在上海公共衛生許可證的辦理流程如下：

1.申報：申請單位提出書面申請，填寫《衛生許可證申請書》或《衛生許可證變更申請書》並遞交符合衛生要求有關材料(材料要求見後)。

　　2.登記：依照衛生許可受理規定和公共場所許可的條件，對屬於受理範圍的申報材料進行核對、登記。新建、改建、擴建公共場所應按照預防性衛生監督工作程式，先辦理建設專案衛生審查認可，按稽核批准的內容施工，工程竣工後申辦建設專案竣工衛生驗收認可，再申報辦理《公共場所衛生許可證》。

　　3.受理：經對申報材料審查後，衛生行政部門在5個工作日內對符合受理規定的發放《行政許可受理通知書》;不符合受理規定的發放《行政許可不予受理決定書》;對於資料不全的，發出《行政許可補正材料通知書》。

　　4.審查：衛生行政部門受理申請後，組織業務人員按照衛生法律法規及國家衛生標準要求，對申報材料進行審查，對經營場所現場進行稽核，存在問題的，提出整改措施和意見。

　　5.決定：衛生行政部門自受理申請之日起二十日內，根據審查意見，對符合規定的，准予行政許可;不符合規定的，作出不予行政許可決定。

　　6.送達：衛生行政部門作出准予行政許可決定的，自作出決定之日起十日內向申請人頒發、送達《公共場所衛生許可證》。

　　注：辦理衛生許可證過程中，衛生行政部門可根據法律法規、上級檔案規定和實際情況要求申請單位補充其他相關資料。