這個問題已經超出動漫領域，現實中在很久以前就有很多科學家研究這個穿越到過去的問題，比較著名的一個叫做“祖父悖論”。樓主可以搜尋看看。

再回來看看樓主的問題，長大後的佐助回到小時候的佐助那裡並將它殺死，既然小時候的佐助被殺死了，就肯定不會有長大後的佐助。沒有長大後的佐助小時候的佐助也就不會死。所以很矛盾。

我來告訴你 如果大佐助 回到了過去殺死小佐助 只有一種可能 死的是平行世界裡的小佐助 而你原本所在的地方 小佐助還是會繼續重複你做過的事

按照時間軸和平行宇宙兩個理論，可以分兩種結果。如果是在同一條時間軸，佐助穿越時間後殺掉幼年佐助，那麼這一條時間線上的所有事情都將永遠改寫，無人會記得佐助這個人，在幼年佐助被殺死的那一刻，時間軸重新恢復穩定。

另一個結果就是佐助殺掉的是另一個平行世界的幼年佐助，其他的人仍然會知道佐助的存在，而穿越回去的佐助也將永遠停留在那一個平行世界。

參照時間領域的祖母悖論，佐助穿越後殺掉幼年佐助，未來的佐助就不會存在，那麼又不會有未來的佐助穿越回到過去殺掉幼年佐助這件事。考慮悖論的話，殺掉幼年佐助的瞬間，成年佐助會同步消失，幼年佐助死與未來自己手中但又不可能有未來，除非代入平行宇宙的理論，否則幼年佐助的死因將永遠是和謎題。不考慮悖論的話，幼年佐助被殺，影響的第一個重大事件就是宇智波一族的存亡。

如果是滅族前的幼年佐助被殺，那麼宇智波鼬還是否會選擇村子執行滅族任務就有待商榷了，鼬雖然熱愛村子，但對弟弟的愛護程度不下於村子，正是為了保全弟弟鼬才以放過佐助為條件與木葉高層達成滅族的交易。如果幼年佐助死於滅族前，反而會讓鼬懷疑村子高層，同時村子高層也失去了掣肘鼬的籌碼，這種情況下鼬在村子與剩下的父母親族之間如何選擇就尚未可知了。

第二個影響就是對主角鳴人的成長曆程，幼年時期鳴人與佐助還沒有結下深厚羈絆，幼年佐助被殺，鳴人也就不用揹負這份沉重的羈絆，或許他成長過程中會更輕鬆一些，而小櫻也失去了心儀物件，在日後鳴人成長得強大並可靠之後也許會傾心於鳴人，恰好鳴人一直喜歡小櫻，那樣就沒有原定太子妃雛田什麼事了。不過沒有了與佐助的羈絆，沒有了帶回佐助的動力，鳴人的修煉速度可能就沒那麼快，沒有佐助實力進步帶來的壓力，鳴人的實力也未必趕得上原著。

第三就是對於劇情的影響，假設宇智波鼬仍然選擇了村子滅掉宇智波一族，那麼鼬在病入膏肓時也許會瘋狂一把，爭取幹掉幾位曉組織成員重創曉組織，世上也不會有第二對永恆萬花筒寫輪眼甚至新的輪迴眼出現，大蛇丸不會死在佐助手中而是會選擇新的容器在幕後攪風攪雨，兜沒有融合大蛇丸的機會也就沒有了出頭和洗白的機會，甚至在宇智波斑發動無限月讀之時，沒有輪迴眼加持的須佐能乎保護，鳴人團隊也會陷入無限月讀的幻術中，那麼忍者世界就終結了，就算另有辦法躲過斑的無限月讀，如果沒有新的因陀羅轉世者出現並追上鳴人的實力，在面對最後BOSS大筒木輝夜時也沒有辦法封印，火影世界仍然over。

火影到了後期拼的就是血脈，如果佐助幼年身死，因陀羅查克拉不知道還能不能轉世，因為按照既定劇情來看，佐助一死宇智波一族也就真正的滅族了。

《火影忍者》原作漫畫中雖然沒有穿越時空的橋段，但是在TV動畫中卻有類似穿越的劇情。而火影中關於時空的設定也是屬於“平行宇宙”說，也就是透過某些因果點會產生一個全新的平行宇宙，而是不直接透過影響過去而改變未來。

假設火影中有穿越的能力，那麼很遺憾，即便佐助穿越回過去，殺掉幼年的自己，也僅僅是把這個世界變成一個佐助不存在的世界，而自己原本的世界依然和原來一樣。

小櫻和鳴人都曾穿越到這個平行世界，這個平行世界和原本世界大致一樣，但是由於很多劇情分支，導致還是有一點區別。

在這個世界中，水門不再是四代火影，四代火影是小櫻的爸爸，一個櫻花怪。同樣的原本水門為保護村子犧牲，現在變成了櫻花怪為保護村子犧牲。

這個平行世界中，很多角色的性格都和主世界不同，比如熱血的凱變成卡卡西一樣懶洋洋，而懶散的卡卡西則充滿激情。最逗的是原本是大反派的曉組織，成了正義的一方，受僱於木葉高層，幫助鳴人等人一同對敵。

雖然這段平行世界並不是真正意義上的穿越時空導致，而是受到無限月讀幻術產生的一個世界，但是可以看出，火影中對於時空這方面的劇情是還是更偏向於平行宇宙一說。

假設佐助真的能穿越時空，在過去幹一些大事，那麼也僅僅是產生一個新的宇宙，就跟龍珠人造人篇大特的穿越產生了很多新宇宙，但是自己的未來還是無法受到蝴蝶效應而改變。

違反祖父悖論，未來將會重新洗牌，一起都不復存在，也或者重新誕生一個平行宇宙，並不會影響博人這個宇宙。

如果佐助殺了幼年佐助，只會有兩種結果。

第一種:時空崩塌，一切都重新洗牌，類似蝴蝶效應一般，蝴蝶雖微，但它翅膀的每一次扇動都可能製造一場災難，成年佐助如果殺了幼年佐助，那麼成年佐助會立馬消失，連同博人一起，未來的小櫻等人也會消失。

因為這個時空已經沒有佐助了，也許鳴人就跟小櫻在一起了，也許在對抗宇智波斑的時候鳴人等人就死了，宇智波斑完成了他的夢想，因為初代，二代，三代，四代火影都是在佐助的幫助下復活的。第四次忍者大戰，如果沒有這幾個人出手幫助，單靠鳴人其實還是挺難。就算鳴人撐過來了，他和小櫻在一起的機率會增加很多，也就不會有博人，向日葵了。

時空是一條長河，我們一直都是順流而下，就算你穿越到過去，改變的也不會是以前的那些事物，或許會產生一條支流，還是原來的配方，只是味道不同罷了。——你無法穿越到你本來的時間線上去。

宇宙浩瀚無垠，平行宇宙存在的機率其實是很大的，如果沒有平行宇宙，怎麼穿越呢？

大自然有自己的法則，宇宙肯定也是有的，祖父悖論不會發生，而且成年佐助也不太可能殺掉幼年佐助。

現實中的人類想穿越時空，雖然有愛因斯坦的相對論支援，但實現的難度還是非常大的。

還有一種假設，未來人類可能已經可以穿越時空了，因為擔心祖父悖論的出現，所以未來的人是透明狀態，只能觀察，無法干預過去，這種說法其實也是說得過去的。