從前，在英國的一個小鎮上，住著一個風趣又奇怪的醫生，杜立特。他能聽懂動物的話，在家裡養了許多動物。鎮上鞋匠的兒子湯米因為想要救一隻小松鼠而聽鎮裡朋友的推薦認識了這位有趣的醫生。兩人十分投緣，便在跟湯米的父母商量過後一起住在了杜立特醫生的房子裡，醫生教湯米讀書寫字，給他提供一日三餐和住處，教湯米和動物交流。湯米給醫生當助手，幫醫生記學術筆記，做一些雜事。

　　有一次，杜立特醫生的朋友，一隻紫色天堂鳥告訴醫生，醫生一直很想見到的天才植物學家，印第安人長箭失蹤了。醫生的心情很不好，讓湯米拿了一份地圖，讓他閉上眼睛用鉛筆隨機點一個地方，去那裡旅行。結果湯米居然點到了長箭最後出現過的地方--蜘蛛猴島。於是，湯米和牡立特醫生還有幾個動物朋友，準備了一些行李便和鎮上的人告別啟程往蜘蛛猴島去了。

　　他們在路上發現有人偷渡，還吃掉了船上許多主要食物。他們把偷渡的人送走，可是卻沒有錢去買吃的。在西班牙參加鬥牛時，醫生用他的智慧獲得了一筆不小的財富。他們還經歷了暴風雨，船分為了兩半。湯米和醫生還有其他人漂散了，他們請海洋中的動物朋友們幫忙，最後重新聚在一起併到達了蜘蛛猴島。

　　他們跟著一隻小蟲子救出了被困在山洞裡的長箭。他們跟著長箭回到他的部落，醫生幫這個部落打了一場勝仗，陰陽差錯的成了蜘蛛猴島的國王。醫生盡心盡力讓他的子民們過的十分幸福。可湯米他們看著杜立特醫生每天勞累的奔波，都沒有時間去做自已喜歡的事，十分心疼。後來，醫生意外地救治了即將滅絕的巨型海蝸牛，最終被湯米和大家勸服。他們請海蝸牛幫忙回到了英國。