1、醫療保險基金要與其他保險基金統一管理、分賬核算。根據《社會保險費徵繳暫行條例》的規定，社會保險費實行“三費合徵”，由稅務機關或社會保險經辦機構對三項社會保險費集中、統一徵收。《財務制度》要求社會保險基金實行統一管理，按險種分別建賬，分賬核算，專款專用，自求平衡，不得相互擠佔和調劑。基金實行統一管理，具體就是機構、人員、財務管理要求、財務政策、財務報告的編制等等方面的統一。但由於各項社會保險基金分屬不同險種，其保險的原則與方針、管理與協調、權利與義務、範圍與標準、資金來源與運用等環節的不盡相同，國家對各項社會保險基金管理的具體要求和規定也不盡一致。因此，在基金統一管理的原則下，基金要按不同險種分別建賬，分賬核算；各項基金都要按照國家規定的用途做到專款專用，自求平衡，不同險種的基金不得相互擠佔和調劑。
2、醫療保險基金管理要與醫療保險行政管理分開。醫療保險行政管理主要是制定有關的政策、法規和工作程式，並對醫療保險事業進行規劃、調控、監督等等。醫療保險業務經辦則由醫療保險經辦機構負責，包括基金的籌集、運營、給付等內容。醫療保險的經辦機構作為政府授權的非營利性事業機構，受政府委託，根據政府頒佈的有關法規，依法獨立行使職能，負責醫療保險工作的正常執行。
3、基本醫療保險基金按時、足額籌集，任何地區、部門、單位和個人不得截留和減免。基本醫療保險基金是廣大保險物件的“活命錢”，按國家有關規定按時、足額籌集各項社會保險基金，不僅是繳費單位和繳費個人的法定義務，也是國家賦予稅務機關和社會保險經辦機構的神聖職責，體現了社會保險制度的強制性和嚴肅性。基金能否根據規定按時、足額籌集，直接影響到基本醫療保險待遇的給付，直接關係到職工本人的社會保險權益，關係到社會醫療保險制度的平穩順利實施，影響到改革、發展和穩定的大局。基本醫療保險基金徵收標準是經過周密計算確定的，如果對基金實行減免，不只單純影響基金的籌集總量和規模，也影響到職工個人的切身利益。
4、要按照保證職工基本醫療需求的原則，嚴格執行國家有關職工醫療保險基金支出範圍和標準的規定。任何地區、部門、單位和個人不得以任何名義擅自擴大開支範圍、增加開支專案和提高開支標準。基金支付管理應遵循的原則：一是統籌範圍內支付的原則。即基金必須支付給統籌範圍內所有參加了醫療保險的保險物件，並且基金的支付必須在統籌地區範圍內，不得跨統籌範圍支付。二是專款專用的原則。基本醫療保險基金只能用於職工的基本醫療保障，除了這種特定用途外，任何地區、部門、單位和個人均不得擠佔挪用，將基本醫療保險基金用於其他任何方面開支都是對保險物件合法利益的侵佔，都是違法行為。三是統一性的原則。基本醫療保險基金的支出要嚴格按照國家政策規定的專案和標準開支，要維護國家的整體利益，保持各項政策執行的統一性，任何地區、部門、單位和個人都不得以任何藉口擅自增加支出專案，提高支出標準。四是適度性的原則。基金的支付既要維持合理的支付水平，滿足保險物件最基本的醫療需要，又不能超越生產力發展水平及各方面的承受能力，盲目擴大支付規模，提高待遇水平。
5、基本醫療保險基金按照社會統籌和個人賬戶分開核算的原則管理，要嚴格界定各自的支付範圍和責任。各地要根據本地基本醫療保險基金的籌資水平、當地的經濟狀況等，科學合理地確定統籌基金的起付標準和最高支付限額。醫療保險統籌基金和個人賬戶基金各自平衡，不得互相擠佔。統籌基金要按照“以收定支，收支平衡，略有結餘”的原則，加強支出管理，既要保障職工的基本醫療，又要量入為出，合理有效地使用醫療統籌基金，做到統籌基金不出赤字，略有結餘。個人賬戶的全部資金（本金和利息）歸職工個人所有，可以結轉和繼承，但只能專款專用，不得提取現金或挪作他用。
