都司衛所是明太祖洪武初年建立的一種軍事機構，原名都司、行都衛，洪武八年（1375年）改為都指揮使司（簡稱都司）、行都指揮使司（簡稱行都司），到宣德年間逐漸固定下來。

明朝在全國共有十六都司、五行都司、二留守司。在全國十三個布政使司（即行省）都設有一個都司，其軍事長官備稱為都指揮使，與行省政治長官布政使同駐一城。

山東都司治濟南府，浙江都司治杭州府，江西都司治南昌府，福建都司治福州府，湖廣都司治武昌府，山西都司治太原府，陝西都司治西安府，四川都司治成都府，廣東都司治廣州府，廣西都司治桂林府，河南都司治開封府，雲南都司治雲南府（今昆明），貴州都司治貴陽府。

另外，大寧都司先治大寧衛（今遼寧寧城西），轄境相當於今天的河北長城以北和遼寧西拉木倫河以南地區，永樂元年（1403年）移治保定府。遼東都司治定遼中衛（今遼陽），轄境今天的遼寧大部。萬全都司治宣府左衛（今河北宣化），轄境現在的河北省內外長城一線的赤城、懷來以西和宣化、陽原以北地區。奴兒干都司治特林（今俄羅斯遠東州），轄境相當於現在的黑龍江、烏蘇里江、松花江到庫頁島一帶。

行都司則設在“邊境海疆”之地，治所不在省城內，以輔助本省都司，管理一部分衛所。陝西行都司治甘州衛（今甘肅張掖），山西行都司治大同府，福建行都司治建寧府（今南平），四川行都司治建昌衛（今西昌），湖廣行都司治鄖陽府（今湖北鄖縣）。

洪武十四年（1381年），朱元璋於安徽鳳陽府設定中都留守司，統領鳳陽等八衛，專門守護皇陵。嘉靖十八年（1539年）於湖廣承天府（今湖北鍾祥）置興都留守司，統領顯陵、承天二衛，專門守護顯陵，留守司的長官稱留守。

都司和行都司為明代地方的最高軍事機構，專門統轄各地衛所，分別直隸京師五軍都督府。

明初於京師和全國各地皆設有衛所，一府設所，數府設衛，洪武六年（1373年）定製，每衛設前後中左右五千戶所，大約五千六百人為一衛，一千一百二十人為一千戶所，一百一十二人為一百戶所。凡一衛統領十個千戶所，一個千戶所統領十個百戶所，每個百戶領總旗兩個（五十人為一總旗），一總旗領小旗五個（十人為一小旗）。

又有守禦千戶所，獨駐一地，以守禦某地為名，大部分直屬於都司管轄，少數隸屬於衛。還有屯田千戶所、群牧千戶所，它們都以農牧為主，品級同守禦千戶所相當。衛的長官叫指揮使，所的長官稱為千戶、百戶。

據《明史-兵志》記載，洪武二十六年（1393年），全國共有“內外衛三百二十九，守禦千戶所六十五。”後來逐漸增加，到明朝末年，“所屬衛四百九十有三，所二千五百九十有三，守禦千戶所三百一十有五。”《明史-地理志》中記載，各衛所皆由各省的都司和行都司分別管理，兩直隸（北京和南京）境內的衛所則直屬於直隸兩京五軍都督府。

明代都司衛所的任務，對外具有防止侵略，鞏固邊防，對內則是鎮壓國內叛亂，維護統治的工具。留守司只掌管中都和興都兩個皇陵的守禦防護任務。自衛指揮使以下的官職大多為世襲制，衛所士卒也大多為父子相繼。

國家一旦需要，則有朝廷調遣將官擔任總兵官，統率衛所軍士出征，待戰事平息還朝之後，軍士各回衛所駐地。平時由國家撥付耕牛進行屯田生產，並進行軍事訓練，起先並不與地方政府有任何聯絡。

後來，由於邊境地區地區屯田制度日漸廢弛，軍士和當地百姓完全融合，衛所為了保證軍士的給養，不得不負責治理民政。同時，又於未設定州縣的地方皆設定都司衛所，既管軍事，又管民政。於是，這兩部分衛所，既有軍隊，也有百姓生活在其中，由單一的軍區管理逐漸轉變為一種行政區劃。

《明史-地理志》中將這種涉及民政較深且擁有大量屯田的衛所被稱之為實土衛所，依附於個省布政使司名下。至於內地，因為民戶多於軍伍，衛所田地較少，且無力治理民政，軍需主要靠官府供給，成為無實土衛所，純粹是一種軍事組織。

據《明史-地理志》的記載，十六都司中，遼東都司全部都屬於實土衛所，萬全都司大半是實土，大寧都司初治大寧路，皆實土，永樂元年（1403年）大寧都司遷往保定府，所轄衛所變為無實土。山東等十三都司及其所轄衛所，因設在各省州縣境內，絕大多數無實土，其中只有陝西、四川、湖廣、雲南、貴州五都司有少數實土衛所。五行都司中，只有陝西、四川有實土衛所，山西、湖廣、福建無實土衛所。留守司主要負責守衛皇陵，不參與屯田，所以都沒有實土。

都司與布政使司，直隸衛所與直隸州縣的區劃和轄境，基本上相同，僅有個別衛所不在本省或直隸境內。可以說這是朱元璋所設計的軍政分管體系的重要環節，以此杜絕地方割據勢力的出現，但由於此後軍屯制度的廢弛，軍士被官宦肆意徵用成為他們的私人佃農，最終破壞了原本完善的衛所制度，使其在明朝末年空有大量的紙面人員，但卻沒有任何實力來維護國家的安定，抵禦外族的入侵。

一、建立背景

明朝初期，當時的隊伍編制有原紅巾軍、新徵軍、歸降軍等等，相對來說編制制度有些雜亂，而且不好管理，這已經不符合當時明朝統治者的利益需求了。

二、建立原則

面對上述情況，一套新的軍隊編制制度應運而生，它具備以下建立原則：

1.軍隊絕對忠誠；

2.軍隊國有化；

3.統一軍事形式，提高軍隊戰鬥力；

4.考慮軍費精簡；

5.保衛國家。

三、機構設定

都司衛所制度根據以上建立原則完成了建立，它包括都司、衛所、軍戶等機構，兼軍事功能和行政功能於一體。

1.軍戶是什麼呢？軍戶包括千戶所、百戶所、總旗、小旗等，這裡面有軍有民，軍民合一；戰時出征，閒時勞作和進行軍事訓練。千人為千戶，百人為百戶，這個好理解，另外50人為總旗，10人為小旗。

2.衛指揮都司簡稱衛，衛所管著軍戶，各分所5000人為指揮。

在洪武元年時分屯設兵，一郡或府設所，連郡或府設衛，從都城到地方都這麼設定衛所。七年後這種制度發生了些許變化，衛、千戶所和百戶所在原來的基礎上又加了人數。

3.都司則管著衛所，五軍都督府管著都司（都督府和兵部分別對都司有管理權和軍隊排程權）。

四、作用

明朝實行的都司衛所制度繼承和發揚了了府兵制度，深化了軍隊管理權，實現了對軍戶的統一管理。更重要的一點是，加強了中央集權思想，加大了對地方的控制，避免了地方同時掌控軍政大權的情況發生。