公元25年赤眉軍打入長安，立劉盆子為帝。年僅十幾歲的劉盆子當上傀儡皇帝，大權還是全部掌握在赤眉軍將領樊崇手裡。

初入長安的赤眉軍顯現出了低階起義者的本來面目。強搶豪奪，無惡不作。沒有多長時間把整個長安搶空，史書上記載“人相食”什麼意思？就是人吃人！百姓哀怨沸騰，史書記載是“使民不知所歸”意思就是逼得黎民百姓不知道還能去哪裡。由於長安被搶劫一空，赤眉軍隨即向西掠奪，走到皇陵的時候把皇陵發掘一空，你想想那可是漢家的皇陵祖墳當時還是漢朝。更令人吃驚的是做了一件令當今學者討論的事“汙辱呂后屍”

在此大背景下，劉秀及時分清形勢厲害，派出馮異（著名的大樹將軍）接替鄧禹。這個馮異是東漢開國非常有韜略的軍事家（下次再仔細講馮異這個人）他接替鄧禹後，出臺一系列措施，主動攻擊拖住了赤眉軍東進的道路，並極大的削落了赤眉軍主力，為劉秀全面包圍的計劃贏取了決定性的時間。於此同時劉秀分三路包圍徹底消滅赤眉軍。公元27年劉恭請降，把皇帝印綬交給劉秀！自此，一個偉大的時代到來，光武中興。

赤眉軍與綠林軍是新莽末期兩大農民起義軍，在反莽戰爭中做出卓越的貢獻。然而，王莽敗亡後，兩支義軍開始大火併。公元24年冬季，樊崇指揮30萬赤眉軍入陝，直搗綠林軍更始政權控制下的長安。經過一番血戰，赤眉軍攻陷長安，建立赤眉政權，立劉盆子為傀儡皇帝。

此時的劉秀也已經稱帝，仍沿用“漢”之國號，長安作為西漢舊都與政治中心，具有十分重要的戰略意義。此時赤眉軍雖建立政權，不改流寇習氣，在長安城打家劫舍，殺人放火，影響極壞。劉秀指示鄧禹，立即發動進攻，奪取長安。然而，鄧禹認為赤眉軍剛佔領長安，士氣旺盛，物資充足，不可與之交鋒。鄧禹的態度令劉秀大為不滿，寫信批評他不思進取。

公元26年，無所作為的赤眉政府把長安城內的儲備揮霍一空後，發現糧食已經不夠數十萬大軍吃了。於是赤眉軍把長安洗掠一空後，向西流竄，所過之處，城邑無不殘破。鑑於長安已是空城，鄧禹乘機南下，不費吹灰之力便佔領舊都。

然而，赤眉軍西竄至隴西后，遭到軍閥隗囂的阻擊，又正逢嚴冬大雪，傷亡慘重。赤眉軍首領樊崇認為西進已不可能，便再次殺回長安城。長安一帶早就一片蕭索，赤眉軍沒東西可搶，索性挖開西漢皇陵，把陪葬的金銀財寶被洗劫一空。面對如狼似虎的赤眉軍，鄧禹無當抵擋，只得放棄長安，退守雲陽。

在撤出長安八個月後，赤眉軍又耀武揚威地回來了。不過，長安殘破，無法久留，赤眉軍要何去何從呢？樊崇試圖往南向漢中發展。然而，赤眉軍在南進過程中遭到“武安王”延岑與“漢中王”劉嘉兩大軍閥的阻擊，損兵折將，處境日益惡化。

由於鄧禹在長安之戰表現差強人意，長安得而復失，光武帝劉秀不得不考慮更換將領。他派馮異入關中，接替鄧禹。對於赤眉軍下一步動向，光武帝劉秀做出十分準確的判斷，他認為赤眉軍西進遇阻，南下受挫，唯一的出路，就是向東逃回山東。赤眉軍東進，正好可以將其一網打盡。

果不其然，赤眉軍已是窮途末路。長安饑荒的蔓延，糧食越來越缺乏，樊崇意識到不能久留，只能抱著僥倖的心理向東挺進。此時赤眉軍的力量不容小視，仍有二十多萬人，其行軍作戰是“流寇”模式，破壞性極大。

