《條例》第四條對招標投標行政監督部門的職責進行分工，規定“國務院發展改革部門指導和協調全國招標投標工作，對國家重大建設專案的工程招標投標活動實施監督檢查。國務院工業和資訊化、住房城鄉建設、交通運輸、鐵道、水利、商務等部門，按照規定的職責分工對有關招標投標活動實施監督”，這裡“規定的職責”，指國務院工業和資訊化、住房城鄉建設、交通運輸、鐵道、水利、商務等部門在其定職責、定內設機構和定人員編制等“三定”規定中的“定職責”，即“三定”規定中負有招標投標行政監督職責的，依法對招標投標活動實施監督，反之，則不能對招標投標活動實施監督，因為國務院部門履行職能的依據是其具有法律效力的“三定”規定。

《條例》第四條同時規定“縣級以上地方人民政府發展改革部門指導和協調本行政區域的招標投標工作。縣級以上地方人民政府有關部門按照規定的職責分工，對招標投標活動實施監督，依法查處招標投標活動中的違法行為。縣級以上地方人民政府對其所屬部門有關招標投標活動的監督職責分工另有規定的，從其規定”，這當中，“另有規定”中的“另”是相對於國務院部門職責分工而言，即縣級以上地方人民政府對其招標投標行政監督職責分工不同於國務院部門分工的，執行該地方人民政府的分工，反之，沒有分工規定，或是職責分工同於國務院分工的，執行國務院對其部門招標投標行政監督的職責分工。