1、利用原理圖設計工具繪製原理圖，並且生成對應的網路表。當然，有些特殊情況下，如電路版比較簡單，已經有了網路表等情況下也可以不進行原理圖的設計，直接進入PCB設計系統，在PCB設計系統中，可以直接取用零件封裝，人工生成網路表。
2、手工更改網路表將一些元件的固定用腳等原理圖上沒有的焊盤定義到與它相通的網路上，沒任何物理連線的可定義到地或保護地等。將一些原理圖和PCB封裝庫中引腳名稱不一致的器件引腳名稱改成和PCB封裝庫中的一致，特別是二、三極體等。
二、畫出自己定義的非標準器件的封裝庫
建議將自己所畫的器件都放入一個自己建立的PCB庫專用設計檔案。
三、設定PCB設計環境和繪製印刷電路的版框含中間的鏤空等
1、進入PCB系統後的第一步就是設定PCB設計環境，包括設定格點大小和型別，游標型別，版層引數，佈線引數等等。大多數引數都可以用系統預設值，而且這些引數經過設定之後，符合個人的習慣，以後無須再去修改。
2、規劃電路版，主要是確定電路版的邊框，包括電路版的尺寸大小等等。在需要放置固定孔的地方放上適當大小的焊盤。對於3mm的螺絲可用6.5~8mm的外徑和3.2~3.5mm內徑的焊盤對於標準板可從其它板或PCB izard中調入。
注意-在繪製電路版地邊框前，一定要將當前層設定成Keep Out層，即禁止佈線層。
四、開啟所有要用到的PCB庫檔案後，調入網路表文件和修改零件封裝
這一步是非常重要的一個環節，網路表是PCB自動佈線的靈魂，也是原理圖設計與印象電路版設計的介面，只有將網路表裝入後，才能進行電路版的佈線。
在原理圖設計的過程中，ERC檢查不會涉及到零件的封裝問題。因此，原理圖設計時，零件的封裝可能被遺忘，在引進網路表時可以根據設計情況來修改或補充零件的封裝。
當然，可以直接在PCB內人工生成網路表，並且指定零件封裝。
五、佈置零件封裝的位置，也稱零件佈局
Protel99可以進行自動佈局，也可以進行手動佈局。如果進行自動佈局，執行"Tools"下面的"Auto Place",用這個命令，你需要有足夠的耐心。佈線的關鍵是佈局，多數設計者採用手動佈局的形式。用滑鼠選中一個元件，按住滑鼠左鍵不放，拖住這個元件到達目的地，放開左鍵，將該元件固定。Protel99在佈局方面新增加了一些技巧。新的互動式佈局選項包含自動選擇和自動對齊。使用自動選擇方式可以很快地收集相似封裝的元件，然後旋轉、展開和整理成組，就可以移動到板上所需位置上了。當簡易的佈局完成後，使用自動對齊方式整齊地展開或縮緊一組封裝相似的元件。
提示-在自動選擇時，使用Shift X或Y和Ctrl X或Y可展開和縮緊選定元件的X、Y方向。
注意-零件佈局，應當從機械結構散熱、電磁干擾、將來佈線的方便性等方面綜合考慮。先佈置與機械尺寸有關的器件，並鎖定這些器件，然後是大的佔位置的器件和電路的核心元件，再是外圍的小元件。
六、根據情況再作適當調整然後將全部器件鎖定
假如板上空間允許則可在板上放上一些類似於實驗板的佈線區。對於大板子，應在中間多加固定螺絲孔。板上有重的器件或較大的接外掛等受力器件邊上也應加固定螺絲孔，有需要的話可在適當位置放上一些測試用焊盤，最好在原理圖中就加上。將過小的焊盤過孔改大，將所有固定螺絲孔焊盤的網路定義到地或保護地等。
放好後用VIEW3D功能察看一下實際效果，存檔。
七、佈線規則設定
佈線規則是設定佈線的各個規範(象使用層面、各組線寬、過孔間距、佈線的拓樸結構等部分規則，可透過Design-Rules的Menu處從其它板匯出後，再匯入這塊板)這個步驟不必每次都要設定，按個人的習慣，設定一次就可以。
