《猩球崛起》以深入淺出的故事探討人類文明與科技故事的背景設在現代的舊金山，基因科學家威爾-羅德曼為了治療人類神經萎縮類疾病而研發了一種藥品，該藥可以治療老年痴呆一類的病症，新藥在黑猩猩身上做實驗時，人們發現可以大幅度提高其智力，症狀眼睛變為綠色，智力達到人類水平，這隻試驗成功的黑猩猩生下小猩猩後，為了保護其子母性爆發，襲擊了工作人員而被射殺。

其後研究所被迫對剩下所有黑猩猩進行了安樂死，研究專案被迫停止。為了救新生的小猩猩，威爾收養了他並起名凱撒，在餵養凱撒過程中，因治療猩猩的傷，威爾-羅德曼遇上了動物學家凱洛琳並相戀。

凱撒因為遺傳其母的基因，從小就有很高的智慧，同威爾一家人一直幸福的生活著。威爾看到凱撒的實驗效果後，給老年痴呆症的父親注射了同樣的藥品，奇蹟般的恢復了大腦功能，但是數年後威爾發現人體對這種病毒藥品產生了抗體，威爾的父親病情惡化。

威爾向上司展示藥品成果，要求使用更猛烈的病毒進行實驗，並在猩猩實驗中取得成功，威爾將藥品帶回了家。在一次誤傷人類之後，凱撒被迫與威爾分離，並被送進了看護所。在那裡他受到了無情的對待，繼而開始對人類產生敵意。有著高智慧的凱撒順利逃離了看護所，回到威爾的家後偷走了藥品，帶回看守所給其他黑猩猩使用，並開始領導他們，最終帶領其他猩猩逃出了看守所。

而此時已經證明這個藥品對人類是一種致命的病毒，但是對猩猩無害而且能大幅提高其智慧，病毒已經開始傳播，形勢在逆轉，一場不得不與人類對立的戰爭即將開始...