通常所說的消毒是指經過高壓或常壓滅菌後，菌種瓶冷卻至室溫，為了將純菌種接入菌種瓶內，就必須創造區域性相對無菌的接種空間，為此就得采用物理或化學方法對區域性空間進行消毒，使飄浮的大部分微生物致死。換句話說，就是淨化接種的空間。此外，栽培前為了改善菌種培養及菌棒栽培環境，尤其是老菇棚、菌種場的空間及衛生條件等，統稱為消毒。消毒的方式主要有以下幾種：
（1）巴氏消毒
在60～66℃的溫度下，可以把大部分營養菌殺死，如雙孢菇培養料的後發酵過程，能殺死有害於蘑菇的雜菌和害蟲。
（2）沸水消毒
主要用於金屬器具、針筒等的消毒。在沸水中燒煮20～30分鐘，可殺死微生物的營養體，細胞芽孢則需1～2小時才能殺死。若在水中加入2%～5%的碳酸溶液少許，可大大縮短消毒時間；加入1%碳酸氫鈉可提高水的沸點，加速芽孢死亡，並能防止金屬器械因燒煮而生鏽。
（3）乾燥消毒
利用物質乾燥使微生物失水，以達到殺菌或抑菌的目的。微生物細胞含有70%～90%的水分，微生物失水後就會趨向死亡。人們常利用這一特性來對食品（如干香菇、木耳）、藥品等作較長期的儲存。
（4）滲透壓消毒
利用高滲透壓或低滲透壓殺菌或抑菌的方法稱滲透壓消毒。通常用的鹽溶液濃度為20%左右，糖溶液濃度為50%～70%。
（5）化學藥劑消毒
這是利用化學藥劑進行殺菌或抑菌的方法。下面介紹幾類主要消毒藥劑：
石灰：有生石灰與熟石灰之分。其機理是能水解蛋白質和核酸，使酶系統受破壞，並能分解菌體中的糖類。1%～3%的石灰水可起到很強的殺菌作用。在菇房及其周圍環境，須用生石灰進行消毒，因為熟石灰長時間暴露在空氣中，可吸收空氣中的二氧化碳，形成沒有殺菌作用的碳酸鈣。
石硫合劑：與石灰配製的波爾多液，常用作菇房及床架的消毒。波爾多液是以硫酸銅石灰等量式100～200倍的配合式，即硫酸銅1千克，石灰1千克，水100～200升。配製時先將硫酸銅、石灰分別在水中溶化，同時倒入另一隻木桶或大缸內，邊倒邊攪拌，即成天藍色的波爾多液。配製要用木桶或陶瓷的盛器，隨配隨用，不宜久貯。使用時用噴霧器噴灑。
煤酚皂液（C6H4CH3OH）：是一種表面活性物質消毒劑，又稱來蘇爾，為含50%煤酚的肥皂溶液。它的殺菌機制與石炭酸相同，殺菌效力比苯酚大4倍，且對面板的刺激比碳酸小，常用濃度2%～4%，用於面板、接種室（箱）、培養室檯面、地面、工具等的消毒，常安排在燻蒸後、接種前使用。煤酚皂液除本身具有較強的殺菌作用外，還具有沉降塵埃、菌體和中和甲醛氣體作用，使空間更潔淨、舒適。
乙醇（C2H5OH）：又稱酒精。是良好的脫水劑、蛋白質變性劑及脂溶劑，70%～75%乙醇殺菌效果最好。無水酒精及95%酒精殺菌力很低，其原因是高濃度的酒精具有很強的脫水作用，與雜菌菌體接觸後，會立即引起菌體表層蛋白質的凝固，形成一層保護膜，使酒精分子無法進一步滲入菌體細胞內。
