一、暗部
這第一部就是暗部了，也是大家都知道的一個部門，暗部的人是於暗處守衛木葉的一群忍者，他們專門處理一些上不得檯面的事情，所以在工作期間都必須戴著面具，而木葉的暗部更是實力超然，因為只有精英的忍者才能進入暗部，像卡卡西、宇智波鼬和大和都曾在木葉暗部擔任過隊長，木葉的暗部是屬於火影專屬的部隊，他們是保障火影安全的最後一道屏障，同時也是木葉忍者村裡最帥的一群人。
二、根部
木葉的根部一開始是專門為暗部培養忍者的組織，不過由於創始人團藏的一己私慾，根淪落為團藏的一人之兵，背地裡幹了許多見不得人的事，出身於根部的忍者也不少，大家熟知的大蛇丸當年也是根的成員哦，後來的佐井、油女取根、山中風以及藥師兜的養母藥師野乃宇都是根部的佼佼者，宇智波滅族之夜以後，三代火影曾經解除了團藏的職務，而根也蟄伏下來，後來三代一死，團藏又重掌根部，許多人認為團藏為木葉的發展做了很多事，事實上他只是為了自己而已，所以團藏成了火影裡唯一一個洗白失敗的人。
三、情報部
木葉的情報部也是個非常神秘的部門，這個部門專門為獲取各種情報而存在，這個部門的老大是山中亥一，沒錯就是井野的父親，而這個部門下邊又有三個分部門，分別是審訊班、拷問班、暗號班，而赫赫有名的拷問忍者伊喜比就是拷問班的班長，在他的拷問之下，你再也沒有秘密可言，而亥一精通的身轉心之術可以直接讀取腦部記憶，不管你開不開口，秘密都藏不住，飛竹蜻蜓和山城青葉也是出身於木葉情報部的。
四、醫療部
木葉的醫療部應該是整個忍界最強的了，原因當然是因為木葉的五代火影就是當世最強醫療忍者，不過在綱手離開木葉那麼多年裡，木葉的醫療部也在發揮著重要的作用，這個部門的頭是斯庫伊，當年參加第四次忍界大戰的時候，斯庫伊就擔任了聯軍醫療隊長之職，而木葉醫療部隊全部的醫療忍者都上了戰場，值得一提的是，小櫻、靜音、牙的姐姐犬冢花也是出身於木葉醫療部隊。
五、結界部
結界部是負責守護木葉結印的部隊，大家都知道，為了防止敵人入侵，木葉在村子周圍張開了一個很大的結界，而結界部隊的人會隨時監視進出村子的人，一但有可疑的查克拉進入，都會被結界部監視到，只有知道進入結界的術式的忍者才可以悄無聲息的潛入，而結界部隊的標誌就是一個結界形態的圖案，在佩恩摧毀木葉篇章裡，結界部的人第一個發現了入侵的畜生道佩恩，可惜為時晚矣！
六、宇智波警衛部
一、暗部
這第一部就是暗部了，也是大家都知道的一個部門，暗部的人是於暗處守衛木葉的一群忍者，他們專門處理一些上不得檯面的事情，所以在工作期間都必須戴著面具，而木葉的暗部更是實力超然，因為只有精英的忍者才能進入暗部，像卡卡西、宇智波鼬和大和都曾在木葉暗部擔任過隊長，木葉的暗部是屬於火影專屬的部隊，他們是保障火影安全的最後一道屏障，同時也是木葉忍者村裡最帥的一群人。
二、根部
木葉的根部一開始是專門為暗部培養忍者的組織，不過由於創始人團藏的一己私慾，根淪落為團藏的一人之兵，背地裡幹了許多見不得人的事，出身於根部的忍者也不少，大家熟知的大蛇丸當年也是根的成員哦，後來的佐井、油女取根、山中風以及藥師兜的養母藥師野乃宇都是根部的佼佼者，宇智波滅族之夜以後，三代火影曾經解除了團藏的職務，而根也蟄伏下來，後來三代一死，團藏又重掌根部，許多人認為團藏為木葉的發展做了很多事，事實上他只是為了自己而已，所以團藏成了火影裡唯一一個洗白失敗的人。
三、情報部
木葉的情報部也是個非常神秘的部門，這個部門專門為獲取各種情報而存在，這個部門的老大是山中亥一，沒錯就是井野的父親，而這個部門下邊又有三個分部門，分別是審訊班、拷問班、暗號班，而赫赫有名的拷問忍者伊喜比就是拷問班的班長，在他的拷問之下，你再也沒有秘密可言，而亥一精通的身轉心之術可以直接讀取腦部記憶，不管你開不開口，秘密都藏不住，飛竹蜻蜓和山城青葉也是出身於木葉情報部的。
四、醫療部
木葉的醫療部應該是整個忍界最強的了，原因當然是因為木葉的五代火影就是當世最強醫療忍者，不過在綱手離開木葉那麼多年裡，木葉的醫療部也在發揮著重要的作用，這個部門的頭是斯庫伊，當年參加第四次忍界大戰的時候，斯庫伊就擔任了聯軍醫療隊長之職，而木葉醫療部隊全部的醫療忍者都上了戰場，值得一提的是，小櫻、靜音、牙的姐姐犬冢花也是出身於木葉醫療部隊。
五、結界部
結界部是負責守護木葉結印的部隊，大家都知道，為了防止敵人入侵，木葉在村子周圍張開了一個很大的結界，而結界部隊的人會隨時監視進出村子的人，一但有可疑的查克拉進入，都會被結界部監視到，只有知道進入結界的術式的忍者才可以悄無聲息的潛入，而結界部隊的標誌就是一個結界形態的圖案，在佩恩摧毀木葉篇章裡，結界部的人第一個發現了入侵的畜生道佩恩，可惜為時晚矣！
六、宇智波警衛部