為了合圍全殲赤眉軍，劉秀佈下兩枚重要棋子：破奸將軍侯進率部駐防新安，建威大將軍耿弇率部駐防宜陽。赤眉軍出關中後，倘若向東走，則耿弇的軍隊前往新安會師；倘若向南走，則侯進的軍隊前往宜陽會師。總之，務必要將赤眉軍殲滅在洛陽以西。

樊崇的赤眉軍向東流竄，馮異尾隨而至，緊咬不放。追到華陰縣，樊崇佈下幾道防線，阻擊馮異。兩軍相持六十多天，大大小小的戰鬥數十次，馮異收降赤眉官兵五千多人，仍無法重創其主力。

建武三年（公元27年）二月，馮異向樊崇下一道戰書，約期會戰。樊崇不甘示弱，滿口答應。會戰那天，雙方各自擺開決戰的架勢，從早上打到中午，都筋疲力竭，飢腸轆轆。這時，突然出現一支奇兵。原來這是馮異安排的一支伏兵，穿著跟赤眉軍一模一樣的服裝，眉毛也染紅。赤眉軍傻眼了，根本分辨不出敵我，頓時陣腳大亂。是役，馮異大獲全勝。

馮異乘勝追擊，直至崤底（澠池附近），赤眉軍有八萬人放下武器投降。勝利的訊息傳到洛陽，光武帝劉秀龍顏大悅，給馮異發了一封賀信：“始雖垂翅回溪，終能奮翼澠池，可謂失之東隅，收之桑榆。方論功賞，以答大勳。”這是成語“失之東隅，收之桑榆”的出處。

此時赤眉軍雖有十萬之眾，卻已落入劉秀設下的陷阱，被包圍於澠池、新安、宜陽三角地帶，四面楚歌。樊崇向宜陽方向潰退，打算突破漢軍的包圍圈，南下荊州。劉秀早有準備，他御駕親征，趕在赤眉軍之前進抵宜陽，佈下幾道封鎖線，嚴陣以待。

樊崇行到宜陽，一眼望去，漫山遍野都是東漢軍隊，心中惶恐不安。除了投降之外，別無出路。二月十九日，赤眉政權小皇帝劉盆子、首領樊崇等三十餘人，走出兵營，光著臂膀，向光武帝請降，同時交出傳國玉璽。光武帝接受投降，十餘萬名赤眉將士放下武器，成千上萬件武器堆積如山。

至此，曾經盛極一時的赤眉軍，終於退出歷史的舞臺。

首先說，赤眉軍是一支主要由農民組成的義軍，首領為琅琊人樊崇。樊崇也是個樸實、勇敢的農民，起初起義只是為了有碗飯吃，所以赤眉軍雖然人多勢眾，打了不少勝仗，但畢竟從組織上，從謀略上與接受過正規訓練的軍隊有差距。並且，起義伊始，沒有攻城略地的打算，連文書、旌旗、編制、號令都沒有，打仗全憑一句話。但既便這樣，赤眉軍硬是打敗了新朝景尚、王匡、廉丹等部隊，義軍發展到三十多萬人，擁立西漢皇族之後劉盆子為帝，即建世皇帝。

另一方面，另一支義軍綠林軍崛起，建立了更始政權，皇帝為西漢皇室之後劉玄。後劉玄殺死了另一名皇室劉演，造成分裂。劉演是劉秀的大哥。因為劉秀與更始帝劉玄結下冤仇。綠林軍與赤眉軍爭奪天下，劉秀與樊崇因此成為對手。

跟劉秀比起來，樊崇的軍事指揮才能與政治才能，顯然不在一個檔次上。雖然樊崇起初打了一些勝仗，擊敗了劉秀的部下鄧禹與馮異，但足智多謀的馮異馬上想出了對付赤眉軍的辦法。他讓手下一萬多人化裝成赤眉軍，也將眉毛染成赤色，馮異誘敵成功後，雙方陷入混戰，然後化裝後的綠林軍混入赤眉軍中，一時雙方分不清敵我。馮異率軍攻打赤眉軍，假赤眉軍率先投降，真的赤眉軍軍心盡失，跟著也投降了。就這樣，馮異輕而異舉地擊敗了赤眉軍。樊崇被俘遭殺，劉盆子現出玉璽投降。赤眉軍三十萬人，如烏合之眾。投降時還有十多萬生力軍。軍無戰心。全部歸降劉秀。時間僅僅一年時間。