半定量RT-PCR與定量RT-PCR的區別是半定量RT-PCR操作簡便，可快速推測樣品中特異mRNA的相對數量；而定量RT-PCB可實時定量，較半定RT-PCB更準確。
1. 半定量反轉錄－聚合酶鏈反應（semi-quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,SqRT-PCR）是近年來常用的一種簡捷、特異的定量RNA測定方法，透過mRNA反轉錄成cDNA，再進行PCR擴增，並測定PCR產物的數量，可以推測樣品中特異mRNA的相對數量。
2. 定量RT-PCR（quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,qRT-PCR）是在用一步法或兩步法，在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光訊號積累實時監測整個PCR程序，最後透過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。
半定量反轉錄－聚合酶鏈反應（semi-quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,SqRT-PCR）是近年來常用的一種簡捷、特異的定量RNA測定方法，透過mRNA反轉錄成cDNA，再進行PCR擴增，並測定PCR產物的數量，可以推測樣品中特異mRNA的相對數量。
定量RT-PCR（quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,qRT-PCR）是在用一步法或兩步法，在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光訊號積累實時監測整個PCR程序，最後透過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。
半定量RT-PCR需要跑電泳，根據條帶亮度的強弱來判斷模板複製數的高低或者是表達量的高低，而定量RT-PCR則無需電泳可以實時監測整個PCR的全程並且由給出的Ct值及Standard Curve來判斷gene複製數的高低。
熒光定量PCR和半定量RT-PCR都可以用來檢測基因的表達量的,但二者檢測的東西多少有些不同.BIOG染料法熒光定量PCR是在PCR反應體系中加入可以和雙鏈DNA特異性結合的熒光染料或者和目的DNA片段結合的BIOG taqman,透過監控PCR過程中的熒光的變化,並且和某些管家基因的熒光變化進行對比反應出目標基因的表達量.熒光定量PCR的主要有效資料是熒光訊號增長到最大值的一半時的時間.半定量RT-PCR則是透過RT-PCR最終產物電泳後電泳條帶的明暗來間接反應出原始模板的丰度.熒光定量PCR因為是全程監控PCR擴增的變化,並且能夠同管家基因的擴增曲線進行相對定量,而將基因的表達量數值化,準確度高於半定量RT-PCR.半定量RT-PCR因為是監控的最終產物,而在基因表達水平很高的時候,PCR體系很可能在反應中後期就飽和了,所以對於高水平表達的基因來說,用半定量RT-PCR並不能很準確的說明問題.
半定量rt-pcr參照的做法一般有兩種：
1) 將要比較的兩個樣品的beta-actin 調成一樣的亮度，然後就可以直接比較目的基因的亮度了。方法的結果比較直觀，但較費事。
2) 不進行調平，一個樣品裡將目的基因和beta-actin直接比較，用軟體就可以做到，然後將不同樣品的這個比值進行比較就可以了。方法比較簡單，但結果不夠直觀。
1.每個標本都要做自己的內參，不能用同一個內參！
2.每個標本在實際做前都要摸最佳迴圈數，包括內參，但內參的迴圈數不一定要和目的基因一樣，都要選擇上升期的中間數作為最佳迴圈數，否則進入平臺期就沒有可比性了！所以內參要有它自己的最佳迴圈數！
3.電泳掃描後，計算灰度值，先用同一標本的內參和目的進行比較，然後用這個相對值再去和其他你所要比較的平行組進行比較，一般每組4個樣本以上。
半定量RT-PCR與定量RT-PCR的區別是半定量RT-PCR操作簡便，可快速推測樣品中特異mRNA的相對數量；而定量RT-PCB可實時定量，較半定RT-PCB更準確。
1. 半定量反轉錄－聚合酶鏈反應（semi-quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,SqRT-PCR）是近年來常用的一種簡捷、特異的定量RNA測定方法，透過mRNA反轉錄成cDNA，再進行PCR擴增，並測定PCR產物的數量，可以推測樣品中特異mRNA的相對數量。
2. 定量RT-PCR（quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,qRT-PCR）是在用一步法或兩步法，在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光訊號積累實時監測整個PCR程序，最後透過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。
半定量RT-PCR與定量RT-PCR的區別是半定量RT-PCR操作簡便，可快速推測樣品中特異mRNA的相對數量；而定量RT-PCB可實時定量，較半定RT-PCB更準確。
半定量反轉錄－聚合酶鏈反應（semi-quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,SqRT-PCR）是近年來常用的一種簡捷、特異的定量RNA測定方法，透過mRNA反轉錄成cDNA，再進行PCR擴增，並測定PCR產物的數量，可以推測樣品中特異mRNA的相對數量。
定量RT-PCR（quantitative reverse transcription and polymerase Chain reaction ,qRT-PCR）是在用一步法或兩步法，在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光訊號積累實時監測整個PCR程序，最後透過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。
半定量RT-PCR需要跑電泳，根據條帶亮度的強弱來判斷模板複製數的高低或者是表達量的高低，而定量RT-PCR則無需電泳可以實時監測整個PCR的全程並且由給出的Ct值及Standard Curve來判斷gene複製數的高低。
熒光定量PCR和半定量RT-PCR都可以用來檢測基因的表達量的,但二者檢測的東西多少有些不同.BIOG染料法熒光定量PCR是在PCR反應體系中加入可以和雙鏈DNA特異性結合的熒光染料或者和目的DNA片段結合的BIOG taqman,透過監控PCR過程中的熒光的變化,並且和某些管家基因的熒光變化進行對比反應出目標基因的表達量.熒光定量PCR的主要有效資料是熒光訊號增長到最大值的一半時的時間.半定量RT-PCR則是透過RT-PCR最終產物電泳後電泳條帶的明暗來間接反應出原始模板的丰度.熒光定量PCR因為是全程監控PCR擴增的變化,並且能夠同管家基因的擴增曲線進行相對定量,而將基因的表達量數值化,準確度高於半定量RT-PCR.半定量RT-PCR因為是監控的最終產物,而在基因表達水平很高的時候,PCR體系很可能在反應中後期就飽和了,所以對於高水平表達的基因來說,用半定量RT-PCR並不能很準確的說明問題.
半定量rt-pcr參照的做法一般有兩種：
1) 將要比較的兩個樣品的beta-actin 調成一樣的亮度，然後就可以直接比較目的基因的亮度了。方法的結果比較直觀，但較費事。
2) 不進行調平，一個樣品裡將目的基因和beta-actin直接比較，用軟體就可以做到，然後將不同樣品的這個比值進行比較就可以了。方法比較簡單，但結果不夠直觀。
1.每個標本都要做自己的內參，不能用同一個內參！
2.每個標本在實際做前都要摸最佳迴圈數，包括內參，但內參的迴圈數不一定要和目的基因一樣，都要選擇上升期的中間數作為最佳迴圈數，否則進入平臺期就沒有可比性了！所以內參要有它自己的最佳迴圈數！
3.電泳掃描後，計算灰度值，先用同一標本的內參和目的進行比較，然後用這個相對值再去和其他你所要比較的平行組進行比較，一般每組4個樣本以上。