南海赤潮是發生在南海的一種自然現象。赤潮是一種複雜的生態異常現象，發生的原因也比較複雜。關於赤潮成因尚沒有定論，科學家們認為，赤潮是近岸海水受到有機物汙染所致。在正常的情況下，海洋中的營養鹽含量較低，這就限制了浮游植物的生長（有些鞭毛蟲類（或者甲藻類）還是一些魚蝦的食物）。但是，當含有大量營養物質的生活汙水、工業廢水(主要是食品、造紙和印染工業)和農業廢水流入海洋後，再加上海區的其他理化因素有利於生物的生長和繁殖時，赤潮生物便會急劇繁殖起來，便形成赤潮。

赤潮是指由於海洋生態環境的變化，使海水中的浮游生物突然大量繁殖並高度密集而 使海水顏色變成赤褐、褐色等的一種現象。形成赤潮的海洋生物稱為赤潮生物。赤潮又分 為有毒和無毒兩種。前者是指次赤潮生物體內含有某種毒素或能分泌出毒素的 生物為主形成的赤潮，並對海洋環境和人體健康造成危害;後者是指次赤潮生物體內不含有 毒素，又不分泌毒素的生物為主形成的赤潮，它基本是無危害性。

赤潮，又稱紅潮，國際上也稱其為“有害藻類”或“紅色幽靈”。是在特定的環境條件下，海水中某些浮游植物、原生動物或細菌爆發性增殖或高度聚集而引起水體變色的一種有害生態現象。赤潮並不一定都是紅色，主要包括淡水系統中的水華，海洋中的一般赤潮，近幾年新定義的褐潮（抑食金球藻類），綠潮（滸苔類）等。

“赤潮”，是海洋生態系統中的一種異常現象。它是由海藻家族中的赤潮藻在特定環境條件下爆發性地增殖造成的。海藻是一個龐大的家族，除了一些大型海藻外，很多都是非常微小的植物，有的是單細胞生物。根據引發赤潮的生物種類和數量的不同，海水有時也呈現黃、綠、褐色等不同顏色。