建武元年公元25年春夏之間，鄧禹率領的徵西大軍擊敗了更始政權的左馮翊守軍之後，大得民心，前來投軍的人是日以千數，絡繹不絕。很快，大軍人數由幾萬人飛速膨脹到數十萬，號稱百萬。劉玄的更始中央政權已經敗亡，樊崇的兵馬雖多，但鋒銳已疲。特別是因赤眉軍的殘忍暴虐，長安一帶人心不附，黎民百姓日夜盼著王師西進長安，掃清妖氛，趕走這些殺人魔頭，還老百姓一個太平世界。可長安城裡的老百姓等了很久，卻始終沒有見到西征軍的一兵一卒。其實，早在這年六月，鄧禹早已率領大軍渡過黃河，進人關中三輔的左馮翔境內，連續拿下了夏陽今陝西韓城、衙縣今陝西白水與黃龍之間等地。但奇怪的是，他在關中的進軍路線，並非像人們預料的那樣向南攻擊，而是一路向西推進。自從佔據了左馮翊，鄧禹一直駐紮在衙縣，按兵不動。他在想些什麼呢？包括軍師韓歆在內的西征軍諸將，都對此大惑不解。

這年八月末，樊崇帶領赤眉大軍南下，進逼長安，並於當年九月初攻陷了京師。對於赤眉軍的行動，鄧禹依舊無動於衷，不聞不問。直到十月中旬，他這才慢騰騰地召集諸將議事，商議下一步的打算。早已按捺不住的與會諸將紛紛建議：西征大軍應該立即揮師南下，攻取長安，一舉消滅赤眉，奪取三輔地區這些建議不僅是完全正確的，也是完全符合劉秀此前作出的戰略構想的。但這一正確的建議，卻遭到了鄧禹的無理拒絕。他用不容置疑的口氣，否決了諸將的提議。他冷笑著斷然說道:諸君只知其一，不知其二。諸位說的看似有理，其實不然。如今我軍雖然人數眾多，不在赤眉之下，但能夠上陣打仗的人卻很少，戰力較弱。我軍前面沒有根據地，沒有可靠的物資補給線。赤眉軍剛剛攻陷了長安，兵精糧足，氣勢正盛，其鋒正銳，不能抵擋。

鄧禹又說:這些盜賊們蜂聚蟻集，必然沒有長遠的打算。他們搶掠的糧食、金錢雖然很多，終究有消耗完的時候。再加上情況複雜，變化萬端，他們怎麼能夠守住長安呢？上郡、北地、安定三郡，土廣人稀，饒谷多畜，我們應該北上，到哪裡去休整士兵，以觀其弊，之後再考慮攻擊長安。鄧禹的這段分析，貌似深刻、全面，其實大錯特錯。兵法上說：知己知彼，百戰不殆。鄧禹只看到了敵人的困難，卻沒有想到自己也存在同樣的問題。他只考慮到赤眉的糧食有消耗盡的時候，卻沒有想到，自己手下的數十萬大軍同樣也要消耗糧食。坐擁如此龐大的軍隊，卻不敢和敵人作戰，每天消耗的糧食之多，實在是不可估量。再者，上郡、北地、安定三郡，能有多少糧食可供籌集？在此之前，赤眉軍已經到這些地方搶劫過多次了，老百姓的糧食被搶光，財產被洗劫一空，都要快餓死了，哪裡還有東西提供給鄧禹的軍隊吃？鄧禹到了這些地方，再去徵集糧食，跟土匪搶劫又有什麼區別？赤眉軍的人數雖然多，戰鬥力卻並不強。

在河北，劉秀曾經以幾萬人出擊，把四十多萬土匪流民軍殺得大敗,並且全部消滅。可見，關中的赤眉軍沒有多強的戰鬥力，並不可怕西征軍接近百萬，不僅在人數上與對方旗鼓相當，而且在民心向背上居於絕對優勢。如果鄧禹揮師西進，以正義之師執行天討，幾如摧枯拉朽、秋風掃落葉。但諸將的正確建議卻被鄧禹無理地拒絕，平定關中的絕好時機就這樣給錯過了鄧禹的軍隊發展到接近百萬之時，劉秀確實也有些吃驚了，曾經多次下詔褒美。關西還有這樣一支大軍在外，劉秀的底氣十足，對鄧禹也十分敢心。他一直在等待著鄧禹攻破長安，生擒劉玄，掃平赤眉的捷報然而，從建武元年公元25年六月以後，關中地區的形勢卻急轉直下。這年七八月之間，先是長安城中劉玄政權爆發內戰。此後又傳來了鄧禹不但不西進長安，反倒引兵北征上郡、北地、安定三郡的訊息。這訊息讓劉秀大吃一驚，他實在無法理解鄧禹為什麼要做，急忙專程派人西去，實地詢問西線軍情。等到鄧禹的奏報一上，劉秀立即明白了真實原因。