6、基本醫療保險基金要納入財政專戶，實行收支兩條線管理。職工基本醫療保險是政府為保障職工基本醫療而實行的一項社會保險制度，職工基本醫療保險基金是以政府信譽強制徵收的、用於職工基本醫療保險的專項基金，是專為基本醫療保險而收、專為基本醫療費用而支的收支相對應、有特定用途的資金，國家必須有較為完善的基金管理和監督體制。職工基本醫療保險基金納入的財政專戶，實行收支兩條線管理，能夠建立有效的部門間相互制約機制，有利於保證基金的安全。納入財政專戶管理，職工基本醫療保險基金的籌集、支付、運營等各個環節，都處在勞動保障部門、財政部門和金融部門的監控之下，形成三者之間相互協作、相互約束的局面，有利於建立起完善有效的相互制約機制。職工基本醫療保險基金納入財政專戶管理，也與基本養老保險、失業保險等基金管理的辦法一致，有利於各項社會保險基金的統一管理。
7、要建立健全基本醫療保險基金監督機構。首先，社會保險經辦機構要建立健全基金預決算制度、財務會計制度、審計制度和各項內部管理制度，加強內部管理監督。其次，還要加強對基本醫療保險基金的行政監督、審計監督和社會監督。勞動保障部門和財政部門要對職工基本醫療保險基金預算、決算等進行稽核，對基金的收支管理情況進行監督等；審計部門要定期對社會醫療保險的基金收支情況和社會保險經辦機構的管理情況進行監督；社會保險基金監督組織、人民代表大會等應定期不定期對職工基本醫療保險基金的收繳、使用等情況進行監督。
8、基本醫療保險基金在投資運營中應遵循的原則：一是安全性原則。基本醫療保險基金是消費性基金，最終是要支付給個人的，投資的第一要求必須具有安全性。投資的基金不能回收上來，就不能實現保值的目標。所以，基金結餘運用首先要遵循安全性原則。二是收益性原則。基金投資必須要獲得一定的收益，這是基金保值增值的基本要求，因此，基金結餘的必須遵循收益性原則。三是流動性原則。基金作為一項具有專項用途的基金，主要用於支付與醫療保險待遇有關的費用，因此必須保證支付及時。
1、醫療保險基金要與其他保險基金統一管理、分賬核算。根據《社會保險費徵繳暫行條例》的規定，社會保險費實行“三費合徵”，由稅務機關或社會保險經辦機構對三項社會保險費集中、統一徵收。《財務制度》要求社會保險基金實行統一管理，按險種分別建賬，分賬核算，專款專用，自求平衡，不得相互擠佔和調劑。基金實行統一管理，具體就是機構、人員、財務管理要求、財務政策、財務報告的編制等等方面的統一。但由於各項社會保險基金分屬不同險種，其保險的原則與方針、管理與協調、權利與義務、範圍與標準、資金來源與運用等環節的不盡相同，國家對各項社會保險基金管理的具體要求和規定也不盡一致。因此，在基金統一管理的原則下，基金要按不同險種分別建賬，分賬核算；各項基金都要按照國家規定的用途做到專款專用，自求平衡，不同險種的基金不得相互擠佔和調劑。
2、醫療保險基金管理要與醫療保險行政管理分開。醫療保險行政管理主要是制定有關的政策、法規和工作程式，並對醫療保險事業進行規劃、調控、監督等等。醫療保險業務經辦則由醫療保險經辦機構負責，包括基金的籌集、運營、給付等內容。醫療保險的經辦機構作為政府授權的非營利性事業機構，受政府委託，根據政府頒佈的有關法規，依法獨立行使職能，負責醫療保險工作的正常執行。
3、基本醫療保險基金按時、足額籌集，任何地區、部門、單位和個人不得截留和減免。基本醫療保險基金是廣大保險物件的“活命錢”，按國家有關規定按時、足額籌集各項社會保險基金，不僅是繳費單位和繳費個人的法定義務，也是國家賦予稅務機關和社會保險經辦機構的神聖職責，體現了社會保險制度的強制性和嚴肅性。基金能否根據規定按時、足額籌集，直接影響到基本醫療保險待遇的給付，直接關係到職工本人的社會保險權益，關係到社會醫療保險制度的平穩順利實施，影響到改革、發展和穩定的大局。基本醫療保險基金徵收標準是經過周密計算確定的，如果對基金實行減免，不只單純影響基金的籌集總量和規模，也影響到職工個人的切身利益。
