這700年天皇主要代表的是神性，將軍才是世俗的統治者。其實題主可以反過來想天皇為什麼700年還沒有被推下神壇打倒在地。因為日本的封建結構就是神權與政權的分離，是神權與世俗政權的同盟。本質上都是封建地主階級的內部政治架構。可以參照歐洲天主教國家的情況。

至於明治維新之後事情的變化與這個問題無關暫時略過。

首先講一下什麼是武家政權：

武家政權指的是日本歷史上從平安時代後期至江戶時代，由武家首領（軍事貴族）為首的即所謂的“武家”所掌握的中央政權。 

這段大約 700年的時間裡，天皇成為無實權的傀儡。

大化革新，加強了中央集權：

公元645年中大兄皇子和大臣中臣鐮足發動政變，誅滅蘇我氏，為當時在位的孝德天皇重新奪回了政權。第二年孝德天皇就開始了著名的大化改新。大化革新的主要內容：行政方面在地方設定職官，造戶籍；在經濟方面中央收回貴族的土地，實施班田收授法，改革租稅制度。大化革新使得中央集權得到加強。

 莊園制的形成，天皇逐漸被架空：

然而不到半個世紀， 由於地方豪強與與王公大臣互相勾結，不斷擴張和兼併土地。朝廷見土地國有制的大勢已去，聖武天皇在公元743年也即天平十五年，頒佈了《墾田永世私有令》， 承認土地私有的合法性。到11世紀中葉，日本三分之二的土地已經歸莊園主所有，擁有自由身的農民已經很少了，日本各地的權力逐漸落入豪門貴族、寺院和神社手裡，形成了大量莊園。

這些莊園中，皇族、中央貴族和大寺院的莊園享受著不納稅、不接受地方官吏的行政權的特權，因此很多領主為了取得這種特權就把自己的莊園“獻”給他們以求保護。這樣一來他們就不用承擔對國家的義務，還可以保有對自己領地的實際領主權。作為交換，他們每年要向他們的保護者繳納年貢，這樣中央失去了很大的財力來源。

朝廷沒有了財政權力，對國家的控制力也就削弱了，天皇及其朝廷逐漸被架空。

武士階層的形成：

莊園主招募大量流離失所的農民到莊園勞動。為了保衛自己的領地，同時兼併別人的土地，莊園主又從這些投奔到自己名下的流民和家僕中挑選身體強壯靈活者組成專業武裝，這部分脫離了農業生產專事打仗的人，便是最早的武士。

日本武士本身不從事農業生產，專職練武，莊園主負責武士的生活，授予他們專門供養的土地，因此武士們只負責被自己效忠的莊園主，並不效忠天皇，甚至也不效忠僱傭他們的貴族，只聽命於直接領導自己的上級武士。而這些以莊園主、領主為核心的武裝組織，則被稱為“武士團”。

同時因皇室無力供養全部皇室成員，只得將大批的皇族下放到各地的國衙充任官吏，他們很多也發展莊園主，進而成為武士。日本上層社會也分裂為以天皇、皇親、大貴族為代表的“公家”，和與“公家”相對的“武家”。

中央軍備由強到弱：

天智天皇時，日本於公元633年與唐朝進行了白江口之戰。戰敗後的日本為了防止唐朝再次打過來，實行徵兵制，建立了大量的常備軍：所有的壯丁（除奴隸）都要服兵役為天皇而戰。要想免除兵役，就必須繳納重稅。

隨著中央政府對地方控制的減弱，桓武天皇（781-806）時下令正式廢止徵兵制和常備軍團編制。中央軍改為由從郡司等中基層官員的子弟中選擇擅長馬術弓箭者，編成“健兒”，主要負責的是治安，但與驍勇的武士相比，中央軍力不從心。

武士階層登上政治舞臺：

公元939年朱雀天皇承平五年日本關東和關西的瀨戶內海同時期爆發叛亂，史稱天慶之亂。中央軍無力應對，只能依靠新興的武士階級。朝廷破例懸賞：斬兩處叛軍人頭之人，將被晉升為貴族（日本的貴族在以前全都是世襲，沒有例外）。第二年叛亂被武士平息，中央給予了他們貴族的稱號。這標誌著武士集團這支新興的勢力開始登上政治舞臺。  

到了公元11世紀，兩個強大的武士集團已經形成了：恆武平氏和清和源氏。他們介入中央的鬥爭，插手皇室糾紛，在地方你打我殺。1167年，平清盛被天皇升為太政大臣。可是平清盛得勢後把高倉天皇尊為上皇，實則是軟禁天皇，把自己未滿三歲的外孫立為新天皇即安德天皇，建立了平氏政權，平清盛作為日本首位掌握政權的武士，開啟了武士執政的先河，因而也成為武家政權的鼻祖。

平氏的基業大多是建立在平清盛本人卓越的智謀和強硬的性格之上的。在建立統治之後，平氏採取的是挾天子以令諸侯的方式，並沒有以制度的形式來穩定住自己的基業。強盛的局面全憑自己的盛名。1180年的富士川之戰失利後，第二年平清盛一命嗚呼，盛極一時的平家也就敲響了喪鐘。在以源賴朝為主的幾股大軍的圍追堵截下，經過壇之浦等戰役後，主力基本被消滅，平家路末途窮，最後退出歷史舞臺。

1185年源氏擊敗平氏，控制了政權。隨後不久，源賴朝被任命為徵夷大將軍，創立了鎌倉幕府。從此開始了日本歷史上長達700年的武家統治。天皇成為了國家的精神象徵，實權被剝奪，幕府成為日本的權力實際擁有者。

武家在天皇名下進行實權統治：

與平氏不同，源賴朝在與平氏征戰的過程中，朝廷任命源賴朝為統一管理御家人建立了侍所，他又在各地設定守護、地頭職，1184年，正式建立了公文所，負責處理行政事務，又設立問注所，負責“諸人訴訟”的裁訣，至此日後統治日本七百餘年的幕府制度正式創立。

皇家與武家兩相安：

第一，日本長期存在二元政治，從平安末期開始，整體上實權是偏向於武家的。到了德川時代，公武兩家中， 武家的實際政治權威被大大擴大了，導致公家，也就是天皇、皇室和公卿成為虛權的一端。

天皇和公卿雖然沒有實權，但卻擁有法權。 日本的法理元首必須是神聖家族的後代，這一點始終是日本政治中維持基本結構的一點。所以豐臣氏需要入姓藤原氏才能任關白，而德川因為遠祖為源氏才能開幕，而歷史上所有關白、將軍，理論上都是天皇或其他神話家族的後裔。所以，這個社會認知非常頑固，哪怕你武力大到天下無敵也很難扭轉，所以權力從法理上來自天皇（神裔），這種共識一旦生成，也就無從改變。無論是公卿（文官），還是武士（武官）等貴族基本上都是天皇的一族。那時候史書上常見的姓氏如橘，源，平，追到根源都是某個天皇的後代。

第二，幕府的成立 是武士和公卿爭奪政治權利的結果。原本政治權力只有公卿能夠參與，武士只是公卿的打手。源賴朝成立幕府的背景就是想遠離公卿影響力大的京都，而在鎌倉（自己的大本營）設立有武士掌權的政府，把公卿架空。對於全日本貴族的共同中心的天皇當然更不敢碰，碰了大概立刻全社會各勢力會群起而攻之，既然沒有必要，那又何必呢？

因此武家為此了700年的統治，直到明治天皇再次奪回權力。