在平菇栽培中，發菌階段的管理是非常重要的，這是栽培成敗的關鍵。

1、溫度：一般接種後2—3天，菌絲開始恢復。菌絲生長的最適溫度是23—27℃。所以溫度管理應儘可能達到或接近這個範圍。生料栽培或開放式栽培，培養料中還有其它微生物活動產生呼吸熱，料溫將比室溫高出2－3℃甚至更多。所以要密切注意料溫變化，採取相應的散熱措施，降低培養室的溫度。

2、溼度：這個階段的空氣相對溼度要求控制在80%以下，菇房和菌床都不能噴水，溼度大了汙染率高。

3、光照：菌絲生長階段，光照對菌絲生長不利，尤其不能讓直射Sunny照上菌床。培養室的窗子要掛上黑色窗簾。除檢查用光外培養室不要隨意開燈。

4、空氣：空氣對平菇菌絲生長也很重要，雖然菌絲生長階段能耐較高濃度的二氧化碳，但二氧化碳濃度過高也會抑制菌絲生長，嚴重缺氧菌絲會老化窒息而死。培養室若通氣不良，菌絲的呼吸熱散不掉，會致使料溫上升，燒壞菌絲。

5、膜床：接種以後7—10天菌絲長滿菌床表面，在這之前是雜菌汙染的危險期。這階段原則上不能揭膜，只有在料溫超過30℃，不揭膜就會燒壞菌絲時，才能揭膜通風降溫。

菌絲長滿菌床表面後，每天應揭膜透氣10—20分鐘。因為隨著菌絲量的增多，呼吸熱和二氧化碳的量也多，所以需要揭膜透氣。

二、平菇出菇期管理

菌絲長滿後一般要再經7天后熟期培養，方可進入出菇期管理。

1、菌絲長滿後要把菌袋堆放成排，一般堆4-7層高。當袋口處有小菇蕾形成時，除去袋口報紙，小菇蕾形成初期，可少量多次向菇棚（房）空中噴霧狀水，保持地面溼潤，但切忌向菇蕾噴水。

2、當菇蕾分化出菇蓋、菇柄時才可噴霧化水，並宜少噴、細噴、勤噴，同時保持地面溼潤，當菇蓋長到3cm以上時才可噴水到菇體上。出菇期間，菇棚（房）空氣相對溼度最好保持在85～95%。

3、平菇長到菌蓋邊緣尚未完全展開時要及時採收。採收完一潮菇後，要停止噴水3-7天，以促進菌絲生長和菌包轉潮出菇，當菌包有菇蕾出現時再進行適當噴水，以刺激新一潮菇體的形成。