明朝最鼎盛時期也沒有那麼大面積，明朝基本以長城為界，奴兒干都司的控制範圍至今非常有爭議，可以明確的是遼寧虎山長城以南，其他什麼西伯利亞遠東地區，那就是意淫了，到了明朝末期，只有區區350萬平方公里。

明朝對東北和庫頁島的統治

東北一直是明朝國土，統治以設立都司來統治，都司是一個軍事部門，各個地方上都有都司部門，也就是說明朝對東北的統治就像國內其他地方一樣劃歸中央管轄而不是採取自治的方法。

明洪武元年（1368年），明軍攻佔大都（即北京），元朝滅亡。明太祖朱元璋為了消滅盤踞東北，負隅頑抗的故元殘餘勢力，一方面派黃儔等人前往遼東，“詔諭遼陽諸處官民帥眾歸附”[69]；另一方面派兵從山東渡海，向遼東進軍，迫使故元遼陽行省平章劉益投降。於是洪武四年（1371年）明在遼東設定定遼衛都衛，洪武八年（1375年）明改定遼衛都衛為遼東都指揮使司，管轄遼東二十五衛，一百三十八所，二州，一盟[70]。朱元璋為了向北推進，在 “慎固邊防，翼衛王室”[71]的思想指導下，把自己的兒子分封在北方和東北，如封燕王於北平、封韓王於開原、封寧王於喀喇沁、封遼王於廣寧，其目的是 “據名藩，控要害，以分制海內”[72]。當時故元太尉納哈出佔據金山（即吉林省農安縣）一帶，與遼東高家奴、哈喇張、也速之等故元殘餘勢力，“彼此相依，互為聲援”[73]，企圖繼續頑抗。明朝要統一東北，就必須消滅東北境內的“故元遺兵”。洪武二十年（1387年），朱元璋派馮勝、傅友德率領明軍進攻金山，納哈出兵敗投降，其他“故元遺兵”也紛紛歸降，元朝在東北地區的殘餘勢力被肅清。

洪武年間，明在東北的勢力最遠只達到松花江、牡丹江及牙蘭河一帶。永樂時，明遷都北京以後，把戰略重點轉向北方，除了徵撫蒙古外，更加強對女真地區的經營。永樂帝十分注意調查研究女真的情況，親自找女真人詢問地方風俗人情[74]。早在永樂元年（1403年），就派遣邢樞等人，“往諭奴兒干吉列迷諸部落招撫之”[75]。永樂二年（1404年），又派遣遼東千戶王可仁前往豆滿江等地，安撫建州女真[76]。明王朝採取安撫政策，收到很好效果，“東北至奴兒干，涉海有吉列迷諸種部落，東鄰建州、海西、野人女直，……永樂初，相率來歸”[77]，“悉境歸附”[78]。明朝政府在這裡“因其地分設衛、所”[79]。於是設定奴兒干衛，以把刺答哈、阿刺孫等四人為指揮同知，古臚寺等為千戶所鎮撫，隨後設立了一百多個衛所。永樂七年（1409年），奴兒干衛地方官員忽刺冬奴等人來朝，奏稱奴兒干“其地衝要，宜立元帥府。”明廷接受了這個建議，設定“奴兒干都指揮使司”，任命內地官員康旺為都指揮同知，王肇舟為都指揮僉事[80]。永樂九年（1411年），正式派遣太監亦失哈、都指揮同知康旺等，“率軍一千餘人，巨船二十五艘”，前往該地“開設奴兒干都司” [81]，專管衛所事務。奴兒干都司管轄地區，“東瀕海，西接兀良哈，南鄰北韓，北至奴兒干北海”[82]。根據《明實錄》記載統計，從永樂初到嘉靖時，前後在上述地區共設立三百七十個衛，二十個所[83]。今天，明代設定的衛所早已廢圮，但是永樂十一年（1413年），明朝官員在奴兒干都司治所，修建永寧寺時刻的石碑《永寧寺記》，以及宣德八年（1433年）重修永寧寺時又刻的《重建永寧寺記》石碑，詳細記載了奴兒干都司和衛所的情況，為我們提供了中國東北疆域的歷史見證。另外還有《昭勇將軍崔源墓誌》記載，“宣德元年同太監亦信下奴兒干等處招諭，……正統元年，奉敕撫安忽（刺）溫野人”[84]，以及《明威將軍宋國忠墓誌銘》記載，宋國忠的高祖宋卜花，曾在明初奉命招諭奴兒干的事蹟[85]。這兩塊墓誌反映的事實和永寧寺兩塊石碑記載是完全一致的，有力說明明代在奴兒干設官建置，這裡是中國疆域的一部分。

