泥鰍養殖過程中，常見的病害有爛鰭病、赤鰭病、水黴病、氣泡病、車輪蟲病、舌杯蟲病及農藥中毒等。爛鰭病患病泥鰍的鰭、腹部面板及肛門周圍充血、潰爛，尾鰭、胸鰭發白並潰爛，魚體兩側自頭部至尾部浮腫，並有紅斑。防治方法：用聚維酮碘溶液全池潑灑，連用2天即可。赤鰭病患病泥鰍的鰭或體表部分表皮剝落，呈灰白色，肌肉開始腐爛，肛門部位發紅，繼而在這些部位出現血斑，並逐漸變為深紅色。嚴重時出現鰭條脫落，不攝食，直至死亡。本病主要流行於夏季。防治方法是避免魚體受傷，並苗種放養前應用4%的食鹽水浸浴消毒。水黴病每立方米水中放食鹽400克加小蘇打400克充分溶解後，用此濃度的溶液洗浴泥鰍卵1小時；在捕捉、運輸泥鰍時，儘量避免機械損傷；用4%的食鹽水浸洗患病泥鰍5～10分鐘。車輪蟲病病原為車輪蟲，寄生於泥鰍鰓部和體表。泥鰍患病後攝食量減少，離群獨遊，嚴重時蟲體密佈。如不及時治療，會引起死亡。流行於5～8月。預防措施是用生石灰清塘。治療方法為全池潑灑原蟲淨。舌杯蟲病病原為舌杯體，寄生於泥鰍的面板或鰓上，平時攝取周圍水中的食物作為營養，對泥鰍沒有多大影響。但若大量寄生在鰍苗上，會造成鰍苗呼吸困難，嚴重時導致其死亡。本病一年四季均可發生，以5～8月較為普遍。預防主要是應在鰍种放養前用8克/米3硫酸銅溶液浸洗15～20分鐘，發病後治療則用0.7克/米3硫酸銅和硫酸亞鐵（5∶2）合劑全池潑灑。氣泡病本病多由於水中氧氣或其他氣體含量過多而引起，主要危害鰍苗。患病鰍苗浮於水面。防治辦法：每畝用食鹽4～6千克全池潑灑；立即衝入清水或黃泥漿水；及時清除池中腐敗物，不施用未發酵的肥料；掌握好投餌量和施肥量，防止水質惡化。