甲醛（CH2O）：有辛辣臭味，易溶於水，對人眼、鼻有強烈刺激作用。甲醛溶液又稱福爾馬林，含甲醛37%～40%，有較強的腐蝕性與刺激性，是一種強還原劑。它的殺菌機理是：與微生物蛋白質的氨基結合，使其蛋白質凝固變性達到殺菌的目的。0.1%～0.25%的甲醛溶液，在6～12小時內能殺滅細菌、芽孢及病毒。對使用時間較長、汙染較重的接種室（箱）或培養室，可採用甲醛與高錳酸鉀混合燻蒸的方法進行徹底滅菌。常用方法有兩種，一種是按每立方米空間用6～10毫升甲醛溶液與半量至等量的高錳酸鉀混合進行氧化反應，放出熱量，使甲醛沸騰揮發。接種室一般燻蒸12小時，接種箱燻蒸0.5小時。另一種方法是將甲醛溶液直接置小電爐或火盆上加熱蒸發。此法需人看管，但效果好。因為甲醛揮發過程中水分也因加熱而蒸發，提高了空間溼度，增強了消毒滅菌效果。消毒後的接種室應在12小時後，加熱蒸發等量氨水或噴入3%煤酚皂液進行中和，再待6～10小時才能進入操作。
5%甲醛溶液還常用於防腐及作物種子表面消毒；用於器械消毒，浸泡1～2小時。
高錳酸鉀：紫色針狀結晶，是一種常用的強氧化劑。稀釋1000倍到1250倍的高錳酸鉀溶液都具有殺菌作用，0.5%～1%的高錳酸鉀水溶液在5分鐘內可殺死大多數細菌；5%的水溶液1小時內可殺死細菌芽孢，但對黴菌的殺傷力較弱；0.1%的高錳酸鉀水溶液常用於面板、玻璃器皿的消毒，但要隨用隨配。因高錳酸鉀可以和培養料內的有機物發生化學反應被還原成無殺菌作用的二氧化錳，故不能直接用於拌料滅菌。
新潔爾滅：是陽離子型表面活性強力殺菌劑，具有芳香氣味，極苦，易溶於水。對無芽孢病原菌、黴菌等具有較強的殺菌作用，效果為碳酸的10倍。消毒特點：快速、徹底、高效。原液濃度5%，常用濃度為0.1%，用作面板、金屬器械的消毒。注意應現配現用。對人體無刺激性，對器械也無腐蝕性，是一種高效無毒的殺菌消毒抑制劑。
硫磺：常用於培養室及菇房等空間的燻蒸消毒，還可用於殺蟲、殺蟎。使用劑量是15～20克/米3。由於燻蒸產生的SO2的密度比空氣大，容易下沉，燻蒸時，應注意將裝有硫磺的容器放在空間較高的位置。為了提高殺菌效果，燻蒸前向牆壁和空間噴少量水，促使產生更多的亞硫酸，提高滅菌效果。
多菌靈：多菌靈為廣譜高效內吸氨甲基酸酯類殺真菌劑，具有廣譜、高效、有效期長等特點，對人、畜低毒，殘效期10天左右，是食用菌生產中的一種常用的理想殺菌劑。但在使用中，由於菇農缺乏農藥常識，操作不當，導致效果下降。現就多菌靈的使用方法和注意事項簡述如下：
①市售的多菌靈多為50%可溼性粉劑和40%膠懸劑，前者使用更為普遍。無論選用哪一種劑型，都應購買質量可靠、信譽好的正規產品，且出廠後一年內使用為佳。超過一年且仍在有效期內的，可酌情加大劑量。
②拌料時，要嚴格控制藥液濃度，50%可溼性粉劑的一般用量是佔乾料重量的0.1%，如果用量過大，不僅增加成本，還會影響菌絲生長。
④多菌靈在鹼性環境中易分解失效，因此拌料時避免同時使用石灰，更不能把多菌靈、石灰製成混合液使用。
⑤多菌靈耐高溫，在發酵、高壓滅菌過程中，不受影響。
⑥多菌靈易使雜菌產生抗藥性，故應與其他殺菌劑交替使用，增強殺菌效果。
⑦多菌靈對毛黴、根黴的防治效果較差，在使用時應適當提高培養料pH，抑制毛黴、根黴的生長。
近年來，隨著各地食用菌產業的迅速發展，在消毒劑的研製與生產方面也像雨後春筍一樣不斷出現，大有替代這些傳統的消毒藥劑之勢，如克黴王、必潔士、淨黴靈等，在此不再一一介紹。