4、要按照保證職工基本醫療需求的原則，嚴格執行國家有關職工醫療保險基金支出範圍和標準的規定。任何地區、部門、單位和個人不得以任何名義擅自擴大開支範圍、增加開支專案和提高開支標準。基金支付管理應遵循的原則：一是統籌範圍內支付的原則。即基金必須支付給統籌範圍內所有參加了醫療保險的保險物件，並且基金的支付必須在統籌地區範圍內，不得跨統籌範圍支付。二是專款專用的原則。基本醫療保險基金只能用於職工的基本醫療保障，除了這種特定用途外，任何地區、部門、單位和個人均不得擠佔挪用，將基本醫療保險基金用於其他任何方面開支都是對保險物件合法利益的侵佔，都是違法行為。三是統一性的原則。基本醫療保險基金的支出要嚴格按照國家政策規定的專案和標準開支，要維護國家的整體利益，保持各項政策執行的統一性，任何地區、部門、單位和個人都不得以任何藉口擅自增加支出專案，提高支出標準。四是適度性的原則。基金的支付既要維持合理的支付水平，滿足保險物件最基本的醫療需要，又不能超越生產力發展水平及各方面的承受能力，盲目擴大支付規模，提高待遇水平。
5、基本醫療保險基金按照社會統籌和個人賬戶分開核算的原則管理，要嚴格界定各自的支付範圍和責任。各地要根據本地基本醫療保險基金的籌資水平、當地的經濟狀況等，科學合理地確定統籌基金的起付標準和最高支付限額。醫療保險統籌基金和個人賬戶基金各自平衡，不得互相擠佔。統籌基金要按照“以收定支，收支平衡，略有結餘”的原則，加強支出管理，既要保障職工的基本醫療，又要量入為出，合理有效地使用醫療統籌基金，做到統籌基金不出赤字，略有結餘。個人賬戶的全部資金（本金和利息）歸職工個人所有，可以結轉和繼承，但只能專款專用，不得提取現金或挪作他用。
6、基本醫療保險基金要納入財政專戶，實行收支兩條線管理。職工基本醫療保險是政府為保障職工基本醫療而實行的一項社會保險制度，職工基本醫療保險基金是以政府信譽強制徵收的、用於職工基本醫療保險的專項基金，是專為基本醫療保險而收、專為基本醫療費用而支的收支相對應、有特定用途的資金，國家必須有較為完善的基金管理和監督體制。職工基本醫療保險基金納入的財政專戶，實行收支兩條線管理，能夠建立有效的部門間相互制約機制，有利於保證基金的安全。納入財政專戶管理，職工基本醫療保險基金的籌集、支付、運營等各個環節，都處在勞動保障部門、財政部門和金融部門的監控之下，形成三者之間相互協作、相互約束的局面，有利於建立起完善有效的相互制約機制。職工基本醫療保險基金納入財政專戶管理，也與基本養老保險、失業保險等基金管理的辦法一致，有利於各項社會保險基金的統一管理。
7、要建立健全基本醫療保險基金監督機構。首先，社會保險經辦機構要建立健全基金預決算制度、財務會計制度、審計制度和各項內部管理制度，加強內部管理監督。其次，還要加強對基本醫療保險基金的行政監督、審計監督和社會監督。勞動保障部門和財政部門要對職工基本醫療保險基金預算、決算等進行稽核，對基金的收支管理情況進行監督等；審計部門要定期對社會醫療保險的基金收支情況和社會保險經辦機構的管理情況進行監督；社會保險基金監督組織、人民代表大會等應定期不定期對職工基本醫療保險基金的收繳、使用等情況進行監督。
8、基本醫療保險基金在投資運營中應遵循的原則：一是安全性原則。基本醫療保險基金是消費性基金，最終是要支付給個人的，投資的第一要求必須具有安全性。投資的基金不能回收上來，就不能實現保值的目標。所以，基金結餘運用首先要遵循安全性原則。二是收益性原則。基金投資必須要獲得一定的收益，這是基金保值增值的基本要求，因此，基金結餘的必須遵循收益性原則。三是流動性原則。基金作為一項具有專項用途的基金，主要用於支付與醫療保險待遇有關的費用，因此必須保證支付及時。