種植草莓過程中可以使用em菌，但是em菌主要的作用還是在土壤中形成有益菌群，佔領有害菌群的位置，但是作用並沒有想象中那麼強大。em菌多數光合菌，乳酸菌為主，主要作為有機肥發酵而使用。

現在正常的微生物菌肥，都是在草莓種植過程中配合有機肥在底肥的時候會混合使用。在增加有機質的同時擴大有益菌群的繁殖，但是多數微生物菌肥都是以抗病為主，不是使用em菌，多數都是用枯草芽孢桿菌等抗病力的菌群。

在草莓苗期生長過程中，也可以用微生物菌劑灌根，增加草莓苗期的抗病，增加根系吸收，達到生根壯苗的作用。

菌劑灌根是防治根部病害的一項行之有效的措施，但一定要掌握正確的方法，否則，不但收不到應有的效果，還會有副作用。

一、藥物選擇要合理。

要選擇針對性強，並且防效較好的殺菌劑，不要盲目用藥，以免延誤防治時機，同時要儘可能地減少浪費；每次要注意加入防治細菌性病害的藥劑和根系養護或者改土生根類的肥料。

施用濃度要恰當。殺菌劑儘量與氨基酸類液肥或具有刺激根系發育的激素混合施用，藥液的濃度以不高於1500倍液為宜，防止根系周圍土壤藥液濃度過高，造成藥害。

二、土壤生物要兼顧。

選擇的殺菌劑施入土壤後不能破壞土壤內部的生物群體和生態平衡。如已施用菌肥的棚室，儘量不要用殺菌劑灌根防病，以防殺死菌肥中的有益微生物，使菌肥失去肥效。如果已發生病害，則必須用殺菌劑灌根，不要再考慮菌肥中有益微生物是否會受損，以免因小失大，導致病害暴發。

三、灌根前不宜澆水。

一是因為根部病害已經發生，若澆水，病菌會隨流水進行傳播，造成更多死棵。二是因為澆水容易導致土壤透氣性下降，使根部缺氧，產生漚根，植株抗逆性降低，病原菌更容易侵染，加劇死棵的發生。所以在灌根前不宜澆水。

四、灌根後不宜立即澆水。

灌根後立即澆水，會使土壤中的藥液很快稀釋，殺菌防病效果降低。因此，在用殺菌劑灌根後的幾天內儘量不要澆水。

五、藥害補救要及時。

在用殺菌劑灌根後，一旦出現萎蔫、黃化、停止生長等藥害症狀，應及時進行補救，以免造成更大損失。補救措施：一是迅速澆一次清水，以稀釋土壤中藥液濃度；二是及時用愛多收或雲大120、碧護等藥劑噴淋或灌根，以緩解藥害，促使根系儘快恢復生機，讓植株轉入正常生長。

六、注意著藥部位及藥液量

要注意灌根的著藥部位，草莓根莖部分一定要均勻著藥，也就是草莓根部與土壤接觸的2-3cm土層要溼潤，根系部分用藥量根據草莓苗的大小決定，一般每株苗100-150ml左右。