他此後曾屢次派人催促鄧禹，嚴令其立即放棄北進計劃，火速南下收取長安。可鄧禹竟然公然抗旨，遲遲按兵不動。對於劉秀的多次催促，鄧禹置之不理，依舊是固執己見、一意孤行。赤眉軍沒了壓力，故而得以在長安城裡為非作歹，肆意橫行，老百姓深受其害。關中赤眉匪患愈演愈烈，生靈塗炭，遠在洛陽的劉秀是憂急如焚，心如刀絞，但是卻毫無辦法。十二月，面對西線戰場日益嚴峻的局面，劉秀再也忍不住了，派使者到鄧禹軍中，下詔痛責鄧禹。他在詔書中說：司徒，堯也。亡賊，桀也。長安吏人，遑遑無所依歸。宜以時進討，鎮慰西京，系百姓之心。對於這道措辭嚴厲的詔書，鄧禹好像是吃了秤砣，依然我行我素，堅持己見。他上奏劉秀說：臣以為，目前還是謹慎為妥，應尋求機會再圖進取。眼下時機未到，恕臣不能奉詔將在外，君令有所不受，面對鄧禹的抗旨違命，遠在洛陽的劉秀對此也是鞭長莫及，毫無辦法。

然而，由於鄧禹的長期不作為，導致部下人心渙散，最終竟引發了內亂。鄧禹把積弩將軍馮愔與車騎將軍宗歆放在一起鎮守枸邑，本是為了加強防禦力量，為自己留下伺機南下關中腹地、攻取長安的後路，但結果卻大大出乎鄧禹的意料。十二月中，馮愔設計殺害了宗歆，割據枸邑城叛變，並派兵反攻鄧禹。鄧禹猝不及防，對此毫無辦法。馮愔率軍西進，竟然勢如破竹，殺進了安定郡，一路挺進七八百里，直抵高平城下。隗囂大驚，急忙遣軍迎戰。在隗囂主力的攻擊之下，隴西軍大破馮愔於城下，並且繳獲了他的全部輜重。馮愔只好狼狽東逃，返回枸邑。隗囂討伐馮愔，完全是出於自衛，並沒有其他想法。而鄧禹卻趁勢做起了統戰工作。他得到訊息之後，立即派出使者，持節到隗囂軍中，按照朝廷官職任命其為西州大將軍，專制涼州、朔方軍事。隗囂猶豫了半天，最終還是接受了任命。

諸將功鄧禹進攻長安，鄧禹說：“不行。雖然我手有兵有將，但戰鬥力和軍需補給不夠。赤眉軍新佔領長安，財富充足，士氣正旺，不宜正面抗衡。而且赤眉軍中，多有匪盜之行，不會有長久打算，錢糧雖多，怕是不能堅守。所以，我該做的是去上郡、北地、安定三郡，就地休兵，以待其弊。”

　　鄧禹說到做到，不進攻長安，轉攻他郡。

　　劉秀覺得此時關中未定，而鄧禹老是按兵不動也不是個事兒，就下命令，讓他進攻長安。

　　沒想到鄧禹還是不進攻長安，繼續進攻其他郡縣，徵兵收谷，充實實力。

從以上這件事看，鄧禹其實在行軍佈陣上是一個很有主見和把控度的將才，自己的規劃和佈局不會受任何人的影響。

“長安乃賊之巢穴，攻之雖有大功，但必有大的傷亡，我不想只為建功而傷損將士們的性命。何況，敵軍士氣正旺，現在攻取長安還不是時候，我們不如先取郡縣，積小勝為大勝，如此長安勢難堅守了。”