根據目前的考證，明朝嘉靖年（1522年）以後，才有了“雲岡石窟寺”和“雲岡”的稱呼。

因為在明朝中期以後，北部韃靼人、瓦剌人和明朝的關係時好時壞，蒙古人不斷侵擾明朝北部邊界，明朝只好花巨資沿長城一線，維修加固長城，或者新築長城，以防範蒙古部落入侵。大同位於北部邊界，是位於西部的主要門戶和重鎮。

大同一線就修了好多的邊牆邊堡，武周山的山上山下，就修有堡城。

今天的石窟記憶體有明嘉靖四十年（1564年）七月立的《重修雲岡堡記》，這是我們看到的最早的叫“雲岡堡”的文物碑刻資料。

碑刻上描繪武周山“上出浮雲”下臨絕壑”，“岡”為“山”或者“脊”。也就說遠看武周山，“山”像“雲”，“雲”又像“山”，山雲一體，故名“雲岡”、“雲岡石窟”。情敵啊道光戊子科優貢、左雲人倪鉞有詩云“雲山糾結古云岡，石路盤旋到上方。”就是說武周山與雲齊。

但是雲岡石窟，還有其他的名稱嗎？

在歷史雲岡石窟先後就有很多種的叫法。最早的時候叫“武周山石窟寺”或者“武周山石窟寺佛寺”。又叫“靈巖寺石窟”，亦叫“北臺寺石窟”，還有叫“恆安石窟”，也有叫“代京石窟”。

遼金時期，又被稱為“西京武周山大石窟寺”。明朝的嘉靖年以才開始正式稱為“雲岡石窟寺“或者”雲岡石窟”或者簡稱“雲岡”。而云岡村和附近的礦山老鄉們常常叫“雲岡大廟”。