1、利用原理圖設計工具繪製原理圖，並且生成對應的網路表。當然，有些特殊情況下，如電路版比較簡單，已經有了網路表等情況下也可以不進行原理圖的設計，直接進入PCB設計系統，在PCB設計系統中，可以直接取用零件封裝，人工生成網路表。
2、手工更改網路表將一些元件的固定用腳等原理圖上沒有的焊盤定義到與它相通的網路上，沒任何物理連線的可定義到地或保護地等。將一些原理圖和PCB封裝庫中引腳名稱不一致的器件引腳名稱改成和PCB封裝庫中的一致，特別是二、三極體等。
二、畫出自己定義的非標準器件的封裝庫
建議將自己所畫的器件都放入一個自己建立的PCB庫專用設計檔案。
三、設定PCB設計環境和繪製印刷電路的版框含中間的鏤空等
1、進入PCB系統後的第一步就是設定PCB設計環境，包括設定格點大小和型別，游標型別，版層引數，佈線引數等等。大多數引數都可以用系統預設值，而且這些引數經過設定之後，符合個人的習慣，以後無須再去修改。
2、規劃電路版，主要是確定電路版的邊框，包括電路版的尺寸大小等等。在需要放置固定孔的地方放上適當大小的焊盤。對於3mm的螺絲可用6.5~8mm的外徑和3.2~3.5mm內徑的焊盤對於標準板可從其它板或PCB izard中調入。
注意-在繪製電路版地邊框前，一定要將當前層設定成Keep Out層，即禁止佈線層。
四、開啟所有要用到的PCB庫檔案後，調入網路表文件和修改零件封裝
這一步是非常重要的一個環節，網路表是PCB自動佈線的靈魂，也是原理圖設計與印象電路版設計的介面，只有將網路表裝入後，才能進行電路版的佈線。
在原理圖設計的過程中，ERC檢查不會涉及到零件的封裝問題。因此，原理圖設計時，零件的封裝可能被遺忘，在引進網路表時可以根據設計情況來修改或補充零件的封裝。
當然，可以直接在PCB內人工生成網路表，並且指定零件封裝。
五、佈置零件封裝的位置，也稱零件佈局
Protel99可以進行自動佈局，也可以進行手動佈局。如果進行自動佈局，執行"Tools"下面的"Auto Place",用這個命令，你需要有足夠的耐心。佈線的關鍵是佈局，多數設計者採用手動佈局的形式。用滑鼠選中一個元件，按住滑鼠左鍵不放，拖住這個元件到達目的地，放開左鍵，將該元件固定。Protel99在佈局方面新增加了一些技巧。新的互動式佈局選項包含自動選擇和自動對齊。使用自動選擇方式可以很快地收集相似封裝的元件，然後旋轉、展開和整理成組，就可以移動到板上所需位置上了。當簡易的佈局完成後，使用自動對齊方式整齊地展開或縮緊一組封裝相似的元件。
提示-在自動選擇時，使用Shift X或Y和Ctrl X或Y可展開和縮緊選定元件的X、Y方向。
注意-零件佈局，應當從機械結構散熱、電磁干擾、將來佈線的方便性等方面綜合考慮。先佈置與機械尺寸有關的器件，並鎖定這些器件，然後是大的佔位置的器件和電路的核心元件，再是外圍的小元件。
六、根據情況再作適當調整然後將全部器件鎖定
假如板上空間允許則可在板上放上一些類似於實驗板的佈線區。對於大板子，應在中間多加固定螺絲孔。板上有重的器件或較大的接外掛等受力器件邊上也應加固定螺絲孔，有需要的話可在適當位置放上一些測試用焊盤，最好在原理圖中就加上。將過小的焊盤過孔改大，將所有固定螺絲孔焊盤的網路定義到地或保護地等。
放好後用VIEW3D功能察看一下實際效果，存檔。
七、佈線規則設定
佈線規則是設定佈線的各個規範(象使用層面、各組線寬、過孔間距、佈線的拓樸結構等部分規則，可透過Design-Rules的Menu處從其它板匯出後，再匯入這塊板)這個步驟不必每次都要設定，按個人的習慣，設定一次就可以。