法的總結。
但是，長期以來，中國科學界專業劃分細緻，學科之間界限分明。科學家共同體主要強調數學計算能力或實驗操作技能，注重技能層次的方法和手段，對科學方法本身的研究沒有得到充分重視，缺少對研究過程中科學方法的作用的高度敏感性，缺少對學科一般方法和特徵方法的系統研究，缺少對前沿方法和現代研究手段的建設規劃。中國科技工作者跟蹤模仿國外科技發展方向較多，而原始性創新，特別是能夠引領世界科技發展潮流的重大科技成果還不多，缺乏重大理論突破和獨創性的研究思路，缺乏開創性的學科方向。究其原因，方法意識和方法創新意識的薄弱是重要影響因素之一。
當代科學技術的發展正在呈現出新的態勢。數學方法、計算機資訊科技、新材料技術的發展以及學科間的交叉融合，改變了各學科的傳統方法，使各學科出現了新的面貌，並推動著學科的群體性突破。同時，科學研究的物件、層次、範圍在發生新的變化，對自然本身的認識、對科學方法的認識也在出現新的轉變，迫切需要方法上的變革。具體講，體現在以下三個方面：
第一，科學研究從宏觀和微觀上進一步擴充套件和深化。天體物理、粒子物理的進展將深化宇宙起源與演化規律和物質世界統一性的認識；極端條件下的物性科學研究進展，將進一步揭示物質狀態、結構和相互作用規律；生命科學正在進入生命起源與演化的深層問題；認知科學把人類認識自身作為研究物件。這些對新的探測技術和分析手段有了更強烈的需求。
第二，越來越多的複雜事物和現象正在成為科學研究的物件。自然、工程、生物、經濟、管理、政治與社會等各個方面的複雜性進入科學研究的視野。演化、湧現、自組織、自適應、自相似是複雜系統的共同特徵。在這種情況下，需要進行跨學科（如生物化學、天文物理學等）、系統科學（如資訊理論、系統論、耗散結構理論等）和綜合科學（如空間科學等）的研究。傳統研究方法的侷限性正日益顯現，複雜現象的分析和預測呼喚著新的方法論正規化的出現。
第三，自然和社會相互作用帶來的全球問題越來越得到科學研究的關注。氣候變化、臭氧層破壞、資源短缺、艾滋病流行等，都是具有高度綜合性和全球性的問題。這些問題不僅涉及社會經濟增長的目的和方向，也關係科學發展和應用的人文價值取向。這些問題的解決超出了自然科學技術能力的範圍，需要自然科學、技術手段和人文社會科學研究方法的協同和綜合應用。