通常所說的消毒是指經過高壓或常壓滅菌後，菌種瓶冷卻至室溫，為了將純菌種接入菌種瓶內，就必須創造區域性相對無菌的接種空間，為此就得采用物理或化學方法對區域性空間進行消毒，使飄浮的大部分微生物致死。換句話說，就是淨化接種的空間。此外，栽培前為了改善菌種培養及菌棒栽培環境，尤其是老菇棚、菌種場的空間及衛生條件等，統稱為消毒。消毒的方式主要有以下幾種：
（1）巴氏消毒
在60～66℃的溫度下，可以把大部分營養菌殺死，如雙孢菇培養料的後發酵過程，能殺死有害於蘑菇的雜菌和害蟲。
（2）沸水消毒
主要用於金屬器具、針筒等的消毒。在沸水中燒煮20～30分鐘，可殺死微生物的營養體，細胞芽孢則需1～2小時才能殺死。若在水中加入2%～5%的碳酸溶液少許，可大大縮短消毒時間；加入1%碳酸氫鈉可提高水的沸點，加速芽孢死亡，並能防止金屬器械因燒煮而生鏽。
（3）乾燥消毒
利用物質乾燥使微生物失水，以達到殺菌或抑菌的目的。微生物細胞含有70%～90%的水分，微生物失水後就會趨向死亡。人們常利用這一特性來對食品（如干香菇、木耳）、藥品等作較長期的儲存。
（4）滲透壓消毒
利用高滲透壓或低滲透壓殺菌或抑菌的方法稱滲透壓消毒。通常用的鹽溶液濃度為20%左右，糖溶液濃度為50%～70%。
（5）化學藥劑消毒
這是利用化學藥劑進行殺菌或抑菌的方法。下面介紹幾類主要消毒藥劑：
石灰：有生石灰與熟石灰之分。其機理是能水解蛋白質和核酸，使酶系統受破壞，並能分解菌體中的糖類。1%～3%的石灰水可起到很強的殺菌作用。在菇房及其周圍環境，須用生石灰進行消毒，因為熟石灰長時間暴露在空氣中，可吸收空氣中的二氧化碳，形成沒有殺菌作用的碳酸鈣。
石硫合劑：與石灰配製的波爾多液，常用作菇房及床架的消毒。波爾多液是以硫酸銅石灰等量式100～200倍的配合式，即硫酸銅1千克，石灰1千克，水100～200升。配製時先將硫酸銅、石灰分別在水中溶化，同時倒入另一隻木桶或大缸內，邊倒邊攪拌，即成天藍色的波爾多液。配製要用木桶或陶瓷的盛器，隨配隨用，不宜久貯。使用時用噴霧器噴灑。
煤酚皂液（C6H4CH3OH）：是一種表面活性物質消毒劑，又稱來蘇爾，為含50%煤酚的肥皂溶液。它的殺菌機制與石炭酸相同，殺菌效力比苯酚大4倍，且對面板的刺激比碳酸小，常用濃度2%～4%，用於面板、接種室（箱）、培養室檯面、地面、工具等的消毒，常安排在燻蒸後、接種前使用。煤酚皂液除本身具有較強的殺菌作用外，還具有沉降塵埃、菌體和中和甲醛氣體作用，使空間更潔淨、舒適。
乙醇（C2H5OH）：又稱酒精。是良好的脫水劑、蛋白質變性劑及脂溶劑，70%～75%乙醇殺菌效果最好。無水酒精及95%酒精殺菌力很低，其原因是高濃度的酒精具有很強的脫水作用，與雜菌菌體接觸後，會立即引起菌體表層蛋白質的凝固，形成一層保護膜，使酒精分子無法進一步滲入菌體細胞內。
