高士其在一九三五年，寫了第一篇科學小品《細菌的衣食住行》，發表在《讀書生活》半月刊上。從這時起，至一九三七年八月離開上海止，可說是他科學小品創作上的最旺盛的時期。他用有點僵硬、發抖的手，寫下了近百篇科學小品。儘管此後他也寫了不少科學小品和科學詩，但是，我以為他的作品最精華的部分，都是在這一時期寫的。

一九三六年四月，高士其的第一本科學小品集《我們的抗敵英雄》（與別人合著），由讀書生活出版社出版。

一九三六年六月，高士其的第一本科學小品集《細菌大菜館》，由通俗文化出版社出版。

一九三七年初，高士其的第四本科學小品集《抗戰與防疫》（該書後又曾改名為《活捉小魔王》、《微生物漫話》出版），由讀書生活出版社出版。

自一九三六年起，高士其在《中小學》雜誌上連載《菌兒自傳》，每期發表一章，至一九三七年八月寫完最後一章。這些文章後來編成《菌兒自傳》一書，於一九四一年一月由開明書店出版。

高士其應陶行知之約，寫過一本《微生物大觀》；應中山文化教育館季刊之約，翻譯了《細菌學發展史》；他還應《開明中學生手冊》、《大眾科學》、《申報》週刊、《新少年》半月刊、《讀書》半月刊、《婦女手冊》、《力報》、《言林》等報刊雜誌的約稿，寫了許多科學小品文。