在辣椒育苗時，常可見到辣椒幼苗剛出土就枯萎了，主要是由土壤傳統病猝倒病和立枯病以及地下害蟲危害根系而引起的。

1、病苗還未凋萎就猝倒在床面上，3—4天時間就可導致成片幼苗猝倒。在種子萌發時，此病會引起胚芽和子葉腐壞，幼苗還未出土就壞死。若苗床溼度大，能看見病苗體表廈附近泥土上長出的白色絮狀茵絲體。

2、苗期灰黴病：幼苗色淺，子莖、子葉和葉片發病處呈水浸狀．葉尖變黃，後擴充套件到幼莖，幼莖病部縊縮處呈灰白色，組織軟化，表面生有大量灰色黴層。從縊縮處折倒，葉片枯萎、腐爛或枯死。苗床氣溫高、相對溼度大時易發生和蔓延，嚴重時幼苗成片死亡。

3、根腐病和苗期漚根：根腐病常發生於根部或根頸部，皮層呈褐色腐爛，易剝離，木質部呈暗褐色。病株葉片變黃萎蔫，幼苗猝倒。漚根(又稱爛根)主要為害幼苗根部或莖部，使其根部不發新根或不定根，根謝成宜厶皮發鏽後腐爛，鬚根或主根部分或全部變褐至腐爛，嫩苗白天萎蔫，早晚復原，極易撥出，數日後枯死。

4、辣椒高溫障礙，低溫冷害和凍害：晴天溫室和塑膠棚內溫度過高，持續時問長，未揭膜或揭膜不廈時．就會灼傷幼苗葉片，使葉片上形成不規則斑塊或葉緣呈漂白狀，後變黃色，重的整個葉片永九乾枯。低溫冷害使幼苗葉柄處出現黃色斑紋，葉尖、葉緣出現水浸狀，葉組織變成褐色，而後呈青枯狀。凍害症狀為幼苗生長點或子葉萎垂或枯死，未出土的幼苗在地下全部凍死