“衛所”是按照明朝政治制度設定的地方軍事行政機構，它和內地有所不同的是除了軍事職能外，還要管理地方行政事務，所謂“撫綏屬部”[86]，“看守地方”[87]。“衛所”官員都是明朝中央政府直接委任的，採取“因其部族，……官其酋長為都督、都指揮、指揮、千百戶，鎮撫等職，給與印信，俾仍舊俗，各統其屬”[88]的政策。他們的官職是世襲的，父死子繼、父老子替都必須得到明政府的批准。如果要求晉升官爵、更換敕書（委任狀）、增加賞賜等，則要呈報明朝政府，不得擅自行動，否則要受到處罰。明朝授給奴兒干都司屬下衛所的官印，不斷有所發現，如有《毛憐衛指揮使司之印》[89]、《木答裡山衛指揮使司印》[90]、《禾屯吉衛指揮使司印》[91]、《囊哈兒衛指揮使司印》[92]、《塔山左衛之印》[93]，以上的“印信”，清楚表明了明朝在東北地區設定地方行政機構，進行管理最好的歷史物證。

中國是最早對庫頁島行使主權的國家：

[附]日人鳥居龍藏也到此地考察過，發現了奴兒干都司遺址展明代瓷器（見《奴兒干都司考》，《燕京學報》第三十四期）。

奴兒干都司設有都指揮，都指揮是康旺、僉事王肇州，二人原來都是遼東鎮東寧衛的人員。

都司下設有三百八十四衛，據黎敬文的《明代東北疆域考》（見《考古學報》1976年1期），目前已能指出的衛所有斡難河以東，嫩江以西，包括呼倫貝爾和黑龍江南北地區。當時在這個地區遊獵的大多靼部落，明代有時也混稱為“女真野人”或“野人”，這個地區設立的衛有十四衛所，即堅河衛、海剌兒千戶所、只兒蠻衛、斡難河衛、古賁河千戶所（古賁河衛）、卜魯丹河衛、木河衛、塔哈衛、木裡吉衛、阿倫衛、阿真同真衛、額克衛、出萬山衛。

從精奇里江到黑龍江與松花江交匯地方有有五座衛（在黑龍江東北岸），即脫木河衛、土魯亭山衛、阿剌山衛、古裡河衛、脫木衛。

黑龍江以東直到黑、松兩江匯合處，計有九衛，其中七衛在黑龍江以北，二衛在黑龍江以南。即可令河衛、木魯罕衛、哈剌察衛、蜀河衛、兀剌衛、弗河衛、扎肥河衛、考郎兀衛。

烏蘇里江和黑龍江交匯處到黑龍江口，包括烏第河和庫頁島（明稱苦夷）在內的地區，以庫烏河為中心（今蘇聯哈巴羅夫斯克，亦稱伯力的附近區域），設立九衛，即乞勒尼衛、忽魯木衛、喜申衛、古魯衛、亦幾古裡衛、撒兒呼衛、鎮真河衛、蓋平衛、哈兒分衛。

黑龍江北岸格林河支流設立五衛，即葛林衛、忽石門衛、卜魯兀衛、福山衛、弗山衛。亨滾河是黑龍北岸的一大支流，這裡設立了七座衛所，即欽真河衛、敷答河千產所、者屯衛、滿涇衛、依木河衛、朵幾必河衛。