明朝只有一套政權。

1368年，朱元璋稱帝，以應天府（南京）為京師，國號大明。

明成祖朱棣在朱元璋去世後從北平發動“靖難之役”，攻佔京師，奪取帝位，初時仍定都南京。

1421年明朝遷都北京，並改北京為京師，同時復原南京的名號。

明成祖遷都北京後，仍然保留了南京的都城地位，並保留了一套中央機構。南京和京師一樣，設六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構，官員的級別也和京師相同。北京所在府為順天府，南京所在府為應天府，合稱二京府。

主要機構

六部

　　明朝在中央設定吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部(主管文官升遷)最為重要，戶部人員最多。禮部(主管祭祀大典)與工部(主管公共建設)地位較低。

監察機構

　　在洪武十三年前，明朝還沿襲元的監察制度，設立御史臺，有左右御史大夫各一名。洪武十三年後，朱元璋廢御史臺。兩年之後，朱元璋設立新的監察機構—都察院。都察院下面設立監察御史若干人，分巡全國各省，稱為十二道監察御史。每道有監察御史三至五人，範圍大體為一省。但監察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。到明末，監察御史分為十三道，共有一百一十人。

六科

　　明朝開始只設了給事中。到洪武廿四年，設都給事中六人，分吏、戶、禮、工、刑、兵六科，每科一人。該制度基本是繼承了唐朝的門下省制度。六科官職品級雖低，然職權很高。他們可以不贊成皇帝的意旨。而該制度也發揮了一定的改善朝政作用。

五寺

　　五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀;太僕寺管理馬匹;光祿寺負責壽宴;鴻臚寺負責接待外賓。

內閣

　　在廢除丞相制度後，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，於是設立四輔制度來輔佐政事。但這項制度效能不彰。洪武十七年後被廢。之後朱元璋請來幾位翰林學士幫忙輔佐，這些翰林學士的官職被命為“XX大學士”。這也就是所謂的內閣機構。

特務機構

　　明朝實行嚴密的特務政治。主要的特務機構包括錦衣衛、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。

　　錦衣衛設立於洪武十五年，直接聽命於皇上，可以逮捕任何人，並進行不公開的審訊。在東廠設立後，錦衣衛權力受到削弱。

東西廠

東廠成立於永樂十八年，是明成祖為了鎮壓政治上的反對力量而成立。地點位於京師東安門北。東廠的主要職責就是監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝彙報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊;而對於擔任政府高階官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。東廠在設立之初，就由宦官擔任提督，後來通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任。

　　西廠設立於憲宗時期，首領為汪直。1482年後被廢。其後又被武宗短暫恢復。

　　內廠設置於武宗時期，首領為宦官劉謹，劉謹伏誅後，內廠與西廠同時被廢，僅留東廠。