甲醛（CH2O）：有辛辣臭味，易溶於水，對人眼、鼻有強烈刺激作用。甲醛溶液又稱福爾馬林，含甲醛37%～40%，有較強的腐蝕性與刺激性，是一種強還原劑。它的殺菌機理是：與微生物蛋白質的氨基結合，使其蛋白質凝固變性達到殺菌的目的。0.1%～0.25%的甲醛溶液，在6～12小時內能殺滅細菌、芽孢及病毒。對使用時間較長、汙染較重的接種室（箱）或培養室，可採用甲醛與高錳酸鉀混合燻蒸的方法進行徹底滅菌。常用方法有兩種，一種是按每立方米空間用6～10毫升甲醛溶液與半量至等量的高錳酸鉀混合進行氧化反應，放出熱量，使甲醛沸騰揮發。接種室一般燻蒸12小時，接種箱燻蒸0.5小時。另一種方法是將甲醛溶液直接置小電爐或火盆上加熱蒸發。此法需人看管，但效果好。因為甲醛揮發過程中水分也因加熱而蒸發，提高了空間溼度，增強了消毒滅菌效果。消毒後的接種室應在12小時後，加熱蒸發等量氨水或噴入3%煤酚皂液進行中和，再待6～10小時才能進入操作。
5%甲醛溶液還常用於防腐及作物種子表面消毒；用於器械消毒，浸泡1～2小時。
高錳酸鉀：紫色針狀結晶，是一種常用的強氧化劑。稀釋1000倍到1250倍的高錳酸鉀溶液都具有殺菌作用，0.5%～1%的高錳酸鉀水溶液在5分鐘內可殺死大多數細菌；5%的水溶液1小時內可殺死細菌芽孢，但對黴菌的殺傷力較弱；0.1%的高錳酸鉀水溶液常用於面板、玻璃器皿的消毒，但要隨用隨配。因高錳酸鉀可以和培養料內的有機物發生化學反應被還原成無殺菌作用的二氧化錳，故不能直接用於拌料滅菌。
新潔爾滅：是陽離子型表面活性強力殺菌劑，具有芳香氣味，極苦，易溶於水。對無芽孢病原菌、黴菌等具有較強的殺菌作用，效果為碳酸的10倍。消毒特點：快速、徹底、高效。原液濃度5%，常用濃度為0.1%，用作面板、金屬器械的消毒。注意應現配現用。對人體無刺激性，對器械也無腐蝕性，是一種高效無毒的殺菌消毒抑制劑。
硫磺：常用於培養室及菇房等空間的燻蒸消毒，還可用於殺蟲、殺蟎。使用劑量是15～20克/米3。由於燻蒸產生的SO2的密度比空氣大，容易下沉，燻蒸時，應注意將裝有硫磺的容器放在空間較高的位置。為了提高殺菌效果，燻蒸前向牆壁和空間噴少量水，促使產生更多的亞硫酸，提高滅菌效果。
多菌靈：多菌靈為廣譜高效內吸氨甲基酸酯類殺真菌劑，具有廣譜、高效、有效期長等特點，對人、畜低毒，殘效期10天左右，是食用菌生產中的一種常用的理想殺菌劑。但在使用中，由於菇農缺乏農藥常識，操作不當，導致效果下降。現就多菌靈的使用方法和注意事項簡述如下：
①市售的多菌靈多為50%可溼性粉劑和40%膠懸劑，前者使用更為普遍。無論選用哪一種劑型，都應購買質量可靠、信譽好的正規產品，且出廠後一年內使用為佳。超過一年且仍在有效期內的，可酌情加大劑量。
②拌料時，要嚴格控制藥液濃度，50%可溼性粉劑的一般用量是佔乾料重量的0.1%，如果用量過大，不僅增加成本，還會影響菌絲生長。
④多菌靈在鹼性環境中易分解失效，因此拌料時避免同時使用石灰，更不能把多菌靈、石灰製成混合液使用。
⑤多菌靈耐高溫，在發酵、高壓滅菌過程中，不受影響。
⑥多菌靈易使雜菌產生抗藥性，故應與其他殺菌劑交替使用，增強殺菌效果。
⑦多菌靈對毛黴、根黴的防治效果較差，在使用時應適當提高培養料pH，抑制毛黴、根黴的生長。
近年來，隨著各地食用菌產業的迅速發展，在消毒劑的研製與生產方面也像雨後春筍一樣不斷出現，大有替代這些傳統的消毒藥劑之勢，如克黴王、必潔士、淨黴靈等，在此不再一一介紹。