作為曾經的農村拆遷“操刀”者和農村違建整治工作參與者，特來回答，以供參考。

那麼，什麼是性質嚴重的違建的？首先是看宅基地是否合法，宅基地要合法，第一看是否有審批手續（老宅基地改建也需重新審批），第二要看在修建時超佔宅基地面積沒有，批少建多，批甲建乙，也是嚴重的違建行為。

若的確是宅基地合法，不存在無手續及亂佔超佔的問題，就是修建的房屋是否超審批面積（房屋修建也需審批，對建築層數、面積等都有要求）。

就農村的實際來說，房屋被認定為違建的情況主要有二，即未批先建（沒有審批手續）、批後亂建（含 批少建多，批甲建乙）。

而且，隨著對農村違建整治的深入以及對農村拆遷的規範，是嚴重違建的很難獲得拆遷補償（筆者當地十年前整治後，很少再有頂風違建以希望獲得拆遷補償的，因為都是搬起石頭砸了自己的腳，做了虧本生意）。

這種情況就是房屋絕不能是新近修建的，最好是已修建了10年以上，且能提供相應的證明材料，即排除搶搭搶建行為。這種情況下，才有可能獲得針對房屋建安成本的部分補償（筆者當地的操作是以合法房屋為標準進行打折，且不這類房屋不進行住房安置）。

宅基地使用權是合法的，但房屋被認定為違建，這個說法讓人不得要領。我們都知道，農村建房最主要的手續就是申請宅基地使用權，只要依法獲得了宅基地使用權，一般不會出現被認定為違建的現象。不明白的是，題主所說的認定違建，是哪個部門認定的，依據什麼認定的？這個認定，是否有法律效力？

我們知道，違章建築應該無償拆除，不會獲得任何補償。即使在拆遷中，補償也只是對於有合法手續的房屋給予補償。違章建築既然不合法，自然不應該獲得補償。但是，該標題又明確指出，宅基地使用權是合法的，那麼，個人認為，不管房屋建設是否存在違章現象，這個房屋遇到拆遷，應該給予一定的補償，起碼按審批的面積給予補償。

宅基地使用權合法，而房屋建設出現違章，通常情況下可能是存在少批多建的情況。也就是說，房主在建房時，超過了依法審批的宅基地面積進行建房。農村建房，在獲得宅基地使用權後，一般要經過鄉鎮的村鎮建設辦公室進行放線監督，嚴格按照劃線進行建設，不得超出審批的面積，也不得挪動地方，必須嚴格按照放線進行建設。如果超過劃線範圍進行建設，出現少批多建的現象，那麼，多建的部分屬於違章，應該拆除多建部分，並且是無償拆除。這種情況下，如果遇到拆遷，應該按照宅基地審批的面積給予補償，多建的部分不應該獲得補償。

農村獲得宅基地使用權後建房，如果被認定為違章，還有一種可能，就是易地而建，就是沒有按照審批的具體位置，重新選擇了宅基地進行建設。如果是這樣，實際上是放棄了自己申請的宅基地，而違章佔用了其他宅基地。這種情況下，原申請的宅基地因為沒有建房，可能被村集體收回，而違法佔用的宅基地，屬於未批而建，自然是嚴重的違章。這種違章，就是實體性違章，屬於無償拆除的範圍，遇到拆遷，這樣的房屋不應該獲得任何補償。

所以，就本題來說，要想有個準確的答案，必須搞清為什麼會被認定為違章建築，如果是輕微違章，整改後還是屬於合法建築的。由於我們不明白具體原因，所以無法給出準確的答案。

違章建築物能否獲得補償，這個主要還是根據建築物的建成時間來認定。

政府徵遷部門會根據航拍圖來認定房屋建成時間。實踐中，某個時間段以前建成的，雖然屬於無產權房屋，但也會按照100%的比例補償。某個時間段建成的，按照80%的比例補償。某個時間段後面建成的，一律不予補償。

總體來說，這樣處理還是比較合理。若是按照違章建築一律不予補償，那現實的徵遷工作難度就相當的的，矛盾糾紛也將會愈加激烈。我們根據建築物的建成時間予以不同的補償方案，也能保障被拆遷人的利益。另外，除了建築物補償因為以，我們還有涉及搬遷獎勵，搬遷補助，過渡安置等等補償專案。雖然建築物是違章建築，但如果有居住使用，只要配合政府搬遷工作，一般也能獲得搬遷獎勵、補助、過渡費等補償費用。